+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cdm | ||||||
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Title | 2.5A structure of QPT-1 with S.aureus DNA gyrase and DNA | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE / TYPE IIA TOPOISOMERASE / ANTIBACTERIAL / INHIBITOR | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding ...DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Bax, B.D. / Srikannathasan, V. / Chan, P.F. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2015 Title: Structural basis of DNA gyrase inhibition by antibacterial QPT-1, anticancer drug etoposide and moxifloxacin. Authors: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, ...Authors: Chan, P.F. / Srikannathasan, V. / Huang, J. / Cui, H. / Fosberry, A.P. / Gu, M. / Hann, M.M. / Hibbs, M. / Homes, P. / Ingraham, K. / Pizzollo, J. / Shen, C. / Shillings, A.J. / Spitzfaden, C.E. / Tanner, R. / Theobald, A.J. / Stavenger, R.A. / Bax, B.D. / Gwynn, M.N. #1: Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2015 Title: Crystallization and initial crystallographic analysis of covalent DNA-cleavage complexes of Staphyloccocus aureus DNA gyrase with QPT-1, moxifloxacin and etoposide. Authors: Srikannathasan, V. / Wohlkonig, A. / Shillings, A. / Singh, O. / Chan, P.F. / Huang, J. / Gwynn, M.N. / Fosberry, A.P. / Homes, P. / Hibbs, M. / Theobald, A.J. / Spitzfaden, C. / Bax, B.D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cdm.cif.gz | 832.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cdm.ent.gz | 695.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cdm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5cdm_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5cdm_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 5cdm_validation.xml.gz | 52.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5cdm_validation.cif.gz | 73.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/5cdm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cd/5cdm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5cdnC 5cdoC 5cdpC 5cdqC 5cdrC 2xcsS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA gyrase subunit ... , 2 types, 4 molecules BDAC
#1: Protein | Mass: 21331.242 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED ...Mutation: GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG,GREEK KEY DOMAIN DELETED (544-579) AMD REPLACED WITH TWO RESIDUES, TG Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: N315 / Gene: gyrB, SA0005 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P66937, EC: 5.99.1.3 #2: Protein | Mass: 54777.379 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: gyrA, SA0006 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q99XG5, EC: 5.99.1.3 |
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-DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*CP*GP*TP*AP*C*GP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*TP*T)- ... , 2 types, 4 molecules EFIN
#3: DNA chain | Mass: 2451.630 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: DNA chain | Mass: 3654.378 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 7 types, 337 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-SO4 / | #8: Chemical | ChemComp-NA / | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-DT / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.2 Å3/Da / Density % sol: 61.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 6.2 / Details: 150mM BisTris pH6.2, 11% PEG 5000 MME / PH range: 6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.9173 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 6, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9173 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→36.785 Å / Num. all: 67361 / Num. obs: 67361 / % possible obs: 95.4 % / Redundancy: 2.5 % / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.123 / Rsym value: 0.098 / Net I/av σ(I): 4.938 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 166459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2XCS Resolution: 2.5→36.785 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.08 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 135.43 Å2 / Biso mean: 54.2607 Å2 / Biso min: 20.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→36.785 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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