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万見
- PDB-1icc: RAT OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE CYTOCHROME B5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1icc
タイトルRAT OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE CYTOCHROME B5
要素CYTOCHROME B5 OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE ISOFORM
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


Sphingolipid de novo biosynthesis / eNOS activation / Phase I - Functionalization of compounds / nitric-oxide synthase complex / nitrite reductase (NO-forming) activity / quinol-cytochrome-c reductase activity / nitric oxide biosynthetic process / enzyme activator activity / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle ...Sphingolipid de novo biosynthesis / eNOS activation / Phase I - Functionalization of compounds / nitric-oxide synthase complex / nitrite reductase (NO-forming) activity / quinol-cytochrome-c reductase activity / nitric oxide biosynthetic process / enzyme activator activity / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain ...: / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome b5 type B
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Terzyan, S. / Zhang, X.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Probing the differences between rat liver outer mitochondrial membrane cytochrome b5 and microsomal cytochromes b5.
著者: Altuve, A. / Silchenko, S. / Lee, K.H. / Kuczera, K. / Terzyan, S. / Zhang, X. / Benson, D.R. / Rivera, M.
履歴
登録2001年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME B5 OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE ISOFORM
B: CYTOCHROME B5 OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE ISOFORM
C: CYTOCHROME B5 OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE ISOFORM
D: CYTOCHROME B5 OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,56711
ポリマ－40,0284
非ポリマー2,5397
水4,468248
1
A: CYTOCHROME B5 OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6724
ポリマ－10,0071
非ポリマー6653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYTOCHROME B5 OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6232
ポリマ－10,0071
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CYTOCHROME B5 OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6483
ポリマ－10,0071
非ポリマー6412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CYTOCHROME B5 OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6232
ポリマ－10,0071
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
B: CYTOCHROME B5 OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE ISOFORM
ヘテロ分子

C: CYTOCHROME B5 OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2715
ポリマ－20,0142
非ポリマー1,2573
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.904, 51.315, 167.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
CYTOCHROME B5 OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE ISOFORM


分子量: 10006.988 Da / 分子数: 4 / 断片: WATER SOLUBLE DOMAIN / 変異: A18S, I32L, L47R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: HEPATOCYTE / 器官: LIVER / プラスミド: PET 11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04166
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000 Magnesium Acetate PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
127 %(w/v)PEG80001reservoir
20.2 Mmagnesium acetate1reservoir
30.1 MPIPES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年2月10日 / 詳細: Osmic Blue Optics
放射モノクロメーター: Osmic Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 24230 / Num. obs: 23878 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2324 / % possible all: 98.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.9 % / Num. unique obs: 2324

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AWP

1awp


解像度: 2→50 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic overall B-Factor / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber / 詳細: Used maximum likelihood target using amplitudes
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1494 6.7 %Random
Rwork0.196 ---
all0.23 23878 --
obs0.22 22023 91.4 %-
溶媒の処理Bsol: 53.34 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.354 Å20 Å20 Å2
2--0.155 Å20 Å2
3---5.199 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2787 0 175 248 3210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.61
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.181
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.06
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2
LS精密化 シェル解像度: 2→2.02 Å / Total num. of bins used: 29 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 43 7 %
Rwork0.278 571 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3heme.paramheme.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 6.7 % / Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_scangle_it / Dev ideal: 3.2
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / Rfactor Rfree: 0.326 / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rwork: 0.278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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