PDB-3t4c: Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t4c

タイトル

Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Burkholderia ambifaria

要素

2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 1

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia ambifaria (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...

履歴

登録	2011年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t4c.cif.gz	409.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t4c.ent.gz	339.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t4c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t4c_validation.pdf.gz	450 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t4c_full_validation.pdf.gz	457 KB	表示
XML形式データ	3t4c_validation.xml.gz	42.4 KB	表示
CIF形式データ	3t4c_validation.cif.gz	61.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t4c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/3t4c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d63C 3dahC 3eizC 3ej2C 3ek2C 3ezoC 3f0fC 3ftpC 3gk0C 3gk3C 3gvfC 3gwaC 3gweC 3imlC 3sz8SC 3tmlC 3tmqC 3txyC 3u7jC 3ue9C 3uk1C 3uk2C 3undC 3uptC 3urrC 3uw1C 3uw2C 3uw3C 3v2iC 3v7nC 3v8hC 3v9oC 3v9pC 3vavC 4ddoC 4dfeC 4dheC 4dhkC 4dutC 4dz4C 4e4tC 4efiC 4eg0C 4egjC 4ek2C 4eqyC 4ewgC 4exqC 4f2gC 4f32C 4f3nC 4f3yC 4f4hC 4f7dC 4fk8C 4fryC 4g1kC 4g67C 4ghkC 4h3yC 4h3zC 4h4gC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tmq-d 3sz8-d 1o60-d 1gg0-1 3fyp-d 1pl9-1 1phq-1 1d9e-d 6bng-1 1x8f-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BuamA.00102.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 1

B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 1

C: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 1

D: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 1

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.130, 129.500, 169.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 1 / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase 1 / KDO-8-phosphate synthase 1 / Phospho-2- ...3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase 1 / KDO-8-phosphate synthase 1 / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase 1 分子量: 31265.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia ambifaria (バクテリア) 株: MC40-6 / 遺伝子: kdsA1, BamMC406_2018 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: B1YT10, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 1 / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthase 1 / KDO-8-phosphate synthase 1 / Phospho-2- ...

分子量: 31265.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia ambifaria (バクテリア)
株: MC40-6 / 遺伝子: kdsA1, BamMC406_2018 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B1YT10, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: EBS internal tracking number 224045c2 WIZARD 3/4 C2. 24%(w/v) PEG 1500, 20%(v/v) Glycerol, BuamA.00102.a.A1 PS01117 at 74 mg/mL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→45.94 Å / Num. obs: 79104 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 30.992 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.71

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.95-2		2.8	0.401	2.4	14575	5228	89.8
2-2.06			0.34	3.2	18819	5614	98.1
2.06-2.12			0.282	4.7	23720	5501	99.7
2.12-2.18			0.267	6.4	31883	5379	100
2.18-2.25			0.243	7.7	36184	5214	100
2.25-2.33			0.219	8.4	35274	5063	100
2.33-2.42			0.182	9.8	33829	4852	99.9
2.42-2.52			0.165	10.8	32844	4700	99.9
2.52-2.63			0.141	12.1	31204	4494	99.7
2.63-2.76			0.13	13.2	30399	4359	99.8
2.76-2.91			0.107	15.4	28300	4096	99.7
2.91-3.08			0.096	17.1	26712	3929	99.8
3.08-3.3			0.085	19	24641	3654	99.7
3.3-3.56			0.073	22.2	22743	3437	99.6
3.56-3.9			0.066	23.5	20384	3129	99.6
3.9-4.36			0.059	25.4	19015	2908	99.6
4.36-5.03			0.058	26.1	16776	2566	99.7
5.03-6.17			0.054	25.6	14975	2220	99.8
6.17-8.72			0.045	26.2	11727	1734	99.8
	8.72		0.036	27.2	6407	1027	97.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	45.94 Å
Translation	2.5 Å	45.94 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SZ8

3sz8

解像度: 1.95→44.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 6.168 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	3951	5 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.172	78773	98.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.114 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→44.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7890	0	0	561	8451

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	8164
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5437
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.494	1.969	11102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.969	3	13327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.475	5	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.003	24.345	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.701	15	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.176	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	9209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1593

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	246	-
R_work	0.246	4751	-
all	-	4997	-
obs	-	-	89.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2583	-1.0263	0.2436	1.2969	-0.6682	3.1607	-0.0702	-0.1731	-0.0677	0.2774	-0.046	-0.0156	-0.0681	0.2649	0.1162	0.151	-0.0499	-0.0239	0.186	0.0038	0.0144	46.141	133.798	97.818
2	0.5072	-0.0305	0.27	0.641	-0.1734	2.1102	-0.0028	-0.1023	-0.0095	0.0744	0.0709	0.0651	0.0324	-0.2075	-0.0681	0.091	-0.0171	0.011	0.1601	0.0173	0.0637	30.415	130.486	85.975
3	1.6303	-0.156	0.5252	0.7776	-1.281	2.5642	0.019	0.0356	-0.0446	0.0655	-0.1128	-0.073	-0.2034	0.3803	0.0938	0.1234	-0.0685	-0.0345	0.152	0.0031	0.0628	47.428	140.357	82.68
4	1.7219	-0.4587	-0.563	0.7412	-0.4018	2.7999	-0.006	0.0766	0.0329	-0.1374	-0.0593	-0.0118	0.0792	0.3994	0.0653	0.1684	0.0067	-0.0039	0.1822	0.0222	0.0037	38.933	122.624	30.469
5	0.4022	0.0549	0.3924	0.2471	0.2573	2.0034	0.0161	0.029	0.069	-0.0813	-0.0222	0.035	-0.3328	0.0763	0.0061	0.1862	0.0046	-0.011	0.11	0.0319	0.0685	29.724	133.571	43.659
6	1.3669	-0.4527	-0.0801	0.4438	-0.0488	1.8313	0.0245	-0.0111	-0.0478	-0.0666	-0.0484	-0.0015	0.2736	0.3099	0.0239	0.165	0.0502	-0.0004	0.1433	0.0104	0.0311	36.075	114.488	45.586
7	2.6719	0.3607	-1.5536	0.701	-1.406	3.1117	0.0277	-0.0835	-0.0372	-0.123	0.2086	0.1232	0.2295	-0.3323	-0.2363	0.1347	-0.0572	-0.0606	0.1198	0.0599	0.136	14.566	101.637	69.005
8	0.2805	0.0995	0.0541	1.3371	-0.6725	0.8802	0.0283	-0.0978	-0.0264	0.0497	-0.0412	0.0083	-0.0077	0.0699	0.0129	0.0995	-0.0086	-0.0027	0.1421	0.0356	0.0786	31.656	109.712	73.862
9	1.4682	0.0666	0.0277	0.9959	-0.896	1.4796	0.0529	-0.0093	0.0631	-0.094	0.0926	0.1826	0.1113	-0.1794	-0.1455	0.1087	-0.0308	-0.0276	0.113	0.0312	0.0981	19.429	112.707	58.029
10	0.572	-1.2238	-0.1337	4.4216	-1.6829	2.1922	0.1559	0.087	-0.0014	-0.179	-0.2569	-0.0755	-0.2536	0.0806	0.101	0.1966	-0.089	-0.0222	0.141	0.032	0.1028	42.453	161.501	55.776
11	0.1868	0.0471	0.2426	1.7326	-0.1257	1.047	0.0378	0.029	0.0412	-0.1948	-0.0908	-0.1998	-0.0307	0.2334	0.0531	0.1117	-0.0352	0.0392	0.1791	0.031	0.091	48.614	144.907	56.855
12	0.9233	-0.3881	-0.0804	2.784	-1.5454	1.9734	0.0048	0.0515	0.0978	0.229	0.0588	0.2363	-0.3587	-0.0379	-0.0636	0.1587	-0.0339	0.0041	0.066	0.0092	0.0941	37.386	153.9	70.659

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	89 - 200
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	201 - 281
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 103
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	104 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	199 - 281
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	84 - 198
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	199 - 281
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	117 - 198
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	199 - 281

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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