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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3mb4 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the fifth Bromodomain of Human Poly-bromodomain containing protein 1 (PB1) with NMP | ||||||
![]() | Protein polybromo-1 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / PB1 / polybromo 1 isoform 1 / BAF180 / Polybromo-1D / PBRM1 / BRG1-associated factor 180 / Structural Genomics Consortium / SGC / Bromodomain / Chromatin regulator / DNA-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle ...regulation of G0 to G1 transition / regulation of nucleotide-excision repair / RSC-type complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of myoblast differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / mitotic cell cycle / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Keates, T. / Ugochukwu, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family. 著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Mangos, M. / Keates, T. / Lambert, J.P. / Barsyte-Lovejoy, D. / Felletar, I. / Volkmer, R. / Muller, S. / Pawson, T. / Gingras, A.C. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2nxbC ![]() 2oo1C ![]() 2ossC ![]() 2ouoC ![]() 2rfjC ![]() 3d7cC ![]() 3daiC ![]() 3dwyC ![]() 3gg3C ![]() 3hmeC ![]() 3hmfC ![]() 3hmhC ![]() 3i3jC ![]() 3iu5C ![]() 3iu6C ![]() 3lxjC ![]() 3mb3C ![]() 3mqmC ![]() 3nxbC ![]() 3p1cC ![]() 3p1dC ![]() 3q2eC ![]() 3rcwC ![]() 3tlpC ![]() 3uv2C ![]() 3uv4C ![]() 3uv5C ![]() 3uvdC ![]() 3uvwC ![]() 3uvxC ![]() 3uvyC ![]() 3uw9C ![]() 3g0jS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14648.000 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 645-766 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.15M NaNO3 25% PEG 3350 10% Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.66→50 Å / Num. all: 36073 / Num. obs: 36037 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.955 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique all: 3536 / Rsym value: 0.817 / % possible all: 99.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 46.4 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3G0J 解像度: 1.66→19.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.243 / WRfactor Rwork: 0.215 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.853 / SU B: 4.137 / SU ML: 0.072 / SU R Cruickshank DPI: 0.097 / SU Rfree: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.33 Å2 / Biso mean: 37.169 Å2 / Biso min: 19.32 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.66→19.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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