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Yorodumi- PDB-6qx2: 3.4A structure of benzoisoxazole 3 with S.aureus DNA gyrase and DNA -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6qx2 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | 3.4A structure of benzoisoxazole 3 with S.aureus DNA gyrase and DNA | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | ISOMERASE / Inhibitor / DNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationDNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.4 Å | ||||||
Authors | Bax, B.D. | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Bioorg.Med.Chem.Lett. / Year: 2019Title: Structure-guided design of antibacterials that allosterically inhibit DNA gyrase. Authors: Thalji, R.K. / Raha, K. / Andreotti, D. / Checchia, A. / Cui, H. / Meneghelli, G. / Profeta, R. / Tonelli, F. / Tommasi, S. / Bakshi, T. / Donovan, B.T. / Howells, A. / Jain, S. / Nixon, C. ...Authors: Thalji, R.K. / Raha, K. / Andreotti, D. / Checchia, A. / Cui, H. / Meneghelli, G. / Profeta, R. / Tonelli, F. / Tommasi, S. / Bakshi, T. / Donovan, B.T. / Howells, A. / Jain, S. / Nixon, C. / Quinque, G. / McCloskey, L. / Bax, B.D. / Neu, M. / Chan, P.F. / Stavenger, R.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6qx2.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6qx2.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6qx2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6qx2_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6qx2_full_validation.pdf.gz | 3.5 MB | Display | |
| Data in XML | 6qx2_validation.xml.gz | 254.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 6qx2_validation.cif.gz | 348.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/6qx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/6qx2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6qx1C ![]() 2xcsS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
|
Movie
Controller
Components
About Yorodumi




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