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Yorodumi- PDB-4z4q: Quinazolinedione(PD 0305970)-DNA cleavage complex of topoisomeras... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4z4q | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Quinazolinedione(PD 0305970)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV from S. pneumoniae | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | ISOMERASE / Topoisomerase IV / Cleavage complex / DNA / quinolone | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationDNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Streptococcus pneumoniae serotype 4 (bacteria)pBR322 based IG-lambda expression vector (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.04 Å | ||||||
Authors | Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Crevel, I.M.-T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
| Funding support | United Kingdom, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Structural studies of the drug-stabilized cleavage complexes of topoisomerase IV and gyrase from Streptococcus pneumoniae Authors: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Crevel, I.M.-T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4z4q.cif.gz | 598 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4z4q.ent.gz | 485.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4z4q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4z4q_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4z4q_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
| Data in XML | 4z4q_validation.xml.gz | 52.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 4z4q_validation.cif.gz | 71.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/4z4q | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4z2cC ![]() 4z2dC ![]() 4z2eC ![]() 4z3oC ![]() 4z53C ![]() 3k9fS ![]() 4pxp S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 84211.422 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (bacteria)Strain: ATCC BAA-334 / TIGR4 / Gene: parE, SP_0852, parC, SP_0855 / Production host: ![]() |
|---|
-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
| #2: DNA chain | Mass: 2121.436 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) pBR322 based IG-lambda expression vector (others) |
|---|---|
| #3: DNA chain | Mass: 3317.199 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) pBR322 based IG-lambda expression vector (others) |
| #4: DNA chain | Mass: 2168.445 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) pBR322 based IG-lambda expression vector (others) |
| #5: DNA chain | Mass: 3333.198 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) pBR322 based IG-lambda expression vector (others) |
-Non-polymers , 3 types, 14 molecules 




| #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.81 Å3/Da / Density % sol: 74.44 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 50 mM Na cacodylate, 100-150 mM NaCl, 4-7% isopropanol PH range: 6.0-7.0 / Temp details: incubator |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9686 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 26, 2012 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9686 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.88→44.59 Å / Num. obs: 69416 / % possible obs: 99.88 % / Redundancy: 6.45 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 6.598 |
| Reflection shell | Resolution: 2.88→2.95 Å / Redundancy: 5.79 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.11 / % possible all: 99.89 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3K9F Resolution: 3.04→44.588 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.18 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.04→44.588 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Streptococcus pneumoniae serotype 4 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom, 1items
Citation























PDBj






































