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万見
- PDB-5o6n: High pressure flash cooled concanavalin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o6n
タイトルHigh pressure flash cooled concanavalin A
要素Concanavalin-A,Concanavalin-A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / high pressure flash cooling / crystal grown without cryoprotectants
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Thielmann, Y. / Quirnheim Pais, D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: A standardized technique for high-pressure cooling of protein crystals.
著者: Quirnheim Pais, D. / Rathmann, B. / Koepke, J. / Tomova, C. / Wurzinger, P. / Thielmann, Y.
履歴
登録2017年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin-A,Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8116
ポリマ－25,6221
非ポリマー1895
水7,782432
1
A: Concanavalin-A,Concanavalin-A
ヘテロ分子

A: Concanavalin-A,Concanavalin-A
ヘテロ分子

A: Concanavalin-A,Concanavalin-A
ヘテロ分子

A: Concanavalin-A,Concanavalin-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,24524
ポリマ－102,4904
非ポリマー75620
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area11680 Å2
ΔGint-254 kcal/mol
Surface area32650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.260, 86.230, 89.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-406-

HOH

21A-830-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Concanavalin-A,Concanavalin-A / Con A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866

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非ポリマー , 5種, 437分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10 mg/ml Concanavalin A in 0.025 M HEPES pH 7.0 were mixed in a 1:1 ratio with 6 % (w/v) PEG 8000 and 0.1 M Tris pH 8.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→33.23 Å / Num. obs: 51608 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.04421 / Rrim(I) all: 0.04842 / Net I/σ(I): 21.36
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.3805 / Rrim(I) all: 0.4554

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1jbc

1jbc


解像度: 1.35→33.228 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1639 1968 3.87 %
Rwork0.1327 --
obs0.1339 50806 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→33.228 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1809 0 5 432 2246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8222762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.1791465
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3483-1.3820.24231090.22822751X-RAY DIFFRACTION78
1.382-1.41940.21921280.19723292X-RAY DIFFRACTION93
1.4194-1.46110.20691450.16173448X-RAY DIFFRACTION97
1.4611-1.50830.16921370.13463479X-RAY DIFFRACTION98
1.5083-1.56220.17521410.1263522X-RAY DIFFRACTION99
1.5622-1.62480.18151420.11993488X-RAY DIFFRACTION99
1.6248-1.69870.15991440.12173549X-RAY DIFFRACTION99
1.6987-1.78830.14891400.12623552X-RAY DIFFRACTION100
1.7883-1.90030.16541450.133565X-RAY DIFFRACTION100
1.9003-2.0470.14751430.12043589X-RAY DIFFRACTION100
2.047-2.25290.15921450.12823585X-RAY DIFFRACTION100
2.2529-2.57880.15841480.13653617X-RAY DIFFRACTION100
2.5788-3.24860.17121470.13983631X-RAY DIFFRACTION100
3.2486-33.23810.15031540.12243770X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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