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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4z2e | ||||||
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タイトル | Quinolone(Trovafloxacin)-DNA cleavage complex of gyrase from S. pneumoniae | ||||||
要素 |
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キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / Gyrase (DNAジャイレース) / Cleavage complex / DNA (デオキシリボ核酸) / quinolone | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / 染色体 / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.46 Å | ||||||
データ登録者 | Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Crevel, I.M.-T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural studies of the drug-stabilized cleavage complexes of topoisomerase IV and gyrase from Streptococcus pneumoniae 著者: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Crevel, I.M.-T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4z2e.cif.gz | 534.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4z2e.ent.gz | 426.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4z2e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z2e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA gyrase subunit ... , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 56747.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: gyrA, BM52_0349 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R867, UniProt: Q8DPM2*PLUS, EC: 5.99.1.3 #2: タンパク質 | 分子量: 30286.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: gyrB, BM52_1967, DJ38_04430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59957, UniProt: P0A4M0*PLUS, EC: 5.99.1.3 |
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-Symmetrized E-site ... , 2種, 4分子 EGFH
#3: DNA鎖 | 分子量: 4589.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #4: DNA鎖 | 分子量: 5821.813 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 3種, 6分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.26 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 5-10% PEG 8000, 10-20% Ethylene glycol, 0.1M Imidazole/MES buffer system, 0.1M Amino Acids PH範囲: 6.0-7.0 / Temp details: Incubator |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.37→56.045 Å / Num. obs: 36263 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 6.66 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 8.3458 |
反射 シェル | 解像度: 3.37→3.46 Å / 冗長度: 6.75 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.28 / % possible all: 99.51 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3RAF, 4I3H 解像度: 3.46→56.045 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.46→56.045 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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