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- PDB-4yha: Crystal structure of the complex of Helicobacter pylori alpha-Car... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yha | |||||||||
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Title | Crystal structure of the complex of Helicobacter pylori alpha-Carbonic Anhydrase with methazolamide | |||||||||
![]() | Alpha-carbonic anhydrase | |||||||||
![]() | LYASE / zinc metalloenzyme / methazolamide | |||||||||
Function / homology | ![]() regulation of pH / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / zinc ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Roujeinikova, A. / Modak, J.K. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Structural Basis for the Inhibition of Helicobacter pylori alpha-Carbonic Anhydrase by Sulfonamides. Authors: Modakh, J.K. / Liu, Y.C. / Machuca, M.A. / Supuran, C.T. / Roujeinikova, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 605.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 79.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 107 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ygfC ![]() 4g7aS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 27001.596 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 611 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MZM.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MZM.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-MZM / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.22 Å3/Da / Density % sol: 44.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 24% (w/v) PEG 1.5K, 200 mM di-basic ammonium citrate, 2 mM Zinc chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 5, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→166.58 Å / Num. all: 93672 / Num. obs: 93672 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.091 / Rsym value: 0.078 / Net I/av σ(I): 5.337 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 351477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4G7A Resolution: 2.2→29.903 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 28.01 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 257.31 Å2 / Biso mean: 36.6055 Å2 / Biso min: 9.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→29.903 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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