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- PDB-3foe: Structural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of typ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3foe | ||||||
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Title | Structural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of type IIA topoisomerases | ||||||
![]() |
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![]() | ISOMERASE/DNA / quinolone / topoisomerase / DNA / protein-DNA cleavage complex / Streptococcus pneumoniae / clinafloxacin / Cell membrane / DNA-binding / Isomerase / Membrane / ATP-binding / Nucleotide-binding / ISOMERASE-DNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Laponogov, I. / Sohi, M.K. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Sawhney, R. / Thompson, A.W. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of type IIA topoisomerases Authors: Laponogov, I. / Sohi, M.K. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Sawhney, R. / Thompson, A.W. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 384.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1004 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 49.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 68.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3fofC ![]() 2novS ![]() 2rgrS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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Components
-DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 56455.434 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 1-488 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 30415.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues 404-647 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
#3: DNA chain | Mass: 4602.024 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: E-site DNA |
---|---|
#4: DNA chain | Mass: 5810.770 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: E-site DNA |
#5: DNA chain | Mass: 4565.968 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: E-site DNA |
#6: DNA chain | Mass: 5846.827 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: E-site DNA |
-Non-polymers , 1 types, 2 molecules FH![](data/chem/img/NFX.gif)
![](data/chem/img/NFX.gif)
#7: Chemical | ChemComp-NFX / |
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-Details
Sequence details | FOR CHAIN A AND B, THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE IS REFERRED IN REFERENCES 1 AND 4 OF PARC_STRPN, ...FOR CHAIN A AND B, THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE IS REFERRED IN REFERENCES |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.94 Å3/Da / Density % sol: 68.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 50mM Na cacodylate, 100mM Ammonium acetate, 15mM Magnesium acetate, 7.5% isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.5→36.1 Å / Num. obs: 34810 / Biso Wilson estimate: 176.35 Å2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRIES 2NOV and 2RGR Resolution: 4.001→36.1 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.68 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 32.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.002 Å2 / ksol: 0.064 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 632.4 Å2 / Biso mean: 202.667 Å2 / Biso min: 32.86 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 4.001→36.1 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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