[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4ygf: Crystal structure of the complex of Helicobacter pylori alpha-Car... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ygf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the complex of Helicobacter pylori alpha-Carbonic Anhydrase with acetazolamide | ||||||
Components | Alpha-carbonic anhydrase | ||||||
Keywords | LYASE / periplasm / zinc metalloenzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of pH / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Roujeinikova, A. / Modak, J.K. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2015 Title: Structural Basis for the Inhibition of Helicobacter pylori alpha-Carbonic Anhydrase by Sulfonamides. Authors: Modakh, J.K. / Liu, Y.C. / Machuca, M.A. / Supuran, C.T. / Roujeinikova, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ygf.cif.gz | 403.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4ygf.ent.gz | 326.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ygf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ygf_validation.pdf.gz | 538 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4ygf_full_validation.pdf.gz | 588.5 KB | Display | |
Data in XML | 4ygf_validation.xml.gz | 83.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4ygf_validation.cif.gz | 114 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/4ygf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/4ygf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4yhaC 4g7aS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
4 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
|
-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 27001.596 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (bacteria) / Strain: ATCC 700392 / 26695 / Gene: C694_06140 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: K4NGD4, UniProt: A0A0M3KL20*PLUS |
---|
-Non-polymers , 5 types, 1048 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-AZM / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.84 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 24% (w/v) PEG 1.5K, 200 mM di-basic ammonium citrate, 2 mM zinc chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Dec 9, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→166.539 Å / Num. all: 119874 / Num. obs: 119874 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.113 / Rsym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 5.372 / Net I/σ(I): 7.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4g7a Resolution: 2→32.568 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.84 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.54 Å2 / Biso mean: 27.933 Å2 / Biso min: 7.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→32.568 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|