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Yorodumi- PDB-3rad: Quinolone(Clinafloxacin)-DNA cleavage complex of type IV topoisom... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rad | ||||||
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Title | Quinolone(Clinafloxacin)-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase from S. pneumoniae | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE/DNA/ANTIBIOTIC / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / Topoisomerase IIa / Clinafloxacin / ISOMERASE-DNA-ANTIBIOTIC complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.35 Å | ||||||
Authors | Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Veselkov, D.A. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
Citation | Journal: Open Biol / Year: 2016 Title: Exploring the active site of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-DNA cleavage complex with novel 7,8-bridged fluoroquinolones. Authors: Laponogov, I. / Pan, X.S. / Veselkov, D.A. / Cirz, R.T. / Wagman, A. / Moser, H.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3rad.cif.gz | 585.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3rad.ent.gz | 493.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3rad.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3rad_validation.pdf.gz | 1003.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3rad_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 3rad_validation.xml.gz | 55.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3rad_validation.cif.gz | 75.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3rad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3rad | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
-DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 56455.434 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-488 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Strain: 7785 / Gene: parC, SP_0855 / Plasmid: pET29A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P72525, EC: 5.99.1.- #2: Protein | Mass: 30415.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 404-647 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Strain: 7785 / Gene: parE, SP_0852 / Plasmid: pET19B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q59961, EC: 5.99.1.- |
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-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
#3: DNA chain | Mass: 2121.436 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#4: DNA chain | Mass: 3348.209 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#5: DNA chain | Mass: 2113.410 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#6: DNA chain | Mass: 3358.211 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 3 types, 42 molecules
#7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THE SEQUENCE DIFFERENCE |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.07 Å3/Da / Density % sol: 69.8 % |
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Crystal grow | Temperature: 304 K / Method: liquid diffusion / pH: 6.5 Details: 50mM sodium cacodylate, 7% isopropanol, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 304K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 26, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.1→50 Å / Num. all: 55483 / Num. obs: 55095 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 90.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 13.144 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.35→41.674 Å / SU ML: 0.96 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.62 Å2 / ksol: 0.266 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.35→41.674 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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