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Yorodumi- PDB-3nwl: The crystal structure of the P212121 form of bovine liver catalas... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3nwl | ||||||
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Title | The crystal structure of the P212121 form of bovine liver catalase previously characterized by electron microscopy | ||||||
Components | Catalase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / oxioreductase / NADPH / HEME b | ||||||
Function / homology | Function and homology information catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide ...catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / peroxisome / heme binding / enzyme binding / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.69 Å | ||||||
Authors | Foroughi, L.M. / Kang, Y.N. / Matzger, A.J. | ||||||
Citation | Journal: Cryst.Growth Des. / Year: 2011 Title: Polymer-Induced Heteronucleation for Protein Single Crystal Growth: Structural Elucidation of Bovine Liver Catalase and Concanavalin A Forms Authors: Foroughi, L.M. / Kang, Y.N. / Matzger, A.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3nwl.cif.gz | 781.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3nwl.ent.gz | 657.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3nwl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3nwl_validation.pdf.gz | 3.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3nwl_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | Display | |
Data in XML | 3nwl_validation.xml.gz | 73.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3nwl_validation.cif.gz | 97.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/3nwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/3nwl | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3nwkC 4blcS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 60001.129 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P00432, catalase #2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-NDP / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 273 K Method: sitting drop vapor diffusion using polymer-induced heteronucleation pH: 6.8 Details: 0.05 M sodium phosphate pH 6.8, 12% PEG 4000, sitting drop vapor diffusion using polymer-induced heteronucleation, temperature 273K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.12713 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 1, 2009 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.12713 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. all: 60233 / Num. obs: 60233 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 39.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 15.73 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.75 Å / Redundancy: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / Num. unique all: 2672 / % possible all: 86.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4blc Resolution: 2.69→39.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 27.221 / SU ML: 0.267 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.36 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.693 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.69→39.98 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Number: 4018 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.692→2.762 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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