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- PDB-6fqm: 3.06A COMPLEX OF S.AUREUS GYRASE with imidazopyrazinone T1 AND DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fqm
タイトル3.06A COMPLEX OF S.AUREUS GYRASE with imidazopyrazinone T1 AND DNA
要素
  • (DNA gyrase subunit ...) x 3
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*T)-3')
キーワードISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus ...DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E32 / : / DNA / DNA (> 10) / DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Bax, B.D. / Germe, T. / Basque, E. / Maxwell, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative Joint Undertaking115583
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: A new class of antibacterials, the imidazopyrazinones, reveal structural transitions involved in DNA gyrase poisoning and mechanisms of resistance.
著者: Germe, T. / Voros, J. / Jeannot, F. / Taillier, T. / Stavenger, R.A. / Bacque, E. / Maxwell, A. / Bax, B.D.
履歴
登録2018年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DNA gyrase subunit B
A: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*T)-3')
b: DNA gyrase subunit B
a: DNA gyrase subunit A
d: DNA gyrase subunit B
c: DNA gyrase subunit A
e: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*T)-3')
f: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,56225
ポリマ－337,09412
非ポリマー2,46813
水99155
1
B: DNA gyrase subunit B
A: DNA gyrase subunit A
D: DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit A
E: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,89313
ポリマ－168,6136
非ポリマー1,2807
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19090 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area56840 Å2
手法PISA
2
b: DNA gyrase subunit B
a: DNA gyrase subunit A
d: DNA gyrase subunit B
c: DNA gyrase subunit A
e: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*T)-3')
f: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,67012
ポリマ－168,4826
非ポリマー1,1886
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18410 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area56270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.340, 171.710, 124.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12B
22b
13B
23d
14A
24C
15A
25a
16A
26c
17D
27b
18D
28d
19C
29a
110C
210c
111E
211F
112E
212e
113E
213f
114F
214e
115F
215f
116b
216d
117a
217c
118e
218f

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUASNASNBA428 - 63619 - 193
21GLUGLUASNASNDC427 - 63619 - 194
12SERSERVALVALBA422 - 63813 - 195
22SERSERVALVALbG423 - 63814 - 195
13ASPASPVALVALBA420 - 63811 - 195
23ASPASPVALVALdI420 - 63811 - 195
14ASNASNGLNGLNAB10 - 4899 - 488
24ASNASNGLNGLNCD10 - 4899 - 488
15ASNASNLEULEUAB10 - 4909 - 489
25ASNASNLEULEUaH10 - 4909 - 489
16ASNASNLEULEUAB10 - 4909 - 489
26ASNASNLEULEUcJ10 - 4909 - 489
17GLUGLUASNASNDC427 - 63619 - 194
27GLUGLUASNASNbG428 - 63619 - 193
18GLUGLUALAALADC427 - 63719 - 195
28GLUGLUALAALAdI428 - 63719 - 194
19ASNASNLEULEUCD10 - 4909 - 489
29ASNASNLEULEUaH10 - 4909 - 489
110ASNASNLEULEUCD10 - 4909 - 489
210ASNASNLEULEUcJ10 - 4909 - 489
111DGDGDCDCEE-8 - 101 - 18
211DGDGDCDCFF-8 - 101 - 18
112DGDGDTDTEE-8 - 111 - 19
212DGDGDTDTeK-8 - 111 - 19
113DGDGDCDCEE-8 - 101 - 18
213DGDGDCDCfL-8 - 101 - 18
114DGDGDCDCFF-8 - 101 - 18
214DGDGDCDCeK-8 - 101 - 18
115DGDGDTDTFF-8 - 121 - 20
215DGDGDTDTfL-8 - 121 - 20
116ALAALATYRTYRbG419 - 63910 - 196
216ALAALATYRTYRdI419 - 63910 - 196
117ASNASNLEULEUaH10 - 4909 - 489
217ASNASNLEULEUcJ10 - 4909 - 489
118DGDGDCDCeK-8 - 101 - 18
218DGDGDCDCfL-8 - 101 - 18

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18

-
要素

-
DNA gyrase subunit ... , 3種, 8分子 BbdACacD

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 22474.494 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, SA0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P66937, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質
DNA gyrase subunit A


分子量: 55617.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrA, SA0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3
#3: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 22605.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: gyrB, SA0005 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P66937, EC: 5.99.1.3

-
DNA鎖 , 1種, 4分子 EFef

#4: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*TP*AP*T*GP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*CP*TP*CP*T)-3')


分子量: 6148.989 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 68分子

#5: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-E32 / 7-[(3~{S})-3-azanylpyrrolidin-1-yl]-5-cyclopropyl-8-fluoranyl-imidazo[1,2-a]quinoxalin-4-one


分子量: 327.356 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18FN5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.2 / 詳細: 8% PEG 5000 MME, 90 mM bis-tris pH 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→60 Å / Num. obs: 67466 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 3.06→3.14 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4994 / CC1/2: 0.654 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5CDQ

5cdq


解像度: 3.06→59.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 49.398 / SU ML: 0.411 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.421 / 詳細: Reface with tbs
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 3323 4.9 %RANDOM
Rwork0.19481 ---
obs0.19678 64115 98.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 97.244 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å22.86 Å2
2---8.04 Å20 Å2
3---5.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.06→59.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19206 1558 164 55 20983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01921541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6911.91329510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.04852521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.26723.743879
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.328153275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.58815184
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.23368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02115686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6827.33710144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.40810.97812645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4627.11111397
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.41387911
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B75000.14
12D75000.14
21B78860.14
22b78860.14
31B73560.18
32d73560.18
41A293240.1
42C293240.1
51A289620.1
52a289620.1
61A288560.12
62c288560.12
71D75320.14
72b75320.14
81D69340.16
82d69340.16
91C290520.09
92a290520.09
101C291480.11
102c291480.11
111E27140.1
112F27140.1
121E29400.08
122e29400.08
131E27420.08
132f27420.08
141F26940.1
142e26940.1
151F28840.1
152f28840.1
161b73800.17
162d73800.17
171a285840.11
172c285840.11
181e27180.07
182f27180.07
LS精密化 シェル解像度: 3.06→3.139 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 251 -
Rwork0.355 4725 -
obs--99.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03450.33930.88634.5644-0.97861.80450.3363-0.5214-0.42230.4401-0.18710.1648-0.06520.1219-0.14920.309-0.08420.13840.30090.14570.23335.9195-53.312182.335
22.00290.3072-0.20452.73390.00661.3973-0.30010.27610.242-0.27310.26970.31440.0191-0.02180.03040.1418-0.09240.0830.13290.09150.461728.1306-25.47452.5682
37.66781.7097-1.63823.8761-1.19550.59020.002-0.0217-0.0837-0.04210.04610.6789-0.0471-0.0252-0.04810.19680.0716-0.02350.0613-0.00970.496829.61637.270956.7941
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185.66840.5788-0.40652.3497-2.11746.2202-0.274-0.1657-0.13830.06150.0921-0.13880.2570.00710.1820.21630.02050.07910.0125-0.01230.374971.8657-77.91113.9312
192.3949-1.525-0.70833.20653.91435.8242-0.0096-0.43850.07340.39960.1647-0.26720.3239-0.1138-0.1550.41120.0231-0.21980.1577-0.16080.411596.7859-15.189519.0424
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212.46710.67360.03642.3292-0.72311.5673-0.1807-0.3253-0.1141-0.10490.07830.20060.09350.05440.10230.12960.0972-0.03030.1120.00920.395442.963-30.29658.5312
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234.7046-0.3008-0.65551.14580.32593.278-0.2198-0.157-0.1181-0.18110.07950.32110.2153-0.14730.14040.2913-0.0247-0.01120.02090.01410.495955.6684-76.9593-1.1878
242.3122-1.2601-1.87354.5155-2.52285.1866-0.2120.15950.0817-0.48710.41680.42760.4642-0.3795-0.20480.3524-0.186-0.33690.26270.13620.528336.9146-12.414-17.5643
251.58361.85240.32774.8740.00440.1322-0.32470.35470.44320.33270.19080.3957-0.12810.15370.13380.50150.0419-0.22820.39280.07480.683646.754-9.8424-0.2293
261.1672-1.9607-1.32476.2391-0.37484.1768-0.04550.0740.1979-0.19730.0184-0.23050.0339-0.19910.02710.2018-0.0831-0.1820.25090.00910.636789.1539-13.0316-0.4007
271.1596-1.3024-0.49644.15911.31391.0601-0.2061-0.07050.2064-0.795-0.1166-0.0349-0.4772-0.09060.32260.9088-0.2343-0.40740.49040.23890.526293.2613-8.3127-27.8855
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B460 - 608
2X-RAY DIFFRACTION2A29 - 244
3X-RAY DIFFRACTION2A328 - 369
4X-RAY DIFFRACTION2A461 - 490
5X-RAY DIFFRACTION3A370 - 379
6X-RAY DIFFRACTION3A445 - 460
7X-RAY DIFFRACTION4A380 - 444
8X-RAY DIFFRACTION5A9 - 28
9X-RAY DIFFRACTION5B609 - 638
10X-RAY DIFFRACTION6D460 - 608
11X-RAY DIFFRACTION7C29 - 244
12X-RAY DIFFRACTION7C328 - 369
13X-RAY DIFFRACTION7C461 - 490
14X-RAY DIFFRACTION8C370 - 379
15X-RAY DIFFRACTION8C445 - 460
16X-RAY DIFFRACTION9C380 - 444
17X-RAY DIFFRACTION10C14 - 28
18X-RAY DIFFRACTION10D609 - 639
19X-RAY DIFFRACTION11E-8 - -1
20X-RAY DIFFRACTION11F5 - 11
21X-RAY DIFFRACTION12E5 - 11
22X-RAY DIFFRACTION12F-7 - -1
23X-RAY DIFFRACTION13A245 - 327
24X-RAY DIFFRACTION14C245 - 327
25X-RAY DIFFRACTION15b460 - 608
26X-RAY DIFFRACTION16a29 - 244
27X-RAY DIFFRACTION16a328 - 369
28X-RAY DIFFRACTION16a461 - 490
29X-RAY DIFFRACTION17a370 - 379
30X-RAY DIFFRACTION17a445 - 460
31X-RAY DIFFRACTION18a380 - 444
32X-RAY DIFFRACTION19a9 - 28
33X-RAY DIFFRACTION19b609 - 638
34X-RAY DIFFRACTION20d460 - 608
35X-RAY DIFFRACTION21c29 - 244
36X-RAY DIFFRACTION21c328 - 369
37X-RAY DIFFRACTION21c461 - 490
38X-RAY DIFFRACTION22c370 - 379
39X-RAY DIFFRACTION22c445 - 460
40X-RAY DIFFRACTION23c380 - 444
41X-RAY DIFFRACTION24c14 - 28
42X-RAY DIFFRACTION24d609 - 638
43X-RAY DIFFRACTION25e-8 - -1
44X-RAY DIFFRACTION25f5 - 11
45X-RAY DIFFRACTION26e5 - 11
46X-RAY DIFFRACTION26f-7 - -1
47X-RAY DIFFRACTION27a245 - 327
48X-RAY DIFFRACTION28c245 - 327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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