PDB-3nwk: A second C2221 form of concanavalin A (Canavalia ensiformis)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nwk

タイトル

A second C2221 form of concanavalin A (Canavalia ensiformis)

要素

Concanavalin-A

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / Glycoprotein / Manganese / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Canavalia ensiformis (タチナタマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Foroughi, L.M. / Kang, Y.N. / Matzger, A.J.

引用

ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2011
タイトル: Polymer-Induced Heteronucleation for Protein Single Crystal Growth: Structural Elucidation of Bovine Liver Catalase and Concanavalin A Forms
著者: Foroughi, L.M. / Kang, Y.N. / Matzger, A.J.

履歴

登録	2010年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nwk.cif.gz	381.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nwk.ent.gz	313 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nwk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/3nwk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/3nwk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nwlC 1nlsS 1gkb 1vln S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cna-d 1dq6-1 1vln-1 2ctv-1 2enr-1 1nls-1 1con-1 1nxd-5 4pcr-2 1qny-1 3qlq-d 1enr-1 1dq1-1 1vln-2 5zac-d 2cy6-1 1xqn-1 1scs-1 2yz4-1 2cna-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (8) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Concanavalin-A

B: Concanavalin-A

C: Concanavalin-A

D: Concanavalin-A

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Concanavalin-A

C: Concanavalin-A

ヘテロ分子

A: Concanavalin-A

C: Concanavalin-A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
104 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Concanavalin-A

D: Concanavalin-A

ヘテロ分子

B: Concanavalin-A

D: Concanavalin-A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
104 kDa, 4 ポリマー
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3

A: Concanavalin-A

C: Concanavalin-A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51.9 kDa, 2 ポリマー
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4

B: Concanavalin-A

D: Concanavalin-A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
52 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.518, 118.118, 250.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 237 / Label seq-ID: 1 - 237

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	Concanavalin-A / Con A 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.37 %
結晶化	温度: 273 K 手法: hanging drop vapor diffusion using polymer-induced heteronucleation pH: 8.5 詳細: 10 mM Tris, pH 8.5, 1 M ammonium sulfate, hanging drop vapor diffusion using polymer-induced heteronucleation, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月14日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→50 Å / Num. all: 87288 / Num. obs: 87288 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 16.71
反射シェル	解像度: 2.09→2.13 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique all: 3546 / % possible all: 81.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1nls

1nls

解像度: 2.09→36.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 7.07 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21191	4383	5 %	RANDOM
R_work	0.1765	-	-	-
all	0.1783	82853	-	-
obs	0.1783	82853	98.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.093 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→36.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7236	0	74	445	7755

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	7577
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.584	1.945	10287
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.583	5	966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.12	24.811	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.659	15	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.372	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5703
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.539	1.5	4773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.359	2	7734
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.995	3	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.885	4.5	2542
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	940	medium positional	0.2	0.5
B	940	medium positional	0.2	0.5
C	940	medium positional	0.18	0.5
D	940	medium positional	0.2	0.5
A	815	loose positional	0.53	5
B	815	loose positional	0.46	5
C	815	loose positional	0.44	5
D	815	loose positional	0.43	5
A	940	medium thermal	2.1	2
B	940	medium thermal	2.41	2
C	940	medium thermal	2.95	2
D	940	medium thermal	1.66	2
A	815	loose thermal	2.97	10
B	815	loose thermal	3.04	10
C	815	loose thermal	3.31	10
D	815	loose thermal	2.51	10

LS精密化シェル

解像度: 2.144→2.3 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	265	-
R_work	0.266	4894	-
obs	-	4894	79.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1065	-0.093	-0.055	0.9165	-0.0389	1.2514	-0.0621	-0.1383	0.0225	0.133	0.0752	-0.0683	0.0125	0.1354	-0.0131	0.111	0.0411	-0.012	0.1035	-0.0249	0.0744	17.46	-13.582	-9.573
2	2.8676	-0.2564	0.9423	7.3387	0.6808	1.7759	-0.1086	-0.088	0.2459	0.264	0.0448	0.198	-0.0713	-0.0179	0.0639	0.1614	0.0607	-0.0033	0.1885	-0.0197	0.1422	0.885	-1.756	-10.225
3	1.5225	-1.3465	0.1469	1.623	0.4503	1.2451	-0.0474	-0.0123	-0.2445	0.0105	0.0018	0.1939	0.1413	-0.0688	0.0456	0.1314	0.0029	0.0098	0.1022	-0.006	0.1257	3.984	-19.956	-17.932
4	2.2582	-0.5409	-0.9823	3.473	0.3819	1.6038	-0.0431	-0.1945	0.1413	0.351	0.116	0.3991	-0.1283	0.1416	-0.0729	0.1767	-0.0002	-0.0351	0.1897	-0.0349	0.1269	11.235	-9.439	-8.746
5	0.8912	0.1412	-0.3917	1.4226	0.243	1.1095	-0.0536	-0.0189	-0.0277	0.015	0.0832	-0.0583	-0.1117	0.1563	-0.0296	0.1176	0.0257	-0.009	0.115	-0.0195	0.0975	16.399	-16.12	-20.291
6	1.0898	0.0718	0.0327	1.5129	0.3117	1.1686	-0.0598	0.0803	-0.0184	-0.1006	0.1314	-0.1392	-0.0269	0.1186	-0.0716	0.1096	-0.0296	0.0116	0.0983	-0.0197	0.0887	16.343	-26.357	-47.501
7	1.9383	1.56	0.5916	3.9023	1.0935	1.7445	-0.0966	0.0534	0.0692	-0.1691	0.0524	0.1378	-0.0596	-0.1136	0.0441	0.1149	-0.014	-0.0011	0.1352	0.0115	0.1208	-0.065	-29.354	-47.38
8	1.051	0.3108	-0.0737	1.3173	0.4764	1.3915	-0.0539	0.0418	-0.0668	-0.0345	0.065	-0.0153	0.0989	0.0692	-0.0111	0.1387	-0.0046	0.0011	0.1221	-0.0064	0.1274	10.267	-27.562	-42.106
9	1.3471	-0.604	-0.0031	2.3305	-0.081	1.1914	0.0117	-0.0347	-0.0918	0.0867	0.04	0.275	-0.0504	-0.1966	-0.0516	0.1043	0.0688	0.0053	0.114	0.0042	0.1109	27.442	-49.261	-11.945
10	1.4837	-0.9737	-0.0115	2.6338	-0.0676	0.3479	0.063	0.1102	-0.0163	-0.07	-0.0558	0.0059	-0.0397	-0.0201	-0.0073	0.1273	0.058	0.0022	0.1083	-0.0038	0.0885	38.106	-50.641	-18.2
11	4.2585	1.8143	-2.0429	7.8588	-2.6658	3.6032	0.0196	-0.2376	-0.2558	0.629	-0.1938	-0.1439	-0.1431	0.116	0.1742	0.146	0.0585	-0.0108	0.1346	-0.0082	0.1251	46.327	-61.157	-9.328
12	2.1512	-2.6993	0.1917	3.4045	-0.0988	2.1839	0.0891	0.0612	0.3683	-0.1408	-0.0513	-0.4563	-0.1076	0.0367	-0.0378	0.2123	0.0621	0.0257	0.1839	0.0269	0.2167	46.857	-46.703	-22.6
13	54.3828	4.6016	-19.0295	21.081	8.8473	11.9524	0.834	-0.2884	1.2286	-1.6261	0.3951	-1.7366	-1.142	0.3199	-1.229	0.5163	0.0353	0.1069	0.3097	0.3106	0.6947	43.046	-34.124	-27.065
14	1.6056	-1.1792	-0.2353	1.8837	-0.291	1.1843	0.0653	0.0646	-0.091	-0.1079	-0.0703	0.1154	0.0818	-0.1259	0.005	0.1309	0.0518	-0.0226	0.1356	-0.0165	0.1	35.025	-52.526	-19.474
15	1.1009	0.5305	-0.0853	1.6579	-0.158	0.7693	-0.0767	0.1198	0.0033	-0.1214	0.0782	0.0751	0.064	-0.0794	-0.0014	0.1163	-0.0654	-0.0047	0.1039	0.0082	0.0915	-20.642	-50.163	-54.499
16	2.3825	1.6656	0.0002	3.4939	0.003	1.3231	-0.0255	0.0182	-0.2327	-0.0759	-0.0054	-0.2066	0.0976	0.0762	0.0309	0.1494	-0.0256	-0.0147	0.1135	-0.0052	0.1449	-5.423	-47.153	-48.463
17	1.5483	1.1491	-0.0099	2.0197	-0.0987	1.0692	0.0424	-0.0541	-0.0616	0.0641	-0.0647	-0.0246	-0.0009	-0.0794	0.0223	0.1395	-0.0533	0.0026	0.1284	0.012	0.1188	-16.836	-49.161	-47.274

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	114 - 139
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	140 - 180
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	181 - 204
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	205 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	114 - 163
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	164 - 237
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 84
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	85 - 113
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	114 - 137
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	138 - 157
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	158 - 166
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	167 - 237
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	1 - 113
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	114 - 163
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	164 - 237

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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