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- PDB-6fm4: The crystal structure of S. aureus Gyrase complex with ID-130 and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fm4
タイトルThe crystal structure of S. aureus Gyrase complex with ID-130 and DNA
要素
  • DNA (5'-5UA*D(P*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-5UA*D(P*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
  • DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
キーワードISOMERASE / NBTIs / BACTERIAL TOPOISOMERASE / GYRASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...Rossmann fold - #670 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-CARBOXY-2'-DEOXYADENOSINE / Chem-DU5 / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ombrato, R. / Garofalo, B. / Mangano, G. / Mancini, F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Virtual Screening Approach and Investigation of Structure-Activity Relationships To Discover Novel Bacterial Topoisomerase Inhibitors Targeting Gram-Positive and Gram-Negative Pathogens.
著者: Magaro, G. / Prati, F. / Garofalo, B. / Corso, G. / Furlotti, G. / Apicella, C. / Mangano, G. / D'Atanasio, N. / Robinson, D. / Di Giorgio, F.P. / Ombrato, R.
履歴
登録2018年1月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-5UA*D(P*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-5UA*D(P*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,68910
ポリマ－167,5594
非ポリマー1,1306
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15820 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area56920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.951, 92.951, 407.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BD

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A


分子量: 78109.000 Da / 分子数: 2 / 変異: Y1123F / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-TERMINUS GYRB (640) FUSED TO N-TERMINUS GYRA (1010). DOMAIN 544-579 DELETED AND REPLACED WITH TWO RESIDUES TG.
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, SA0005, gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P66937, UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3

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DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#2: DNA鎖 DNA (5'-5UA*D(P*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 5822.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-5UA*D(P*GP*CP*CP*GP*TP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量: 5518.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 68分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-5UA / 5'-O-CARBOXY-2'-DEOXYADENOSINE


タイプ: DNA linking / 分子量: 295.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N5O5
#6: 化合物 ChemComp-DU5 / ~{N}-[3-(4-isoquinolin-1-ylpiperazin-1-yl)propyl]benzamide


分子量: 374.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.44 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 18% PEG 5000 MME, 0.1 M BISTRIS PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→43.05 Å / Num. obs: 51255 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 30.68
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XCS

2xcs


解像度: 2.7→43.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.794 / SU B: 15.544 / SU ML: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.911 / ESU R Free: 0.391
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2999 2750 5.1 %RANDOM
Rwork0.2245 ---
obs0.2284 51255 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.83 Å2 / Biso mean: 39.691 Å2 / Biso min: 16.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0.8 Å2-0 Å2
2---0.8 Å2-0 Å2
3---2.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→43.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10606 758 56 62 11482
Biso mean--59.05 29.71 -
残基数----1379
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01911668
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6741.91515885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9713.00225231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.84451338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.12923.67534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.439152001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9815118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022656
LS精密化 シェル解像度: 2.702→2.772 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 201 -
Rwork0.252 3767 -
all-3968 -
obs--99.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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