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- PDB-6z1a: Ternary complex of Staphylococcus aureus DNA gyrase with AMK12 and DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z1a
タイトルTernary complex of Staphylococcus aureus DNA gyrase with AMK12 and DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
  • DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR / FUSION PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...Gyrase A; domain 2 - #40 / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Gyrase A; domain 2 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-Q52 / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kolaric, A. / Germe, T. / Hrast, M. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Burton, N. / Voros, J. / Maxwell, A. / Minovski, N. / Anderluh, M.
資金援助 スロベニア, 英国, 4件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0017 スロベニア
Slovenian Research AgencyP1-0208 スロベニア
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012523/1 英国
Wellcome Trust110072/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Potent DNA gyrase inhibitors bind asymmetrically to their target using symmetrical bifurcated halogen bonds.
著者: Kolaric, A. / Germe, T. / Hrast, M. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Burton, N.P. / Voros, J. / Maxwell, A. / Minovski, N. / Anderluh, M.
履歴
登録2020年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3')
G: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
H: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,71517
ポリマ－168,3386
非ポリマー1,37711
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18540 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area56000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.592, 92.592, 405.464
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12G
22H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLNGLNBA417 - 14899 - 690
21LYSLYSGLNGLNDB417 - 14899 - 690
12DGDGDTDTGE2009 - 20201 - 12
22DGDGDTDTHF2009 - 20201 - 12

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BD

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A


分子量: 78078.977 Da / 分子数: 2 / 変異: Y1123F / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion of fragments taken from C-terminal domain of GyrB (residues 410-543 and 580-644) to N-terminal domain of GyrA (residues 2-491). For the GyrB component, deletion of residues 544-579 ...詳細: Fusion of fragments taken from C-terminal domain of GyrB (residues 410-543 and 580-644) to N-terminal domain of GyrA (residues 2-491). For the GyrB component, deletion of residues 544-579 removes a Greek key motif. The deleted sequence is replaced by 2 residues: TG. For the GyrA component, the sequence numbering is advanced by 1000 in the coordinate file.,Fusion of fragments taken from C-terminal domain of GyrB (residues 410-543 and 580-644) to N-terminal domain of GyrA (residues 2-491). For the GyrB component, deletion of residues 544-579 removes a Greek key motif. The deleted sequence is replaced by 2 residues: TG. For the GyrA component, the sequence numbering is advanced by 1000 in the coordinate file.,Fusion of fragments taken from C-terminal domain of GyrB (residues 410-543 and 580-644) to N-terminal domain of GyrA (residues 2-491). For the GyrB component, deletion of residues 544-579 removes a Greek key motif. The deleted sequence is replaced by 2 residues: TG. For the GyrA component, the sequence numbering is advanced by 1000 in the coordinate file.,Fusion of fragments taken from C-terminal domain of GyrB (residues 410-543 and 580-644) to N-terminal domain of GyrA (residues 2-491). For the GyrB component, deletion of residues 544-579 removes a Greek key motif. The deleted sequence is replaced by 2 residues: TG. For the GyrA component, the sequence numbering is advanced by 1000 in the coordinate file.
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, gyrA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0A0K8, UniProt: P20831, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 EFGH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*G)-3')


分子量: 2451.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*T)-3')


分子量: 3638.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)

-
非ポリマー , 6種, 354分子

#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-Q52 / ~{N}-[(4-chlorophenyl)methyl]-1-[2-(6-methoxy-1,5-naphthyridin-4-yl)ethyl]piperidin-4-amine


分子量: 410.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27ClN4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→81.09 Å / Num. obs: 86845 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 41.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.198 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.3415.62.0177092845460.5570.522.0851.499.5
12.17-81.0919.60.0361213961810.0080.03751.6100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
REFMAC5.8.0258位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2XCS

2xcs


解像度: 2.3→80.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 13.287 / SU ML: 0.153 / SU R Cruickshank DPI: 0.2434 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2167 4484 5.2 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 82229 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.22 Å2 / Biso mean: 45.492 Å2 / Biso min: 12.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å2-0.27 Å2-0 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---1.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→80.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10548 801 76 347 11772
Biso mean--73.94 44.01 -
残基数----1382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01311714
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710747
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6361.60615936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3581.63924834
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67551344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.19221.184642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.068151971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.82215116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21544
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022510
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B211080.09
12D211080.09
21G8220.13
22H8220.13
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 348 -
Rwork0.278 6047 -
all-6395 -
obs--99.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0916-0.2469-2.04311.5509-0.19181.88770.1665-0.150.35190.13830.01170.1853-0.2751-0.1532-0.17820.1780.00250.04440.1822-0.08170.142215.049957.491562.4937
26.0186-0.2314-2.04670.5902-0.4212.0701-0.0749-0.4039-0.45930.24860.0199-0.03540.12230.12670.0550.2421-0.0102-0.02690.1837-0.02350.110922.985846.279565.5033
30.6534-0.0617-0.05970.872-0.27611.5940.01380.029-0.10370.00520.01390.0489-0.1106-0.013-0.02770.0308-0.00560.02150.0103-0.02110.056829.502936.871131.1267
42.08342.2999-1.00323.2183-1.54681.0414-0.032-0.0778-0.4752-0.0059-0.0308-0.45570.0862-0.08010.06280.16160.0199-0.02220.1033-0.00920.250221.5064-2.10640.2625
54.0839-0.423-1.15261.09960.46511.6520.09170.52490.3165-0.20.0238-0.0215-0.2425-0.1108-0.11550.27580.06920.02750.23640.12040.0968-4.605453.169216.6427
61.76480.3343-0.36740.7978-0.01921.3172-0.0122-0.0207-0.2078-0.07110.0197-0.0950.0790.1446-0.00750.06790.02470.01380.0221-0.00230.0496-14.417332.85644.8264
71.8480.7061.41622.30781.44563.8731-0.0788-0.08030.2063-0.1637-0.10520.0676-0.52430.05490.1840.12990.01310.0270.0340.0180.0564-20.44757.740761.5296
80.3804-0.8521-0.05862.5750.27050.07820.04070.0507-0.1639-0.0661-0.06780.23490.0654-0.00320.02710.1193-0.01740.02050.0784-0.01050.127-17.9526.815443.986
94.42581.7170.35864.40870.42380.0595-0.2270.20990.4847-0.73560.18470.4027-0.08140.05340.04230.1467-0.0725-0.03360.1057-0.01410.120424.717348.875140.0682
105.8979-2.1488-2.23776.9821.36255.0117-0.0712-0.16020.93070.58210.0581-0.254-0.3898-0.04150.01310.11580.0436-0.03540.13520.01630.2009-11.669552.110139.9643
119.4483-2.96594.43754.90870.56213.5137-0.2553-0.54640.1633-0.2320.4316-0.0764-0.4496-0.7522-0.17630.1683-0.01520.00860.1849-0.02670.26026.172351.604244.1723
126.3523-0.0817-0.82863.3393-0.42012.0236-0.0148-0.50630.57340.2765-0.00630.0484-0.33580.06490.02110.16370.05320.00730.1003-0.00060.1009-15.802955.008137.0145
131.1579-2.34012.4574.776-5.14035.8729-0.02950.16940.18460.2079-0.3093-0.3631-0.63660.25990.33880.5320.00660.02580.3415-0.06450.28657.066652.184735.0416
147.794-2.2404-0.9255.00660.2554.82070.21420.22320.3526-0.4894-0.0253-0.0457-0.32910.0707-0.18880.1418-0.03150.00390.02090.00520.041628.351451.308743.9242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B417 - 537
2X-RAY DIFFRACTION2B538 - 1018
3X-RAY DIFFRACTION3B1019 - 1365
4X-RAY DIFFRACTION4B1366 - 1491
5X-RAY DIFFRACTION5D416 - 1022
6X-RAY DIFFRACTION6D1023 - 1213
7X-RAY DIFFRACTION7D1214 - 1333
8X-RAY DIFFRACTION8D1334 - 1490
9X-RAY DIFFRACTION9E1 - 8
10X-RAY DIFFRACTION10F1 - 8
11X-RAY DIFFRACTION11G2009 - 2012
12X-RAY DIFFRACTION12G2013 - 2020
13X-RAY DIFFRACTION13H2009 - 2012
14X-RAY DIFFRACTION14H2013 - 2020

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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