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Yorodumi- PDB-5tt8: Crystal structure of the complex of Helicobacter pylori alpha-car... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tt8 | ||||||
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Title | Crystal structure of the complex of Helicobacter pylori alpha-carbonic anhydrase with benzolamide | ||||||
Components | Alpha-carbonic anhydrase | ||||||
Keywords | LYASE / alpha-carbonic anhydrase / Helicobacter pylori / zinc metalloenzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of pH / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Modak, J.K. / Roujeinikova, A. | ||||||
Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2016 Title: Structure-Activity Relationship for Sulfonamide Inhibition of Helicobacter pylori alpha-Carbonic Anhydrase. Authors: Modak, J.K. / Liu, Y.C. / Supuran, C.T. / Roujeinikova, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tt8.cif.gz | 366.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tt8.ent.gz | 297.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tt8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5tt8_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5tt8_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | |
Data in XML | 5tt8_validation.xml.gz | 73.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5tt8_validation.cif.gz | 96.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5tt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/5tt8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5tt3C 5tuoC 5tv3C 4ygfS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 27001.596 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (bacteria) Strain: ATCC 700392 / 26695 / Gene: C694_06140 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A0M3KL20 |
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-Non-polymers , 5 types, 173 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-D8W / #5: Chemical | ChemComp-GOL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 12% (w/v) PEG 1.5K, 100 mM di-basic ammonium citrate, 1 mM zinc chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Dec 9, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.48 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→165.28 Å / Num. all: 55072 / Num. obs: 55072 / % possible obs: 78.3 % / Redundancy: 2.3 % / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.096 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 7.575 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 129205 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4YGF Resolution: 2.4→41.32 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.67 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 139.56 Å2 / Biso mean: 42.8139 Å2 / Biso min: 11.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→41.32 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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