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- PDB-5tv2: Crystal structure of a fragment (1-405) of an elongation factor G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tv2
タイトルCrystal structure of a fragment (1-405) of an elongation factor G from Vibrio vulnificus CMCP6
要素Elongation factor G
キーワードNUCLEAR PROTEIN / GTP-binding domain / domain II / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation factors / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV ...Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation factors / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor G
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Cardona-Correa, A. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a fragment (1-405) of an elongation factor G from Vibrio vulnificus CMCP6
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Cardona-Correa, A. / Dubrovska, I. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2611
ポリマ－45,2611
非ポリマー00
水4,414245
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.678, 54.496, 65.319
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor G / EF-G


分子量: 45260.984 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-405 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein degraded during crystallization. Only part of the protein was crystallized.
由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: fusA, VV1_1338 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: Q8DCQ8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 MMT buffer, 25 % PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月5日 / 詳細: 3.0 Undulator
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 48492 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.75 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 31.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 2460 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4fn5

4fn5


解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.746 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.108 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25307 2405 5 %RANDOM
Rwork0.17864 ---
obs0.18232 46069 97.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 38.817 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.08 Å2-0 Å2-2.01 Å2
2--2.8 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2862 0 0 247 3109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192933
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7821.953967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97736472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4195366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.8424.583144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25315521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7341523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.023342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2572.2611470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.26920.9421469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9963.3921834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9951835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0882.7751463
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.071461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.82819.0212133
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.6053276
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.563221
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.28732933
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded18.56652888
LS精密化 シェル解像度: 1.599→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 165 -
Rwork0.264 3340 -
obs--95.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3955-0.7202-0.30511.01330.80864.9544-0.0023-0.1142-0.1119-0.09120.1172-0.0152-0.21910.0125-0.11490.04620.00290.04710.01860.01430.05921.0736-0.9562-0.0326
21.34440.4620.52721.3133-0.37291.011-0.1889-0.22410.13210.25120.13430.0169-0.2159-0.20930.05460.15030.09810.02970.0819-0.01370.098421.65454.8359.3288
31.92030.7010.26811.96690.29182.1573-0.1682-0.39480.06640.41530.12520.0573-0.0319-0.09550.04310.17340.10830.03420.1284-0.01480.045625.8252-1.203123.1084
41.54371.91250.51165.92491.84540.7935-0.0228-0.2045-0.19690.5244-0.0032-0.02190.2991-0.15770.0260.2056-0.00510.070.23890.05980.076627.4198-19.510623.9686
50.8529-0.12270.38131.3172-0.4950.6539-0.1623-0.3347-0.07070.16160.17780.105-0.0352-0.223-0.01550.09350.07010.08060.14850.03290.094922.8087-6.693513.0116
62.11470.83590.34641.6157-0.22230.9564-0.0554-0.00570.0257-0.07720.12560.22470.003-0.139-0.07020.0171-0.00430.02010.02590.02450.10397.47675.848-7.3425
72.02150.50410.50991.8556-0.45141.5444-0.03180.08830.0798-0.13260.07090.24580.0167-0.0554-0.03910.0322-0.00170.02330.00850.01330.10799.36226.7703-8.1668
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3A125 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4A210 - 242
5X-RAY DIFFRACTION5A243 - 296
6X-RAY DIFFRACTION6A297 - 367
7X-RAY DIFFRACTION7A368 - 405

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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