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万見
- PDB-7cat: The NADPH binding site on beef liver catalase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cat
タイトルThe NADPH binding site on beef liver catalase
要素CATALASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / H2O2 ACCEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / peroxisomal matrix / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process ...catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / peroxisomal matrix / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / peroxisome / heme binding / enzyme binding / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hemocyanin, N-terminal domain - #60 / Cytochrome C Oxidase; Chain J - #20 / Catalase, clade 3 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. ...Hemocyanin, N-terminal domain - #60 / Cytochrome C Oxidase; Chain J - #20 / Catalase, clade 3 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Murthy, M.R.N. / Reid III, T.J. / Sicignano, A. / Tanaka, N. / Fita, I. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985
タイトル: The NADPH binding site on beef liver catalase.
著者: Fita, I. / Rossmann, M.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1986
タイトル: The Refined Structure of Beef Liver Catalase at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Fita, I. / Silva, A.M. / Murthy, M.R.N. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Comparison of Beef Liver and Penicillium Vitale Catalases
著者: Melik-Adamyan, W.R. / Barynin, V.V. / Vagin, A.A. / Borisov, V.V. / Vainshtein, B.K. / Fita, I. / Murthy, M.R.N. / Rossmann, M.G.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: The Active Center of Catalase
著者: Fita, I. / Rossmann, M.G.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Structure of Beef Liver Catalase
著者: Murthy, M.R.N. / Reid III, T.J. / Sicignano, A. / Tanaka, N. / Rossmann, M.G.
#5: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1981
タイトル: The Structure of Beef Liver Catalase
著者: Murthy, M.R.N. / Reid III, T.J. / Sicignano, A. / Tanaka, N. / Rossmann, M.G.
#6: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1981
タイトル: The Structure of Beef Liver Catalase
著者: Murthy, M.R.N. / Reid III, T.J. / Sicignano, A. / Tanaka, N. / Rossmann, M.G.
#7: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981
タイトル: Structure and Heme Environment of Beef Liver Catalase at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Reid III, T.J. / Murthy, M.R.N. / Sicignano, A. / Tanaka, N. / Musick, W.D.L. / Rossmann, M.G.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: Crystalline Bovine Liver Catalase
著者: Eventoff, W. / Tanaka, N. / Rossmann, M.G.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: The Molecular Symmetry of Bovine Liver Catalase
著者: Eventoff, W. / Gurskaya, G.V.
履歴
登録1984年11月15日処理サイト: BNL
置き換え1985年4月1日ID: 3CAT
改定 1.01985年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年10月12日Group: Derived calculations
改定 1.42012年11月21日Group: Derived calculations
改定 2.02023年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _atom_sites.fract_transf_vector[2] / _atom_sites.fract_transf_vector[3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_planes.rmsd / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.matrix[3][3] / _struct_ncs_oper.vector[1] / _struct_ncs_oper.vector[2] / _struct_ncs_oper.vector[3] / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
Remark 700SHEET THE NINE-STRANDED SHEET S1A DESCRIBED BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA BARREL. THIS ...SHEET THE NINE-STRANDED SHEET S1A DESCRIBED BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA BARREL. THIS IS DENOTED BY THE FIRST STRAND RECURRING AS THE LAST STRAND.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATALASE
B: CATALASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0536
ポリマ－115,3292
非ポリマー2,7244
水1,802100
1
A: CATALASE
B: CATALASE
ヘテロ分子

A: CATALASE
B: CATALASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,10512
ポリマ－230,6584
非ポリマー5,4488
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
Buried area53550 Å2
ΔGint-296 kcal/mol
Surface area58990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.000, 142.000, 103.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Atom site foot note1: RESIDUE 405 IS A CIS-PROLINE.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.918275, 0.047185, -0.393099), (0.047184, -0.972758, -0.226956), (-0.393142, -0.226989, 0.891033)
ベクター: -58.61394, 179.97282, 9.41719)
詳細Translation is required to obtain the tetramer because the coordinates are not presented in standard frame.

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要素

#1: タンパク質 CATALASE


分子量: 57664.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 組織: Liver / 参照: UniProt: P00432, catalase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.8 / 手法: unknown
詳細: referred to 'Reid /III, T.J.', (1981) Proc.Nat.Acad.Sci.USA, 78, 4767-4771
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
135 mg/mlcatalase11
21.71 M11NaCl
310 mMTris11

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS

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解析

精密化解像度: 2.5→8.5 Å / Rfactor Rwork: 0.212
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8016 0 182 100 8298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 8.5 Å / Rfactor obs: 0.212
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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