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- PDB-4z2d: Quinolone(Levofloxacin)-DNA cleavage complex of gyrase from S. pn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z2d
タイトルQuinolone(Levofloxacin)-DNA cleavage complex of gyrase from S. pneumoniae
要素
  • (DNA gyrase subunit ...) x 2
  • (Symmetrized E-site ...) x 2
キーワードISOMERASE / Gyrase / Cleavage complex / DNA / quinolone
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B ...Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LFX / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Crevel, I.M.-T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K010069/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies of the drug-stabilized cleavage complexes of topoisomerase IV and gyrase from Streptococcus pneumoniae
著者: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Crevel, I.M.-T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2015年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
C: DNA gyrase subunit B
B: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B
E: Symmetrized E-site DNA
F: Symmetrized E-site DNA
H: Symmetrized E-site DNA
G: Symmetrized E-site DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,66212
ポリマ－194,8918
非ポリマー7714
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18350 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area57440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.130, 95.880, 275.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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DNA gyrase subunit ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit A


分子量: 56747.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: gyrA, BM52_0349 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R867, UniProt: Q8DPM2*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 30286.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: gyrB, BM52_1967, DJ38_04430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59957, UniProt: P0A4M0*PLUS, EC: 5.99.1.3

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Symmetrized E-site ... , 2種, 4分子 EGFH

#3: DNA鎖 Symmetrized E-site DNA


分子量: 4589.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 Symmetrized E-site DNA


分子量: 5821.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 12分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#6: 化合物 ChemComp-LFX / (3S)-9-fluoro-3-methyl-10-(4-methylpiperazin-1-yl)-7-oxo-2,3-dihydro-7H-[1,4]oxazino[2,3,4-ij]quinoline-6-carboxylic acid / Levofloxacin / レボフロキサシン


分子量: 361.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20FN3O4 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.98 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 5-10% PEG 8000, 10-20% Ethylene glycol, 0.1M Imidazole/MES buffer system, 0.1M Amino Acids
PH範囲: 6.0-7.0 / Temp details: Incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→31.96 Å / Num. obs: 38701 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 6.62 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 9.0912
反射 シェル解像度: 3.29→3.38 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / % possible all: 99.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RAF, 4I3H

3raf

4i3h


解像度: 3.38→31.541 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2799 1727 4.84 %
Rwork0.2287 --
obs0.2312 35660 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.38→31.541 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9331 725 54 8 10118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310351
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54214263
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2233534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031766
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3801-3.47940.32711480.26652758X-RAY DIFFRACTION99
3.4794-3.59160.38681270.25222799X-RAY DIFFRACTION100
3.5916-3.71980.28461560.22952761X-RAY DIFFRACTION100
3.7198-3.86850.25391610.21772763X-RAY DIFFRACTION100
3.8685-4.04420.25081560.20342782X-RAY DIFFRACTION100
4.0442-4.25690.24851320.19492812X-RAY DIFFRACTION100
4.2569-4.52290.26661350.18792828X-RAY DIFFRACTION100
4.5229-4.8710.21361420.18952822X-RAY DIFFRACTION100
4.871-5.3590.29031180.21372868X-RAY DIFFRACTION100
5.359-6.12950.32631630.26292826X-RAY DIFFRACTION100
6.1295-7.70390.32461230.26982905X-RAY DIFFRACTION100
7.7039-31.54240.27191660.24063009X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.0643-4.2534-6.09557.14083.69395.5015-0.5269-0.2416-0.2361.373-0.22630.0084-1.4119-0.1470.70271.02020.3185-0.25481.0606-0.09840.642572.19663.673937.0053
22.86391.44380.48733.0089-0.19712.96010.1756-0.1445-0.19870.1195-0.2453-0.0569-0.1775-0.36420.09010.70860.0325-0.08540.72580.0150.500686.2052-16.593139.8734
34.1551-1.9925-4.62863.75632.88625.26880.20540.3893-0.69-0.3588-0.51820.3291-0.6367-1.81490.35780.6494-0.1054-0.13090.8979-0.03470.723779.9812-30.662217.9626
46.3452-3.7282-2.47087.8148-1.66877.3450.0553-0.04590.1844-0.23930.50570.8742-0.0681-0.9432-0.56530.8032-0.1683-0.05990.9934-0.18150.606490.5296-31.0525-10.0521
52.46111.1048-3.47555.4579-4.9738.6413-0.112-1.0365-0.796-0.2807-1.1236-0.24330.10391.91341.0230.8483-0.0736-0.42010.99810.00080.843484.9426-40.759710.4691
69.23467.37426.67586.99735.9825.20770.99520.2229-1.82640.04410.4686-1.22440.5870.1114-1.51140.7824-0.0365-0.09320.70230.00070.644983.5844-35.299933.8656
78.18890.14461.9156.81664.26933.07950.7118-0.30020.19680.4287-0.5776-0.3266-0.02840.0325-0.1591.3017-0.09350.03191.03860.14840.601396.8666-13.158969.7901
81.62592.1189-2.13422.8778-2.99173.3380.05060.04440.67430.57310.20890.0523-1.44260.7143-0.16290.80780.2135-0.02180.7012-0.20490.7089127.33955.368234.6655
92.88181.1016-0.49072.4314-0.07832.5310.2793-0.29010.0664-0.04840.02970.2091-0.8323-0.0247-0.33661.23820.08370.10790.72910.03090.6724113.064412.905415.8291
101.87291.94112.24667.08675.37774.85340.25180.5002-0.3-0.21480.1191-1.1771-0.28650.3829-0.14151.045-0.05410.15211.02510.06710.7334117.8226-6.362-3.2679
115.84594.23832.72228.17990.45888.2458-0.3710.3248-0.0143-0.0298-0.3095-0.5467-1.00410.86660.56910.53770.02550.02390.6365-0.05240.6167107.8608-32.4308-9.2974
126.64815.88666.06225.23695.61598.0842-1.9132.07581.0138-1.66521.5141.1172-0.97630.29690.25531.18510.04660.06670.8230.05050.8382113.6036-10.0501-14.2272
138.2996-6.9291-8.03465.79666.78358.18611.53290.1465-0.2732-1.5155-0.9987-0.0016-1.4772-0.7335-0.53551.4628-0.12280.06940.69720.05850.6558115.032911.4811-3.6193
145.938-0.7778-2.47364.5303-0.11483.0684-0.0574-1.0365-0.13880.4417-0.07460.75830.24730.55570.16771.8406-0.0140.06450.7559-0.12721.08104.491739.287327.2292
151.5658-1.73170.73943.4963-0.07922.4659-0.0909-0.16480.5806-0.2837-0.10680.2188-1.1819-0.65210.19221.52330.556-0.25571.146-0.2350.798179.135619.410138.0955
161.0259-0.87520.71181.1455-0.36021.42710.1807-0.7643-0.25310.67590.0445-0.3220.21550.3952-0.2291.0693-0.1817-0.12491.0415-0.02340.659120.60712.590850.171
176.55020.89221.4196.0515-2.04284.9157-0.5903-2.2157-0.14490.2360.0956-0.6202-0.63380.65330.44411.22020.2688-0.05421.6624-0.14330.920386.98812.413548.1857
189.1885-0.1804-3.28462.4967-3.21645.4773-0.4445-1.26241.4842-0.3130.16560.4844-0.5571-0.0090.16151.5766-0.0609-0.30330.9377-0.19071.2349112.659716.794636.2908
190.0594-0.02820.02560.20640.39730.8789-0.06710.1879-0.473-0.12380.182-0.1710.05290.2519-0.01391.4224-0.60670.58463.4793-1.28313.767108.25039.713941.5701
205.09611.505-0.24761.0926-0.48392.04140.17780.56350.8404-0.39860.1051-1.0337-0.2481-0.1634-0.27811.6088-0.29240.00491.9456-0.87631.826491.63278.957242.5924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 11:32
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 33:240 or resseq 325:343 or resseq 478:486)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 344:386
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 387:432
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 433:457
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resseq 458:477
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resseq 241:324
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resseq 11:32
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and (resseq 33:240 or resseq 325:343 or resseq 478:486)
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resseq 344:386
11X-RAY DIFFRACTION11chain B and resseq 387:432
12X-RAY DIFFRACTION12chain B and resseq 433:457
13X-RAY DIFFRACTION13chain B and resseq 458:477
14X-RAY DIFFRACTION14chain B and resseq 241:324
15X-RAY DIFFRACTION15(Chain D and (resseq 415:541 or resseq 585:648)) or (Chain B and resseq 2:10)
16X-RAY DIFFRACTION16(Chain C and (resseq 415:541 or resseq 585:648)) or (Chain A and resseq 2:10)
17X-RAY DIFFRACTION17(Chain E and resseq 7:15) or (Chain F and resseq 1:13)
18X-RAY DIFFRACTION18(Chain G and resseq 9:15) or (Chain H and resseq 1:11)
19X-RAY DIFFRACTION19Chain F and resid 101:102
20X-RAY DIFFRACTION20Chain H and resid 101:102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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