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- PDB-2uu8: X-ray structure of Ni, Ca concanavalin A at Ultra-high resolution... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uu8
タイトルX-ray structure of Ni, Ca concanavalin A at Ultra-high resolution (0. 94A)
要素CONCANAVALIN
キーワードLECTIN / CALCIUM / MANGANESE / METAL-BINDING / NI
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種CANAVALIA ENSIFORMIS (タチナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.94 Å
データ登録者Ahmed, H.U. / Blakeley, M.P. / Cianci, M. / Cruickshank, D.W.J. / Hubbard, J.A. / Helliwell, J.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: The Determination of Protonation States in Proteins.
著者: Ahmed, H.U. / Blakeley, M.P. / Cianci, M. / Cruickshank, D.W.J. / Hubbard, J.A. / Helliwell, J.R.
履歴
登録2007年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Refinement description
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CONCANAVALIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7213
ポリマ－25,6221
非ポリマー992
水5,170287
1
A: CONCANAVALIN
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,88512
ポリマ－102,4904
非ポリマー3958
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area10120 Å2
ΔGint-126.2 kcal/mol
Surface area32290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.867, 86.049, 61.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 CONCANAVALIN / CON A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CANAVALIA ENSIFORMIS (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE MATURE CHAIN IS FORMED THROUGH A POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION AFTER THE REMOVAL OF THE SIGNAL ...THE MATURE CHAIN IS FORMED THROUGH A POSTTRANSLATIONAL MODIFICATION AFTER THE REMOVAL OF THE SIGNAL SEQUENCE. THERE IS A CLEAVAGE AFTER ASN AT POSITIONS 148, 163, AND 281 IS FOLLOWED BY TRANSPOSITION AND LIGATION OF RESIDUES 164-281 AND 30-148.A NEW PEPTIDE BOND IS FORMED BETWEEN THE RESIDUES 164-281 AND 30-140.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.67
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月15日
放射モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.67 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.94→33.23 Å / Num. obs: 136027 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.84
反射 シェル解像度: 0.94→0.99 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / % possible all: 54.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5位相決定
SHELXL-97位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NLS

1nls


解像度: 0.94→33.23 Å / Num. parameters: 19691 / Num. restraintsaints: 24823 / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.142 6827 5 %RANDOM
obs0.12 -89.22 %-
all-136001 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 37 / Occupancy sum hydrogen: 1752.31 / Occupancy sum non hydrogen: 2084.35
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.94→33.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1809 0 2 287 2098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0359
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.093
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.135
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.072
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.055
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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