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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ej2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of inorganic pyrophosphatase from burkholderia pseudomallei with bound 5-amino-1-(4-chlorophenyl)-1h-pyrazole-4-carbonitrile, H32 crystal form | ||||||
![]() | Inorganic pyrophosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / structural genomics / SSGCID / BupsA.00023.a / pyrophosphatase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | ![]() inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome. 著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3d63C ![]() 3dahC ![]() 3eizC ![]() 3ek2C ![]() 3ezoC ![]() 3f0fC ![]() 3ftpC ![]() 3gk0C ![]() 3gk3C ![]() 3gvfC ![]() 3gwaC ![]() 3gweC ![]() 3imlC ![]() 3sz8C ![]() 3t4cC ![]() 3tmlC ![]() 3tmqC ![]() 3txyC ![]() 3u7jC ![]() 3ue9C ![]() 3uk1C ![]() 3uk2C ![]() 3undC ![]() 3uptC ![]() 3urrC ![]() 3uw1C ![]() 3uw2C ![]() 3uw3C ![]() 3v2iC ![]() 3v7nC ![]() 3v8hC ![]() 3v9oC ![]() 3v9pC ![]() 3vavC ![]() 4ddoC ![]() 4dfeC ![]() 4dheC ![]() 4dhkC ![]() 4dutC ![]() 4dz4C ![]() 4e4tC ![]() 4efiC ![]() 4eg0C ![]() 4egjC ![]() 4ek2C ![]() 4eqyC ![]() 4ewgC ![]() 4exqC ![]() 4f2gC ![]() 4f32C ![]() 4f3nC ![]() 4f3yC ![]() 4f4hC ![]() 4f7dC ![]() 4fk8C ![]() 4fryC ![]() 4g1kC ![]() 4g67C ![]() 4ghkC ![]() 4h3yC ![]() 4h3zC ![]() 4h4gC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21473.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ppa, BURPS1710b_1237 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-928 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.55 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 100 MM IMIDAZOLE, PH 5.4, 20% PEG 3500, 100 MM SODIUM THIOCYANATE, 12.5 MM 5-AMINO-1-(4- CHLOROPHENYL)-1H-PYRAZOLE-4-CARBONITRILE, , pH 5.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2008年8月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 10287 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / % possible all: 78.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.12→2.17 Å / Total num. of bins used: 20
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