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Yorodumi- PDB-5tuo: Crystal structure of the complex of Helicobacter pylori alpha-car... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5tuo | ||||||
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Title | Crystal structure of the complex of Helicobacter pylori alpha-carbonic anhydrase with 5-amino-1,3,4-thiadiazole-2-sulfonamide inhibitor. | ||||||
Components | Alpha-carbonic anhydrase | ||||||
Keywords | LYASE/LYASE inhibitor / lyase / alpha-carbonic anhydrase / Helicobacter pylori / zinc metalloenzyme / 5-amino-1 / 3 / 4-thiadiazole-2-sulfonamide / LYASE-LYASE inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of pH / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Modak, J.K. / Roujeinikova, A. | ||||||
Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2016 Title: Structure-Activity Relationship for Sulfonamide Inhibition of Helicobacter pylori alpha-Carbonic Anhydrase. Authors: Modak, J.K. / Liu, Y.C. / Supuran, C.T. / Roujeinikova, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5tuo.cif.gz | 368.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5tuo.ent.gz | 298.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5tuo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/5tuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/5tuo | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5tt3C 5tt8C 5tv3C 4ygfS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1
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-Components
#1: Protein | Mass: 27001.596 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (bacteria) Strain: ATCC 700392 / 26695 / Gene: C694_06140 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A0M3KL20, carbonic anhydrase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-1SA / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 12% (w/v) PEG 1.5K, 100 mM di-basic ammonium citrate, 1 mM ZnCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Dec 9, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→166.27 Å / Num. all: 64612 / Num. obs: 64612 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.3 % / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.056 / Rsym value: 0.047 / Net I/av σ(I): 13.2 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 213336 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4YGF Resolution: 2.5→29.912 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 35.36 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 118.94 Å2 / Biso mean: 52.3148 Å2 / Biso min: 18.91 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→29.912 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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