+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cdo | ||||||
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Title | 3.15A structure of QPT-1 with S.aureus DNA gyrase and DNA | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.15 Å | ||||||
Authors | Bax, B.D. / Srikannathasan, V. / Chan, P.F. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2015 Title: Structural basis of DNA gyrase inhibition by antibacterial QPT-1, anticancer drug etoposide and moxifloxacin. Authors: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, ...Authors: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C.E. / Tanner, R. / Theobald, A.J. / Stavenger, R.A. / Bax, B.D. / Gwynn, M.N. #1: Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2015 Title: Crystallization and initial crystallographic analysis of covalent DNA-cleavage complexes of Staphyloccocus aureus DNA gyrase with QPT-1, moxifloxacin and etoposide. Authors: Srikannathasan, V. / Wohlkonig, A. / Shillings, A. / Singh, O. / Chan, P.F. / Huang, J. / Gwynn, M.N. / Fosberry, A.P. / Homes, P. / Hibbs, M. / Theobald, A.J. / Spitzfaden, C. / Bax, B.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cdo.cif.gz | 1.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cdo.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cdo.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5cdo_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5cdo_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | 5cdo_validation.xml.gz | 104 KB | Display | |
Data in CIF | 5cdo_validation.cif.gz | 132.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/5cdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/5cdo | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA gyrase subunit ... , 2 types, 8 molecules ACRTBDSU
#1: Protein | Mass: 54777.379 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (strain N315) (bacteria) Strain: N315 / Gene: gyrA, SA0006 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3 #2: Protein | Mass: 21111.018 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: residues 417-638,residues 417-638 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (strain N315) (bacteria) Strain: N315 / Gene: gyrB, SA0005 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P66937, EC: 5.99.1.3 |
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-DNA chain , 1 types, 4 molecules EFVW
#3: DNA chain | Mass: 6150.966 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 8 types, 103 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | ChemComp-MN / #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-53L / ( | #10: Chemical | ChemComp-50M / ( | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has protein modification | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 6.2 / Details: 150mM BisTris pH6.2, 11% PEG 5000 MME / PH range: 6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.97627 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 22, 2011 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97627 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.15→58.42 Å / Num. obs: 62354 / % possible obs: 98.2 % / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 48.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 185026 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.15→58.415 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.73 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 176.38 Å2 / Biso mean: 50.3513 Å2 / Biso min: 8.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.15→58.415 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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