PDB-5zpc: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zpc

タイトル

Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH 6 at 283 K (4)

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.741 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.

履歴

登録	2018年4月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zpc.cif.gz	511.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zpc.ent.gz	415.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zpc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5zpc_validation.pdf.gz	444.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5zpc_full_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示
XML形式データ	5zpc_validation.xml.gz	54 KB	表示
CIF形式データ	5zpc_validation.cif.gz	80.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/5zpc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zouC 5zowC 5zoxC 5zoyC 5zozC 5zp0C 5zp1C 5zp2C 5zp3C 5zp4C 5zp5C 5zp6C 5zp7C 5zp8C 5zp9C 5zpaC 5zpbC 5zpdC 5zpeC 5zpfC 5zpgC 5zphC 5zpiC 5zpjC 5zpkC 5zplC 5zpmC 5zpnC 5zpoC 5zppC 5zpqC 5zprC 5zpsC 5zptC 1iu7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zp2-2 5zou-d 5zp9-d 3x42-d 1avk-1 5zp4-1 5zpp-2 1iu7-d 5zpe-d 2cwt-d 5zp0-1 5zp1-2 5zoz-1 5zoy-2 5zpn-1 5zpm-1 5zpo-2 5zoz-2 5zps-1 3x40-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenylethylamine oxidase

B: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	193.789, 64.863, 158.885
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.120, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1439- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 968 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 283 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 174989 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.119 / Χ²: 2.459 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 655445

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.74-1.77	4	0.768	8692	0.719	0.434	0.884	1.336	97.7
1.77-1.8	4	0.648	8703	0.785	0.366	0.746	1.442	97.8
1.8-1.84	4	0.571	8707	0.809	0.322	0.657	1.558	98.1
1.84-1.87	4	0.492	8727	0.859	0.278	0.566	1.706	97.9
1.87-1.92	4	0.424	8725	0.883	0.24	0.488	1.858	97.7
1.92-1.96	4	0.357	8770	0.924	0.202	0.411	1.947	97.7
1.96-2.01	4	0.306	8671	0.943	0.174	0.353	2.165	97.4
2.01-2.06	3.9	0.269	8684	0.954	0.154	0.31	2.238	97.7
2.06-2.12	3.9	0.256	8729	0.955	0.146	0.295	2.439	97.7
2.12-2.19	3.9	0.226	8706	0.96	0.13	0.261	2.633	97.7
2.19-2.27	3.9	0.199	8737	0.972	0.115	0.23	2.747	97.6
2.27-2.36	3.8	0.182	8718	0.974	0.106	0.212	2.887	97.6
2.36-2.47	3.8	0.169	8741	0.979	0.098	0.196	3.021	97.8
2.47-2.6	3.7	0.152	8749	0.981	0.089	0.177	3.149	97.6
2.6-2.76	3.6	0.126	8800	0.986	0.076	0.148	3.354	98
2.76-2.98	3.5	0.101	8753	0.988	0.063	0.12	3.457	97.7
2.98-3.27	3.4	0.074	8790	0.993	0.047	0.088	3.315	97.7
3.27-3.75	3.2	0.052	8786	0.996	0.034	0.063	3.091	97.5
3.75-4.72	3.1	0.042	8821	0.997	0.027	0.05	2.902	97.1
4.72-50	3.1	0.04	8980	0.997	0.026	0.048	2.92	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7

解像度: 1.741→35.353 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	8748	5.01 %
R_work	0.1973	166007	-
obs	0.1987	174755	97.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.44 Å² / B_iso mean: 25.5533 Å² / B_iso min: 3.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.741→35.353 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9736	0	2	968	10706
B_iso mean	-	-	16.02	36.06	-
残基数	-	-	-	-	1240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10057
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.884	13715
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.281	5929

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7406-1.7604	0.3217	254	0.2899	4776	5030	83
1.7604-1.7811	0.3197	269	0.2806	5470	5739	98
1.7811-1.8028	0.2983	292	0.2618	5614	5906	98
1.8028-1.8257	0.29	282	0.2504	5520	5802	98
1.8257-1.8497	0.2577	291	0.2534	5549	5840	98
1.8497-1.875	0.2842	264	0.2445	5519	5783	98
1.875-1.9018	0.2831	290	0.2389	5645	5935	98
1.9018-1.9302	0.2885	278	0.2314	5511	5789	97
1.9302-1.9604	0.2599	294	0.2213	5569	5863	98
1.9604-1.9925	0.2486	292	0.215	5520	5812	97
1.9925-2.0268	0.2535	316	0.2151	5516	5832	98
2.0268-2.0637	0.2535	282	0.2187	5514	5796	97
2.0637-2.1034	0.2618	308	0.2193	5522	5830	98
2.1034-2.1463	0.2452	291	0.2189	5559	5850	98
2.1463-2.193	0.2391	293	0.2074	5492	5785	98
2.193-2.244	0.2465	311	0.215	5570	5881	98
2.244-2.3001	0.2521	292	0.2071	5552	5844	97
2.3001-2.3623	0.237	322	0.2059	5487	5809	98
2.3623-2.4318	0.2426	328	0.2063	5543	5871	98
2.4318-2.5102	0.232	288	0.2152	5559	5847	98
2.5102-2.5999	0.2562	271	0.2184	5603	5874	98
2.5999-2.704	0.2469	281	0.2108	5600	5881	98
2.704-2.827	0.25	296	0.2116	5567	5863	98
2.827-2.976	0.2503	288	0.2012	5572	5860	98
2.976-3.1623	0.2078	294	0.1886	5549	5843	98
3.1623-3.4063	0.2115	305	0.1766	5636	5941	98
3.4063-3.7488	0.1782	298	0.1645	5559	5857	97
3.7488-4.2904	0.168	294	0.1578	5609	5903	97
4.2904-5.4023	0.1744	287	0.1489	5627	5914	97
5.4023-35.3607	0.1988	297	0.1786	5678	5975	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6532	0.1746	-0.8077	1.503	-0.0169	1.0966	0.0715	0.1839	0.0524	-0.2763	-0.1014	-0.1247	-0.1627	0.0232	0.0125	0.2223	-0.0228	0.0547	0.4263	0.0746	0.1534	49.2726	5.3097	0.9506
2	0.9284	-0.0228	-0.0194	0.359	-0.0864	0.1006	0.0447	0.6512	-0.0473	-0.2096	-0.0706	0.0113	0.0454	0.0267	0.0353	0.2392	0.0514	-0.0069	0.484	-0.0374	0.1996	27.6319	-4.3169	-2.9251
3	0.5046	-0.0565	-0.0134	0.2832	-0.0009	1.0137	0.0062	0.185	0.0074	-0.0447	-0.0204	0.0013	-0.1049	0.1371	0.0064	0.1171	-0.0017	-0.0034	0.1327	0.005	0.1245	34.9768	-0.2465	23.4914
4	0.5945	-0.2149	-0.5419	2.0938	-0.1957	1.2162	-0.0261	-0.0965	0.0234	0.0425	-0.0116	0.0781	-0.1208	-0.2705	-0.0113	0.1229	0.065	0.0192	0.2368	-0.0333	0.1452	11.4455	7.5532	69.513
5	0.4962	0.0378	0.0185	0.2266	0.0351	1.0045	0.0039	-0.0706	-0.0058	0.0254	-0.0024	-0.0156	-0.0888	-0.0338	-0.0012	0.1127	0.0079	-0.0041	0.0809	0.0038	0.1349	26.7644	-0.0157	51.1788

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 72 )	A	9 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 73 through 159 )	A	73 - 159
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 160 through 628 )	A	160 - 628
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 72 )	B	9 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 73 through 628 )	B	73 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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