+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cdq | ||||||
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Title | 2.95A structure of Moxifloxacin with S.aureus DNA gyrase and DNA | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.95 Å | ||||||
Authors | Bax, B.D. / Srikannathasan, V. / Chan, P.F. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2015 Title: Structural basis of DNA gyrase inhibition by antibacterial QPT-1, anticancer drug etoposide and moxifloxacin. Authors: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, ...Authors: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C.E. / Tanner, R. / Theobald, A.J. / Stavenger, R.A. / Bax, B.D. / Gwynn, M.N. #1: Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2015 Title: Crystallization and initial crystallographic analysis of covalent DNA-cleavage complexes of Staphyloccocus aureus DNA gyrase with QPT-1, moxifloxacin and etoposide. Authors: Srikannathasan, V. / Wohlkonig, A. / Shillings, A. / Singh, O. / Chan, P.F. / Huang, J. / Gwynn, M.N. / Fosberry, A.P. / Homes, P. / Hibbs, M. / Theobald, A.J. / Spitzfaden, C. / Bax, B.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cdq.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cdq.ent.gz | 992.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cdq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/5cdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/5cdq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-DNA gyrase subunit ... , 2 types, 8 molecules ACRTBDSU
#1: Protein | Mass: 54664.223 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 10-490 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (strain N315) (bacteria) Strain: N315 / Gene: gyrA, SA0006 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3 #2: Protein | Mass: 21612.596 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 414-640,UNP residues 414-640 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (strain N315) (bacteria) Strain: N315 / Gene: gyrB, SA0005 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P66937, EC: 5.99.1.3 |
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-DNA chain , 1 types, 4 molecules EFVW
#3: DNA chain | Mass: 6149.978 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 4 types, 326 molecules
#4: Chemical | ChemComp-MG / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-MFX / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / Details: 90mM BisTris pH 6.2, 8% PEG 5000 MME / PH range: 5.9-6.3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.0332 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.95→19.99 Å / Num. obs: 75363 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 83.42 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 256079 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.95→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8803 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.345
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Displacement parameters | Biso max: 225.96 Å2 / Biso mean: 91.03 Å2 / Biso min: 31.19 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.466 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.95→19.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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