[日本語] English
万見
- PDB-1gkb: CONCANAVALIN A, NEW CRYSTAL FORM -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gkb
タイトルCONCANAVALIN A, NEW CRYSTAL FORM
要素CONCANAVALIN A
キーワードLECTIN-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種CANAVALIA ENSIFORMIS (タチナタマメ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Kantardjieff, K. / Rupp, B. / Hoechtl, P. / Segelke, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Concanavalin a in a Dimeric Crystal Form: Revisiting Structural Accuracy and Molecular Flexibility
著者: Kantardjieff, K. / Hochtl, P. / Segelke, B. / Tao, F. / Rupp, B.
履歴
登録2001年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2001年8月20日ID: 1E0I
改定 1.02001年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CONCANAVALIN A
B: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4838
ポリマ－51,2452
非ポリマー2396
水12,394688
1
A: CONCANAVALIN A
B: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子

A: CONCANAVALIN A
B: CONCANAVALIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,96716
ポリマ－102,4904
非ポリマー47712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.700, 101.380, 111.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2130-

HOH

21A-2143-

HOH

31A-2326-

HOH

41B-2122-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAGLYGLYAA1 - 261 - 26
21ALAALAGLYGLYBB1 - 261 - 26
12ASPASPVALVALAA28 - 6528 - 65
22ASPASPVALVALBB28 - 6528 - 65
13TYRTYRASPASPAA67 - 7167 - 71
23TYRTYRASPASPBB67 - 7167 - 71
14ALAALAALAALAAA7373
24ALAALAALAALABB7373
15VALVALALAALAAA75 - 9575 - 95
25VALVALALAALABB75 - 9575 - 95
16THRTHRLEULEUAA97 - 10797 - 107
26THRTHRLEULEUBB97 - 10797 - 107
17TRPTRPTRPTRPAA109109
27TRPTRPTRPTRPBB109109
18PHEPHETHRTHRAA111 - 112111 - 112
28PHEPHETHRTHRBB111 - 112111 - 112
19LYSLYSPHEPHEAA114 - 128114 - 128
29LYSLYSPHEPHEBB114 - 128114 - 128
110PHEPHEPHEPHEAA130 - 133130 - 133
210PHEPHEPHEPHEBB130 - 133130 - 133
111LYSLYSALAALAAA135 - 193135 - 193
211LYSLYSALAALABB135 - 193135 - 193
112PHEPHEASPASPAA195 - 203195 - 203
212PHEPHEASPASPBB195 - 203195 - 203
113PROPROILEILEAA206 - 214206 - 214
213PROPROILEILEBB206 - 214206 - 214
114ASNASNPROPROAA216 - 222216 - 222
214ASNASNPROPROBB216 - 222216 - 222
115GLYGLYASNASNAA224 - 237224 - 237
215GLYGLYASNASNBB224 - 237224 - 237

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9481, -0.000706, 0.3181), (0.000772, -1, 0.002078), (0.3181, 0.002216, 0.9481)
ベクター: -8.962, 16.6, 1.399)

-
要素

#1: タンパク質 CONCANAVALIN A / CON A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURCHASED FROM SIGMA, CONCANAVALIN C7275 / 由来: (天然) CANAVALIA ENSIFORMIS (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CONCANAVALIN A COMPLEXED WITH ALPHA-METHYL-D THE SWS ENTRY P81461 IS THE MATURE CHAIN. THE SWS ...CONCANAVALIN A COMPLEXED WITH ALPHA-METHYL-D THE SWS ENTRY P81461 IS THE MATURE CHAIN. THE SWS ENTRY P02866 IS THE PRECURSOR PROTEIN. THE MATURE C CONSISTS OF RESIDUES 164-281 FOLLOWED BY 30-148. TO FORM A MATURE CHAIN THE PRECURSOR UNDERGOES FURTHER POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION AFTER REMOVAL OF THE SIGNAL SEQUENCE; CLEAVAGE AFTER ASN AT POSITIONS 148, 163, AND 281 FOLLOWED BY TRANSPOSITION AND LIGATION (BY FORMATION OF A N PEPTIDE BOND) OF RESIDUES 164-281 AND 30-148. THERE ARE 3 DIFFERENCES BETWEEN THE DEPOSITORS' DATA AND THE GENETIC SEQUENCE(S) : (1) RESIDUE ASP 58 (GLY IN THE P81461 ENTRY): FROM THE ELECTRON DENSITY IT APPEARS HIGHLY UNLIKELY THAT THIS RESIDUE IS GLYCINE. ASP (OR ASN) IS THE PROPER RESIDUE IN THIS X-RAY STRUCTURE. COMPARE ENTRIES 1JBC, 1NLS AND P02866 CONA_CANEN. (2) RESIDUE ASP 151 (GLU IN THE GENETIC ENTRY): ALTHOUGH NOT AS CLEARLY DEFINED AS IN GLU 155, WARP AND THE FO-FC OMIT MAPS SUGGEST THAT THIS RESIDUE IS PROBABLY ASP IN AGREEMENT WITH ENTRIES 1JBC, 1NLS. (3) RESIDUE ASP 155 (ARG IN THE PROSITE ENTRY): FROM THE ELECTRON DENSITY IT APPEARS HIGHLY UNLIKELY THAT THIS RESIDUE IS ARGININE. GLU (OR GLN) IS THE PROPER RESIDUE IN THE X-RAY STRUCTURE. COMPARE ENTRIES 1JBC AND 1NLS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.53 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: HANGING DROP, 30MG/ML, 10+10 UL 1 ML WELL, TRIS/HCL PH 8.0, 25%
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
130 mg/mlprotein1dropin water
2100 mMTris-HCl1reservoir
325 %(v/v)ethanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178
検出器タイプ: ADSC AREA DETECTOR / 日付: 1995年7月15日 / 詳細: COLLIMATOR 0.5 MM
放射モノクロメーター: SUPPER GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.564→38.63 Å / Num. obs: 73179 / % possible obs: 77 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 46
反射
*PLUS
Num. measured all: 234173
反射 シェル
*PLUS
Num. unique obs: 2920 / Num. measured obs: 7300

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
ADSCデータ削減
DATAMANデータスケーリング
FCALCデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JBC

1jbc


解像度: 1.56→38.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 3.903 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME DISORDERED OR POORLY DEFINED SOLVENT ATOMS ARE MODELLED WITH PARTIALLY OCCUPIED (N=0.5) WATERS. THOSE ATOMS DO NOT HAVE AN ASSOCIATED ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. SOME DISORDERED OR POORLY DEFINED SOLVENT ATOMS ARE MODELLED WITH PARTIALLY OCCUPIED (N=0.5) WATERS. THOSE ATOMS DO NOT HAVE AN ASSOCIATED SECOND CONFORMER AND CAN BE IN CLOSE CONTACT (~2.1 A) TO EACH OTHER.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 7385 10.1 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 65794 76.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→38.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3618 0 6 688 4312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0213761
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8491.9345127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5663472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.79815641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.31757
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.5696
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.347
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2320.532
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1822376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.99333879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97331385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.91541248
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
112tight positional0.210.05
826medium positional0.130.5
771loose positional0.315
112tight thermal0.810.5
826medium thermal1.512
771loose thermal2.0610
LS精密化 シェル解像度: 1.56→1.58 Å / Total num. of bins used: 40 /
Rfactor反射数
Rfree0.273 124
Rwork0.275 1070
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.18048 / Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.85
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.182
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.9733
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.9933
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.9154
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.564 Å / 最低解像度: 1.584 Å / Num. reflection Rwork: 1070

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る