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- PDB-3d63: Crystal structure of inorganic pyrophosphatase from Burkholderia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d63
タイトルCrystal structure of inorganic pyrophosphatase from Burkholderia pseudomallei
要素Inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / structural genomics / SSGCID / pyrophosphatase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2008年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22013年10月30日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4213
ポリマ－64,4213
非ポリマー00
水4,324240
1
A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

C: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4213
ポリマ－64,4213
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x+1/2,y+1/2,-z-11
crystal symmetry operation3_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-36.7 kcal/mol
Surface area23780 Å2
手法PISA
2
A: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4741
ポリマ－21,4741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4741
ポリマ－21,4741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4741
ポリマ－21,4741
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.886, 122.019, 71.775
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 4 - 174 / Label seq-ID: 25 - 195

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC

-
要素

#1: タンパク質 Inorganic pyrophosphatase


分子量: 21473.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal 6-His tag and 3C protease cleavage. The un-cleaved protein was crystallized.
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: ppa, BURPS1710b_1237 / プラスミド: Ava0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3JUV5, inorganic diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES ALA C(-19) TO HIS C(-14) THAT ARE PRESENT IN COORDINATES, ARE THE FRAGMENT OF N-TERMINAL ...RESIDUES ALA C(-19) TO HIS C(-14) THAT ARE PRESENT IN COORDINATES, ARE THE FRAGMENT OF N-TERMINAL EXPRESSION TAG THAT COULD BELONG TO EITHER CHAIN C OR CHAIN B. THE CHAIN ID C HAS BEEN ASSIGNED FOR THIS FRAGMENT BASED ONLY ON ITS PROXIMITY TO THAT CHAIN. THE UNCERTAINITY IN CHAIN ID ASSIGNMENT IS DUE TO ABSENCE OF ELECTRON DENSITY FOR RESIDUE (-13) AND FEW RESIDUES THAT FOLLOW.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 100 mM Potassium phosphate pH 6.7, 49% PEG 200, 12.3 mg/mL Protein, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→61.9 Å / Num. obs: 37853 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.2-2.325.30.5561.20.556197.9
2.32-2.465.40.3931.90.393199
2.46-2.635.50.3131.50.313199
2.63-2.845.60.2343.10.234199.4
2.84-3.115.80.1614.40.161199.6
3.11-3.486.10.1215.60.1211100
3.48-4.026.50.0947.10.0941100
4.02-4.926.60.0767.50.0761100
4.92-6.966.50.0678.50.0671100
6.96-61.95.70.05890.058199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→61.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 8.583 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29995 1671 5 %RANDOM
Rwork0.23087 ---
obs0.23432 33242 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.527 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2 Å20 Å20 Å2
2---0.61 Å20 Å2
3----0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→61.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4015 0 0 240 4255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224111
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.71.9685589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.48836743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7435520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.90725.233172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.23515671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6971512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02765
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.711.52610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1551.51050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30724212
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73631501
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8364.51377
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A993MEDIUM POSITIONAL0.380.5
B993MEDIUM POSITIONAL0.30.5
C993MEDIUM POSITIONAL0.510.5
A1172LOOSE POSITIONAL0.615
B1172LOOSE POSITIONAL0.615
C1172LOOSE POSITIONAL0.865
A993MEDIUM THERMAL0.422
B993MEDIUM THERMAL0.642
C993MEDIUM THERMAL0.712
A1172LOOSE THERMAL0.5410
B1172LOOSE THERMAL0.6510
C1172LOOSE THERMAL0.7110
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 102 -
Rwork0.274 2291 -
obs--98.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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