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- PDB-4wvp: Crystal structure of an activity-based probe HNE complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wvp
タイトルCrystal structure of an activity-based probe HNE complex
要素
  • BTN-3V3-NLB-OMT-OIC-3V2
  • Neutrophil elastase
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / neutrophil elastase / acitivity-based probe / inhibitor / protease / complex / HNE / HyCoSuL / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of chemokine production ...leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of chemokine production / negative regulation of interleukin-8 production / Antimicrobial peptides / pyroptotic inflammatory response / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Activation of Matrix Metalloproteinases / cytokine binding / positive regulation of MAP kinase activity / Collagen degradation / extracellular matrix disassembly / Pyroptosis / phagocytosis / response to UV / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / transcription repressor complex / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / secretory granule / Regulation of Complement cascade / positive regulation of interleukin-8 production / protein catabolic process / positive regulation of immune response / negative regulation of inflammatory response / specific granule lumen / intracellular calcium ion homeostasis / azurophil granule lumen / transcription corepressor activity / peptidase activity / heparin binding / : / protease binding / response to lipopolysaccharide / endopeptidase activity / defense response to bacterium / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-mer peptide BTN-PE5-NLB-OMT-OIC-AXY / Neutrophil elastase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Lechtenberg, B.C. / Kasperkiewicz, P. / Robinson, H.R. / Drag, M. / Riedl, S.J.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Elastase-PK101 Structure: Mechanism of an Ultrasensitive Activity-based Probe Revealed.
著者: Lechtenberg, B.C. / Kasperkiewicz, P. / Robinson, H. / Drag, M. / Riedl, S.J.
履歴
登録2014年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Advisory
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32015年9月9日Group: Refinement description
改定 1.42017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Neutrophil elastase
I: BTN-3V3-NLB-OMT-OIC-3V2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,42913
ポリマ－24,4652
非ポリマー1,96411
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area11040 Å2
2
E: Neutrophil elastase
I: BTN-3V3-NLB-OMT-OIC-3V2
ヘテロ分子

E: Neutrophil elastase
I: BTN-3V3-NLB-OMT-OIC-3V2
ヘテロ分子

E: Neutrophil elastase
I: BTN-3V3-NLB-OMT-OIC-3V2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,28739
ポリマ－73,3966
非ポリマー5,89133
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_785-y+2,x-y+3,z1
crystal symmetry operation3_475-x+y-1,-x+2,z1
Buried area19880 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area26990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.120, 73.120, 69.451
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11I-201-

SO4

21I-201-

SO4

31I-308-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 EI

#1: タンパク質 Neutrophil elastase / Bone marrow serine protease / Elastase-2 / Human leukocyte elastase / HLE / Medullasin / PMN elastase


分子量: 23318.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08246, leukocyte elastase
#2: タンパク質・ペプチド BTN-3V3-NLB-OMT-OIC-3V2


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1146.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: 6-mer peptide BTN-PE5-NLB-OMT-OIC-AXY

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 211分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris pH8, 0.8M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→69.45 Å / Num. obs: 26261 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 280452 / Scaling rejects: 433
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.63-1.669.20.6263.11197112980.8560.216100
8.94-69.459.90.06428.517281740.9950.02199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.63 Å63.32 Å
Translation1.63 Å63.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.2.17データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PPG

1ppg


解像度: 1.63→63.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.1699 / WRfactor Rwork: 0.1376 / FOM work R set: 0.9049 / SU B: 2.605 / SU ML: 0.049 / SU R Cruickshank DPI: 0.0807 / SU Rfree: 0.0806 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1689 1366 5.2 %RANDOM
Rwork0.1384 24873 --
obs0.14 26239 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.22 Å2 / Biso mean: 18.125 Å2 / Biso min: 6.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å2-0.21 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---1.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→63.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1664 0 159 202 2025
Biso mean--33.12 27.93 -
残基数----222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191887
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8682.0482567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24434150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9695222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.94722.13375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.42715259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7171520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2180.681887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2160.681888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3481.0141105
LS精密化 シェル解像度: 1.633→1.675 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 108 -
Rwork0.206 1805 -
all-1913 -
obs--99.9 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -51.874 Å / Origin y: 90.687 Å / Origin z: 0.824 Å
111213212223313233
T0.0537 Å2-0.0214 Å20.0011 Å2-0.0609 Å20.0007 Å2--0.0292 Å2
L0.5896 °20.0845 °2-0.085 °2-0.7727 °2-0.0041 °2--1.1116 °2
S-0.0224 Å °0.0187 Å °-0.0538 Å °-0.0403 Å °-0.0012 Å °-0.0272 Å °0.1068 Å °-0.0627 Å °0.0236 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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