PDB-5tv2: Crystal structure of a fragment (1-405) of an elongation factor G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tv2

タイトル

Crystal structure of a fragment (1-405) of an elongation factor G from Vibrio vulnificus CMCP6

要素

Elongation factor G

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / GTP-binding domain / domain II / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Cardona-Correa, A. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...

履歴

登録	2016年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2026年2月11日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tv2.cif.gz	166.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tv2.ent.gz	130.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tv2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tv2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/5tv2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tr3C 5ty0C 5u1oC 5u2gC 5u47C 5ue1C 5umeC 5umgC 5us8C 5uswC 5usxC 5utxC 5uu6C 5uwyC 5ux9C 5v0iC 5v36C 5vdnC 5vfbC 5vh6C 5vt3C 5wi5C 5wp0C 6aonC 6aooC 6awaC 6aziC 6b4oC 6b5fC 6b8dC 6balC 6bk7C 6blbC 6bq9C 6bz0C 6c8qC 6cmzC 6cn1C 6czpC 6e5yC 6muqC 6n0iC 6n7fC 6nbkC 6nfpC 6nkjC 6po4C 6pu9C 6puaC 6pxaC 6w2zC 9bznC 9bzqC 9bzrC 4fn5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ty0-d 1ohc-d 1ohe-d 3v5c-3 5yq0-7 5f87-1 5yq0-2 4goj-2 5vh6-d 1ne4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07581

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (19) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (19) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (12) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (5) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Elongation factor G

45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.678, 54.496, 65.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.58, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Elongation factor G / EF-G 分子量: 45260.984 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-405 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Protein degraded during crystallization. Only part of the protein was crystallized. 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: fusA, VV1_1338 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q8DCQ8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 MMT buffer, 25 % PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月5日 / 詳細: 3.0 Undulator
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 48492 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.75 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 31.3
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2460 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4fn5

4fn5

解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.746 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25307	2405	5 %	RANDOM
R_work	0.17864	-	-	-
obs	0.18232	46069	97.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.817 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.08 Å²	-0 Å²	-2.01 Å²
2-	-	2.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2862	0	0	247	3109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	2933
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2819
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.782	1.95	3967
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.977	3	6472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.419	5	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.84	24.583	144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.253	15	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.734	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.02	3342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	657
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.257	2.261	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.269	20.942	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.996	3.392	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.995		1835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.088	2.775	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.07		1461
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.828	19.021	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.605		3276
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.56		3221
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.287	3	2933
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	18.566	5	2888

LS精密化シェル

解像度: 1.599→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	165	-
R_work	0.264	3340	-
obs	-	-	95.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3955	-0.7202	-0.3051	1.0133	0.8086	4.9544	-0.0023	-0.1142	-0.1119	-0.0912	0.1172	-0.0152	-0.2191	0.0125	-0.1149	0.0462	0.0029	0.0471	0.0186	0.0143	0.059	21.0736	-0.9562	-0.0326
2	1.3444	0.462	0.5272	1.3133	-0.3729	1.011	-0.1889	-0.2241	0.1321	0.2512	0.1343	0.0169	-0.2159	-0.2093	0.0546	0.1503	0.0981	0.0297	0.0819	-0.0137	0.0984	21.6545	4.835	9.3288
3	1.9203	0.701	0.2681	1.9669	0.2918	2.1573	-0.1682	-0.3948	0.0664	0.4153	0.1252	0.0573	-0.0319	-0.0955	0.0431	0.1734	0.1083	0.0342	0.1284	-0.0148	0.0456	25.8252	-1.2031	23.1084
4	1.5437	1.9125	0.5116	5.9249	1.8454	0.7935	-0.0228	-0.2045	-0.1969	0.5244	-0.0032	-0.0219	0.2991	-0.1577	0.026	0.2056	-0.0051	0.07	0.2389	0.0598	0.0766	27.4198	-19.5106	23.9686
5	0.8529	-0.1227	0.3813	1.3172	-0.495	0.6539	-0.1623	-0.3347	-0.0707	0.1616	0.1778	0.105	-0.0352	-0.223	-0.0155	0.0935	0.0701	0.0806	0.1485	0.0329	0.0949	22.8087	-6.6935	13.0116
6	2.1147	0.8359	0.3464	1.6157	-0.2223	0.9564	-0.0554	-0.0057	0.0257	-0.0772	0.1256	0.2247	0.003	-0.139	-0.0702	0.0171	-0.0043	0.0201	0.0259	0.0245	0.1039	7.4767	5.848	-7.3425
7	2.0215	0.5041	0.5099	1.8556	-0.4514	1.5444	-0.0318	0.0883	0.0798	-0.1326	0.0709	0.2458	0.0167	-0.0554	-0.0391	0.0322	-0.0017	0.0233	0.0085	0.0133	0.1079	9.3622	6.7703	-8.1668

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	125 - 209
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	210 - 242
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	243 - 296
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	297 - 367
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	368 - 405

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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