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- PDB-5ju7: DNA BINDING DOMAIN OF E.COLI CADC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ju7
タイトルDNA BINDING DOMAIN OF E.COLI CADC
要素Transcriptional activator CadC
キーワードTRANSCRIPTION / CADC / HELIX-TURN-HELIX MOTIF / TOXR-LIKE / DNA-BINDING TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR / CADBA PROMOTOR DNA / CYTOPLASMIC
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
CadC C-terminal domain 1 / CadC C-terminal domain 1 / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional activator CadC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Janowski, R. / Schlundt, A. / Sattler, M. / Niessing, D.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structure-function analysis of the DNA-binding domain of a transmembrane transcriptional activator.
著者: Schlundt, A. / Buchner, S. / Janowski, R. / Heydenreich, T. / Heermann, R. / Lassak, J. / Geerlof, A. / Stehle, R. / Niessing, D. / Jung, K. / Sattler, M.
履歴
登録2016年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional activator CadC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9136
ポリマ－12,5861
非ポリマー3275
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area6590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.140, 104.140, 44.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-324-

HOH

21A-328-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional activator CadC


分子量: 12586.452 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA BINDING DOMAIN OF CADC / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: cadC, b4133, JW4094 / プラスミド: PETTRX1A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23890
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 MM MES PH 6.5, 10 MM ZINC SULFATE, 27.5% PEG550 MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→90 Å / Num. obs: 9222 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 48.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 35.76
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
Auto-Rickshaw位相決定
Auto-Rickshaw位相決定
Auto-Rickshaw位相決定
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→90 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 12.343 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 460 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 8762 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 90.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20.35 Å2-0 Å2
2--0.7 Å2-0 Å2
3----2.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→90 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数870 0 5 28 903
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.019888
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1691.961210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97132007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8325106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.93723.65941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.24815158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.563158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02202
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4594.592427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.464.589426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6636.865532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.6616.866533
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4645.06461
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.4445.058461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.6027.392678
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.16536.655972
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.16836.656970
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 35 -
Rwork0.279 629 -
obs--99.85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.7633 Å / Origin y: -29.1747 Å / Origin z: 0.8728 Å
111213212223313233
T0.1864 Å2-0.1519 Å20.0189 Å2-0.2169 Å20.0013 Å2--0.026 Å2
L2.7583 °21.338 °20.9888 °2-4.4493 °20.6225 °2--2.5561 °2
S-0.0464 Å °0.0637 Å °0.1226 Å °0.0985 Å °0.16 Å °0.2122 Å °-0.0705 Å °-0.1468 Å °-0.1136 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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