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- PDB-2g4i: Anomalous substructure of Concanavalin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g4i
タイトルAnomalous substructure of Concanavalin A
要素Concanavalin A
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / anomalous substructure of concanavalin A
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls ...Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia virosa (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Mueller-Dieckmann, C. / Weiss, M.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part IV. Efficient determination of anomalous substructures in biomacromolecules using longer X-ray wavelengths.
著者: Mueller-Dieckmann, C. / Panjikar, S. / Schmidt, A. / Mueller, S. / Kuper, J. / Geerlof, A. / Wilmanns, M. / Singh, R.K. / Tucker, P.A. / Weiss, M.S.
履歴
登録2006年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE AUTHOR STATES THAT RESIDUE IN POSITION 151 IS INDEED ASP AND THE ONE IN POSITION 155 IS GLU.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8477
ポリマ－25,6221
非ポリマー2246
水46826
1
A: Concanavalin A
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
ヘテロ分子

A: Concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,38728
ポリマ－102,4904
非ポリマー89724
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area12110 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area32790 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.640, 86.050, 88.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Concanavalin A / Con A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia virosa (マメ科) / 参照: GenBank: 224360, UniProt: P81461*PLUS

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非ポリマー , 5種, 32分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.24 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 2 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 9510 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 17.337 / SU ML: 0.2 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.448 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25983 178 1.9 %RANDOM
Rwork0.19169 ---
obs0.19294 9332 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.369 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.22 Å20 Å20 Å2
2---0.84 Å20 Å2
3----4.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1809 0 6 26 1841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221851
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5751.9412524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00832941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4625236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.88324.87278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.0115289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.571156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022082
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.21124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2915
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.244
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1460.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1940.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2920.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6941.51180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1111.5478
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4172.51913
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.515698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.31110611
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.523 8 -
Rwork0.204 701 -
obs--99.44 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 47.7072 Å / Origin y: 56.5969 Å / Origin z: 32.9592 Å
111213212223313233
T-0.038 Å20.0223 Å20.0156 Å2-0.0107 Å20.0305 Å2--0.0392 Å2
L1.8789 °20.2117 °20.1411 °2-2.162 °2-0.157 °2--2.508 °2
S0.0204 Å °0.1046 Å °-0.0117 Å °-0.0129 Å °0.0066 Å °0.0443 Å °-0.0495 Å °-0.0257 Å °-0.0269 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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