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- PDB-1lj0: Structure of quintuple mutant of the rat outer mitocondrial cytoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lj0
タイトルStructure of quintuple mutant of the rat outer mitocondrial cytochrome b5.
要素Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME / HEME / protein engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


Sphingolipid de novo biosynthesis / eNOS activation / Phase I - Functionalization of compounds / nitric-oxide synthase complex / nitrite reductase (NO-forming) activity / quinol-cytochrome-c reductase activity / nitric oxide biosynthetic process / enzyme activator activity / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle ...Sphingolipid de novo biosynthesis / eNOS activation / Phase I - Functionalization of compounds / nitric-oxide synthase complex / nitrite reductase (NO-forming) activity / quinol-cytochrome-c reductase activity / nitric oxide biosynthetic process / enzyme activator activity / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain ...: / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome b5 type B
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cowley, A.B. / Altuve, A. / Kuchment, O. / Terzyan, S. / Zhang, X.C. / Rivera, M. / Benson, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Toward engineering the stability and hemin binding properties of microsomal cytochromes b5 into rat outer mitochondrial cytochrome b5: Examining the influence of residues 25 and 71.
著者: Cowley, A.B. / Altuve, A. / Kuchment, O. / Terzyan, S. / Zhang, X.C. / Rivera, M. / Benson, D.
履歴
登録2002年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
B: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
C: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
D: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,23611
ポリマ－41,6974
非ポリマー2,5397
水3,441191
1
A: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
B: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1306
ポリマ－20,8492
非ポリマー1,2824
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
C: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0824
ポリマ－20,8492
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
D: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1065
ポリマ－20,8492
非ポリマー1,2573
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0653
ポリマ－10,4241
非ポリマー6412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
B: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
ヘテロ分子

C: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0824
ポリマ－20,8492
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area10830 Å2
手法PISA
6
A: Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0894
ポリマ－10,4241
非ポリマー6653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.753, 50.854, 167.397
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome B5 outer mitochondrial membrane isoform


分子量: 10424.323 Da / 分子数: 4 / 断片: water soluble domain / 変異: A18S, I25L, I32L, L47R, L71S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P04166
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, MG ACETATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19 mg/mlprotein1drop
232 %(w/v)PEG1reservoir
30.2 Mmagnesium acetate1reservoir
40.1 MPIPES1reservoirpH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月8日 / 詳細: Osmic multilayer mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 23729 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 33.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.78 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2215 / % possible all: 94.7
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 1ICC

1icc


解像度: 2→23 Å / Isotropic thermal model: Overall anisotropic B factor / 交差検証法: R free / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: USED MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET FOR AMPLITUDES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1474 6.2 %Random
Rwork0.207 ---
all-23656 --
obs-21562 90.2 %-
溶媒の処理Bsol: 49.18 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.222 Å2--
2---6.698 Å2-
3---6.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2821 0 175 191 3187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.61
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 20088 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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