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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w7s | |||||||||
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タイトル | Wild-Type Aequorea victoria Green Fluorescent Protein | |||||||||
要素 | GREEN FLUORESCENT PROTEIN | |||||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN / BIOLUMINIESCENCE / FLUORESCENT PROTEIN / BETA-BARREL / BIOLUMINESCENCE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | AEQUOREA VICTORIA (オワンクラゲ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Van Thor, J.J. / Georgiev, G.Y. / Towrie, M. / Sage, J.T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Ultrafast and Low Barrier Motions in the Photoreactions of the Green Fluorescent Protein 著者: Van Thor, J.J. / Georgiev, G.Y. / Towrie, M. / Sage, J.T. | |||||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 12-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 13-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 10-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 11-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1w7s.cif.gz | 209.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1w7s.ent.gz | 168.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1w7s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1w7s_validation.pdf.gz | 454.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1w7s_full_validation.pdf.gz | 478.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1w7s_validation.xml.gz | 47.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1w7s_validation.cif.gz | 67.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/1w7s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/1w7s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26931.355 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THE CHROMOPHORE, GYS, IS PART OF THE PEPTIDE CHAIN BETWEEN RESIDUES 64 AND 68. 由来: (組換発現) AEQUOREA VICTORIA (オワンクラゲ) 組織: CIRCUMORAL RING CANAL / 器官: PHOTOGENIC ORGAN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 7.8 詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 4C FROM 50 MM MGCL2, 14-17 % PEG3350 AND 50-100 MM TRIS/CL PH 7.8 - 8.6. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.97809 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月8日 / 詳細: RH COATED SILICON MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SILICON (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97809 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→37.53 Å / Num. obs: 85082 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.172 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 86 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HCJ 解像度: 1.85→119.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.65 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→119.52 Å
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拘束条件 |
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