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- PDB-6fqv: 2.60A BINARY COMPLEX OF S.AUREUS GYRASE with UNCLEAVED DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fqv
タイトル2.60A BINARY COMPLEX OF S.AUREUS GYRASE with UNCLEAVED DNA
要素
  • (DNA gyrase subunit ...) x 2
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bax, B.D. / Germe, T. / Basque, E. / Maxwell, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative Joint Undertaking115583
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: A new class of antibacterials, the imidazopyrazinones, reveal structural transitions involved in DNA gyrase poisoning and mechanisms of resistance.
著者: Germe, T. / Voros, J. / Jeannot, F. / Taillier, T. / Stavenger, R.A. / Bacque, E. / Maxwell, A. / Bax, B.D.
履歴
登録2018年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
E: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
R: DNA gyrase subunit A
S: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
T: DNA gyrase subunit A
U: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
V: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
W: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,42727
ポリマ－337,17612
非ポリマー1,25115
水8,431468
1
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
E: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,05211
ポリマ－168,5886
非ポリマー4645
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20520 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area56100 Å2
手法PISA
2
R: DNA gyrase subunit A
S: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
T: DNA gyrase subunit A
U: DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B
V: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
W: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,37516
ポリマ－168,5886
非ポリマー78710
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21980 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area56530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.280, 124.640, 155.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
DNA gyrase subunit ... , 2種, 8分子 ACRTBDSU

#1: タンパク質
DNA gyrase subunit A


分子量: 55537.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質
DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B


分子量: 22605.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain N315) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, SA0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P66937, EC: 5.99.1.3

-
DNA鎖 , 1種, 4分子 EFVW

#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 6150.966 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 483分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.9
詳細: Complex made as 13uls of protein (24mgs/ml in 20mM HEPES, 100mM Na2SO4, 5mM MnCl2, pH 7.0) + 1.5ul of 40mM MgCl2 in 15% glycerol, 3ul of DNA (2mM duplex = 4mM monomer in water) + 2uls of 50% ...詳細: Complex made as 13uls of protein (24mgs/ml in 20mM HEPES, 100mM Na2SO4, 5mM MnCl2, pH 7.0) + 1.5ul of 40mM MgCl2 in 15% glycerol, 3ul of DNA (2mM duplex = 4mM monomer in water) + 2uls of 50% glycerol. Crystallisation buffer 9% PEG 5000mme, 80mM BisTris 5.9. 0.7ul complex + 0.8ul crystallisation buffer. CRYO:20% glycerol + 10.8% PEG 5000MME, 60mM BisTris 5.9,.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 107487 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 68.55 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5291 / CC1/2: 0.527 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CDR

5cdr


解像度: 2.6→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9325 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU R Cruickshank DPI: 0.65 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.592 / SU Rfree Blow DPI: 0.277 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.285
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2362 5247 4.88 %RANDOM
Rwork0.1996 ---
obs0.2014 107487 99.16 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8475 Å20 Å25.481 Å2
2---0.7499 Å20 Å2
3---6.5974 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.386 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21067 1567 78 468 23180
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00923193HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0331672HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8217SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes600HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3224HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it23193HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.34
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3097SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact26524SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2618 389 4.9 %
Rwork0.2415 7545 -
all0.2425 7934 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.81071.22440.60952.51521.062.56390.025-0.2810.34530.0453-0.30250.6894-0.0103-0.53050.2775-0.07380.08220.0049-0.2221-0.06530.082919.489170.635780.8362
21.92320.19410.07670.6895-0.11361.20980.01050.2746-0.0444-0.0451-0.0216-0.0972-0.001-0.02160.0111-0.06820.02270.0041-0.1138-0.0254-0.064329.522137.386855.6466
32.60960.2726-0.1391.4383-1.6864-0.05310.03390.3577-0.1542-0.0175-0.01320.04670.0588-0.2362-0.0207-0.0107-0.04360.16660.1701-0.05370.040956.398640.061537.6344
44.19320.77290.38830.41470.13784.1820.06110.33610.01070.0641-0.0517-0.3609-0.26040.1988-0.0093-0.09760.00110.18150.0086-0.00630.01775.945846.539544.72
52.9931-0.69482.668402.05733.75030.04880.01790.2017-0.5368-0.25390.301-0.3242-0.2180.2050.03980.0595-0.1119-0.1540.02460.123812.978764.047560.7785
62.66511.39230.54461.61350.32323.25120.3761-0.4630.06880.3055-0.24260.11390.306-0.7965-0.1335-0.0277-0.131-0.0281-0.06450.0644-0.105226.843920.504893.9559
70.7983-0.28760.27040.84760.18831.0345-0.0067-0.12340.02620.0938-0.074-0.0419-0.07590.20940.08070.0015-0.02410.0154-0.10830.0167-0.066455.261653.143894.9752
80.2219-1.1377-1.13022.7122-1.16361.46240.0196-0.1099-0.09080.1988-0.0049-0.0389-0.01750.281-0.0147-0.1472-0.06170.10620.12340.0210.03983.110247.973678.851
93.012-0.66460.77040-0.53277.01550.12210.126-0.1026-0.2527-0.068-0.0702-0.29330.5027-0.0541-0.13510.00910.2154-0.00660.01590.046585.142240.768158.329
100.2689-0.94683.87546.00670.2362.21350.0854-0.2510.03440.1751-0.109-0.1620.28560.05020.02360.0694-0.1696-0.0927-0.02950.0292-0.234242.150826.6077107.9563
114.2388-2.6123-2.06384.91784.6845.6387-0.0313-0.7305-0.46970.633-0.11870.24540.1805-0.41280.15-0.3399-0.0512-0.0085-0.15120.1249-0.124116.691947.495972.8473
123.22822.03380.03584.13720.30890.76170.10520.25990.0885-0.2160.12010.4281-0.299-0.7207-0.2253-0.08230.01020.04220.0178-0.0191-0.315233.768943.574899.4664
133.7476-0.9414-0.95884.4405-0.14745.76110.1801-0.6359-0.6970.2070.27680.52150.3871-0.7219-0.4569-0.1087-0.0703-0.0732-0.05830.14040.10735.382119.134771.1089
142.73441.5050.47970-0.11840.35580.0241-0.12840.25120.24670.1060.5132-0.6618-0.809-0.13010.37240.15150.1582-0.0840.0920.05331.934971.3066108.9805
150.86670.55250.20433.39991.62612.6362-0.0441-0.23620.00350.145-0.24590.39010.0075-0.18140.2901-0.0930.03560.0159-0.1324-0.05350.053856.430169.737154.4781
160.99950.07740.17940.76290.0830.8294-0.02990.19470.0112-0.2445-0.04580.0362-0.00490.04610.0757-0.03460.0160.0037-0.1025-0.0106-0.054371.221935.7857132.0866
172.23522.1551-0.04822.42460.73970.49810.02010.2970.0342-0.1448-0.0096-0.03540.00930.0259-0.01050.0182-0.10260.21480.17760.05240.033499.339840.0157116.5021
187.52472.74740.31912.8150.58883.7686-0.05990.58490.1348-0.1263-0.0099-0.3496-0.11490.58180.0698-0.2725-0.07470.16240.03360.14560.2031117.959247.8574125.7361
19-0.9792-0.60965.08060-0.47315.2690.018-0.00120.1109-0.3252-0.10150.4864-0.1766-0.22790.0835-0.05750.0543-0.0824-0.1246-0.08110.034649.587861.6612133.175
200.86970.66870.65671.99311.16581.61110.2119-0.01470.06550.1418-0.27170.36090.2541-0.41490.05980.0236-0.07570.0598-0.069-0.01-0.005964.500621.0654171.438
210.6716-0.0827-0.14011.44610.26810.71770.0195-0.09140.03490.1888-0.1077-0.0991-0.03380.14920.0882-0.0645-0.05240.0252-0.11870.0338-0.023491.13454.7193173.4841
224.6654-2.7812-1.002702.62812.70230.048-0.2917-0.05740.2707-0.0866-0.1316-0.20070.31780.0386-0.1479-0.06670.1247-0.14760.02430.412120.390750.2931160.5586
232.60961.761.04070.4353-0.64515.29860.02460.3266-0.0456-0.1224-0.0034-0.0413-0.07770.5237-0.0212-0.30520.03640.2088-0.0467-0.02050.2203124.817543.1769140.5754
24-0.45131.46935.36420.31081.20113.9442-0.0064-0.08360.10220.3440.0577-0.09130.2851-0.0717-0.05130.0109-0.10970.1179-0.1237-0.0459-0.065876.805228.6692189.9233
250.9213-0.36392.35220-0.26293.2340.0169-0.3819-0.09950.08720.11250.2492-0.1422-0.7051-0.1295-0.0508-0.0205-0.00850.0869-0.0364-0.063862.649645.3508161.8482
263.93351.476-0.41464.37971.61763.6364-0.0365-0.3387-0.06420.5322-0.19250.85150.5895-0.39090.229-0.0151-0.00080.1538-0.1393-0.04460.213547.118216.7659146.5347
275.0945-0.2472-1.20372.95581.51613.1168-0.162-0.0850.43070.3805-0.22960.6133-0.3697-0.39150.39160.0156-0.04330.1-0.1181-0.04720.109465.418573.9251184.0828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|419 - B|608 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|29 - A|244 A|328 - A|369 A|461 - A|490 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|370 - A|379 A|445 - A|460 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|380 - A|444 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|15 - A|28 B|610 - B|636 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ D|419 - D|608 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ C|29 - C|244 C|328 - C|369 C|461 - C|490 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ C|370 - C|379 C|445 - C|460 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ C|380 - C|444 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ C|14 - C|28 D|610 - D|636 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ E|2 - E|9 F|12 - F|18 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ E|12 - E|18 F|2 - F|9 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ A|245 - A|327 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ C|245 - C|327 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ S|417 - S|608 S|639 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ R|30 - R|244 R|328 - R|369 R|461 - R|490 }
17X-RAY DIFFRACTION17{ R|370 - R|379 R|445 - R|460 }
18X-RAY DIFFRACTION18{ R|380 - R|444 }
19X-RAY DIFFRACTION19{ S|609 - S|636 }
20X-RAY DIFFRACTION20{ U|417 - U|608 }
21X-RAY DIFFRACTION21{ T|30 - T|244 T|328 - T|369 T|461 - T|490 }
22X-RAY DIFFRACTION22{ T|370 - T|379 T|445 - T|460 }
23X-RAY DIFFRACTION23{ T|380 - T|444 }
24X-RAY DIFFRACTION24{ U|609 - U|636 }
25X-RAY DIFFRACTION25{ V|2 - V|18 W|2 - W|18 }
26X-RAY DIFFRACTION26{ R|245 - R|327 }
27X-RAY DIFFRACTION27{ T|245 - T|327 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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