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万見
- PDB-2g4s: Anomalous substructure of NBR1PB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g4s
タイトルAnomalous substructure of NBR1PB1
要素Next to BRCA1 gene 1 protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / anomalous substructure of NBR1PB1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of bone mineralization / phagophore assembly site / M band / mitogen-activated protein kinase binding / peroxisomal membrane / regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of osteoblast differentiation / autophagosome / Pexophagy / ubiquitin binding ...regulation of bone mineralization / phagophore assembly site / M band / mitogen-activated protein kinase binding / peroxisomal membrane / regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of osteoblast differentiation / autophagosome / Pexophagy / ubiquitin binding / macroautophagy / mitochondrial intermembrane space / late endosome / lysosome / receptor complex / nuclear body / intracellular membrane-bounded organelle / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NBR1, PB1 domain / : / Next to BRCA1 gene 1 protein-like, C-terminal UBA domain / Next to BRCA1, central domain / Ig-like domain from next to BRCA1 gene / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. ...NBR1, PB1 domain / : / Next to BRCA1 gene 1 protein-like, C-terminal UBA domain / Next to BRCA1, central domain / Ig-like domain from next to BRCA1 gene / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc finger, ZZ type / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / UBA-like superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulin-like fold / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Next to BRCA1 gene 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Mueller-Dieckmann, C. / Weiss, M.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part IV. Efficient determination of anomalous substructures in biomacromolecules using longer X-ray wavelengths.
著者: Mueller-Dieckmann, C. / Panjikar, S. / Schmidt, A. / Mueller, S. / Kuper, J. / Geerlof, A. / Wilmanns, M. / Singh, R.K. / Tucker, P.A. / Weiss, M.S.
履歴
登録2006年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Next to BRCA1 gene 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9093
ポリマ－9,8141
非ポリマー962
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.400, 101.400, 42.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Next to BRCA1 gene 1 protein / Neighbor of BRCA1 gene 1 protein / NBR1


分子量: 9813.853 Da / 分子数: 1 / 断片: PB1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NBR1,1A13B, KIAA0049, M17S2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14596
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 2 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 7391 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 8.668 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32262 168 2.3 %RANDOM
Rwork0.21444 ---
obs0.21647 7223 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.653 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.35 Å2-1.18 Å20 Å2
2---2.35 Å20 Å2
3---3.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数687 0 5 52 744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022699
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5211.952945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79731428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.825585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.19828.15838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.51315130
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02113
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2870.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1831.5551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1851.5175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5192.5699
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8335300
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3710246
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.207 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.609 11 -
Rwork0.189 519 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.846 Å / Origin y: 76.9035 Å / Origin z: 3.8092 Å
111213212223313233
T-0.1112 Å20.0391 Å20.1005 Å2--0.3288 Å20.0085 Å2---0.2414 Å2
L6.5772 °2-3.6706 °21.9775 °2-7.8619 °2-3.6095 °2--4.369 °2
S0 Å °0.2197 Å °0.577 Å °-0.6722 Å °-0.2225 Å °-0.9102 Å °0.3759 Å °0.3584 Å °0.2224 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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