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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fqv | ||||||
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Title | 2.60A BINARY COMPLEX OF S.AUREUS GYRASE with UNCLEAVED DNA | ||||||
![]() |
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![]() | ISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR | ||||||
Function / homology | ![]() DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bax, B.D. / Germe, T. / Basque, E. / Maxwell, A. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: A new class of antibacterials, the imidazopyrazinones, reveal structural transitions involved in DNA gyrase poisoning and mechanisms of resistance. Authors: Germe, T. / Voros, J. / Jeannot, F. / Taillier, T. / Stavenger, R.A. / Bacque, E. / Maxwell, A. / Bax, B.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 552.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 93.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 131.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6fqmC ![]() 6fqsC ![]() 5cdrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-DNA gyrase subunit ... , 2 types, 8 molecules ACRTBDSU
#1: Protein | Mass: 55537.312 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: gyrA, SA0006 / Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 22605.689 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: gyrB, SA0005 / Production host: ![]() ![]() |
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-DNA chain , 1 types, 4 molecules EFVW
#3: DNA chain | Mass: 6150.966 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
---|
-Non-polymers , 4 types, 483 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 5.9 Details: Complex made as 13uls of protein (24mgs/ml in 20mM HEPES, 100mM Na2SO4, 5mM MnCl2, pH 7.0) + 1.5ul of 40mM MgCl2 in 15% glycerol, 3ul of DNA (2mM duplex = 4mM monomer in water) + 2uls of 50% ...Details: Complex made as 13uls of protein (24mgs/ml in 20mM HEPES, 100mM Na2SO4, 5mM MnCl2, pH 7.0) + 1.5ul of 40mM MgCl2 in 15% glycerol, 3ul of DNA (2mM duplex = 4mM monomer in water) + 2uls of 50% glycerol. Crystallisation buffer 9% PEG 5000mme, 80mM BisTris 5.9. 0.7ul complex + 0.8ul crystallisation buffer. CRYO:20% glycerol + 10.8% PEG 5000MME, 60mM BisTris 5.9,. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 19, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→20 Å / Num. obs: 107487 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 68.55 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 9.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5291 / CC1/2: 0.527 / % possible all: 99.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5CDR Resolution: 2.6→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9325 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU R Cruickshank DPI: 0.65 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.592 / SU Rfree Blow DPI: 0.277 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.285
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Displacement parameters | Biso mean: 63 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.386 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.6→19.91 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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