+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5vzr | |||||||||
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Title | Crystal Structure of MERS-CoV neutralizing antibody G4 Fab | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / neutralizing | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.57 Å | |||||||||
Authors | Wang, N. / Wrapp, D. / McLellan, J.S. | |||||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proc Natl Acad Sci U S A / Year: 2017 Title: Immunogenicity and structures of a rationally designed prefusion MERS-CoV spike antigen. Authors: Jesper Pallesen / Nianshuang Wang / Kizzmekia S Corbett / Daniel Wrapp / Robert N Kirchdoerfer / Hannah L Turner / Christopher A Cottrell / Michelle M Becker / Lingshu Wang / Wei Shi / Wing- ...Authors: Jesper Pallesen / Nianshuang Wang / Kizzmekia S Corbett / Daniel Wrapp / Robert N Kirchdoerfer / Hannah L Turner / Christopher A Cottrell / Michelle M Becker / Lingshu Wang / Wei Shi / Wing-Pui Kong / Erica L Andres / Arminja N Kettenbach / Mark R Denison / James D Chappell / Barney S Graham / Andrew B Ward / Jason S McLellan / Abstract: Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) is a lineage C betacoronavirus that since its emergence in 2012 has caused outbreaks in human populations with case-fatality rates of ∼36%. ...Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) is a lineage C betacoronavirus that since its emergence in 2012 has caused outbreaks in human populations with case-fatality rates of ∼36%. As in other coronaviruses, the spike (S) glycoprotein of MERS-CoV mediates receptor recognition and membrane fusion and is the primary target of the humoral immune response during infection. Here we use structure-based design to develop a generalizable strategy for retaining coronavirus S proteins in the antigenically optimal prefusion conformation and demonstrate that our engineered immunogen is able to elicit high neutralizing antibody titers against MERS-CoV. We also determined high-resolution structures of the trimeric MERS-CoV S ectodomain in complex with G4, a stem-directed neutralizing antibody. The structures reveal that G4 recognizes a glycosylated loop that is variable among coronaviruses and they define four conformational states of the trimer wherein each receptor-binding domain is either tightly packed at the membrane-distal apex or rotated into a receptor-accessible conformation. Our studies suggest a potential mechanism for fusion initiation through sequential receptor-binding events and provide a foundation for the structure-based design of coronavirus vaccines. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5vzr.cif.gz | 359.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5vzr.ent.gz | 294.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5vzr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5vzr_validation.pdf.gz | 461.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5vzr_full_validation.pdf.gz | 464.1 KB | Display | |
Data in XML | 5vzr_validation.xml.gz | 41.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5vzr_validation.cif.gz | 63 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/5vzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/5vzr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8783C 8784C 8785C 8786C 8787C 8788C 8789C 8790C 8791C 8792C 8793C 5vyhC 5w9hC 5w9iC 5w9jC 5w9kC 5w9lC 5w9mC 5w9nC 5w9oC 5w9pC 2jelS 3qq9S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 25295.322 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fab fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23867.367 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Fab fragment Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES pH 6.5, 0.2 M magnesium chloride and 10% (w/w) PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 27, 2016 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.57→88.76 Å / Num. obs: 128851 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 786682 / Scaling rejects: 1746 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDBIDs 2JEL and 3QQ9 Resolution: 1.57→73.025 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.55 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.14 Å2 / Biso mean: 27.4222 Å2 / Biso min: 9.29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.57→73.025 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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