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- PDB-2xkk: CRYSTAL STRUCTURE OF MOXIFLOXACIN, DNA, and A. BAUMANNII TOPO IV ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xkk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MOXIFLOXACIN, DNA, and A. BAUMANNII TOPO IV (PARE-PARC FUSION TRUNCATE)
要素
  • (DNA) x 2
  • TOPOISOMERASE IV
キーワードISOMERASE/DNA/ANTIBIOTIC / ISOMERASE-DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX / TYPE IIA TOPOISOMERASE / QUINOLONE / ANTIBACTERIAL AGENT
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / Rossmann fold - #670 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily ...DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / Rossmann fold - #670 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MFX / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 4 subunit B / DNA topoisomerase 4 subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種ACINETOBACTER BAUMANNII (バクテリア)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Wohlkonig, A. / Chan, P.F. / Fosberry, A.P. / Homes, P. / Huang, J. / Kranz, M. / Leydon, V.R. / Miles, T.J. / Pearson, N.D. / Perera, R.L. ...Wohlkonig, A. / Chan, P.F. / Fosberry, A.P. / Homes, P. / Huang, J. / Kranz, M. / Leydon, V.R. / Miles, T.J. / Pearson, N.D. / Perera, R.L. / Shillings, A.J. / Gwynn, M.N. / Bax, B.D.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Quinolone Inhibition of Type Iia Topoisomerases and Target-Mediated Resistance
著者: Wohlkonig, A. / Chan, P.F. / Fosberry, A.P. / Homes, P. / Huang, J. / Kranz, M. / Leydon, V.R. / Miles, T.J. / Pearson, N.D. / Perera, R.L. / Shillings, A.J. / Gwynn, M.N. / Bax, B.D.
履歴
登録2010年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOPOISOMERASE IV
C: TOPOISOMERASE IV
E: DNA
F: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,14710
ポリマ－193,2474
非ポリマー9006
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16180 Å2
ΔGint-102.1 kcal/mol
Surface area62960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.775, 95.566, 118.092
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 TOPOISOMERASE IV


分子量: 86165.758 Da / 分子数: 2
断片: PARE SUBUNIT C-TERMINAL 28KDA DOMAIN, RESIDUES 370-627, PARC SUBUNIT N-TERMINAL 58KDA DOMAIN, RESIDUES 1 TO 503
由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CONSTRUCT IS A FUSION OF THE TOPO IV, PARE AND PARC SUBUNITS. RESIDUE 604 OF PARE IS LINKED TO RESIDUES 996 OF PARC
由来: (組換発現) ACINETOBACTER BAUMANNII (バクテリア)
株: EUROFINS MEDINET / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B0V9T6, UniProt: B0VP98, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses

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DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#2: DNA鎖 DNA


分子量: 10493.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA CLEAVED INTO 2, COMPLEX TRAPPED BY MFX / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 10421.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA CLEAVED INTO 2, COMPLEX TRAPPED BY MFX / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 46分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-MFX / 1-cyclopropyl-6-fluoro-8-methoxy-7-[(4aS,7aS)-octahydro-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-6-yl]-4-oxo-1,4-dihydroquinoline-3-carboxylic acid / moxifloxacin / モキシフロキサシン


分子量: 401.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H24FN3O4 / コメント: 抗生剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 8% PEG 5000MME, 200 MM TRIS PH 8.5, 100 MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→36 Å / Num. obs: 32221 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 109 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 3.27→3.33 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKLデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XKJ

2xkj


解像度: 3.25→36.17 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 1316 4.1 %
Rwork0.194 --
obs0.197 32221 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 96.77 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 133.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--29.2545 Å20 Å2-17.9842 Å2
2--18.7098 Å20 Å2
3---10.5447 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→36.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10691 1058 62 40 11851
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01312185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49316775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4354548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052002
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2554-3.38570.34441410.26583264X-RAY DIFFRACTION93
3.3857-3.53970.30591570.24433498X-RAY DIFFRACTION99
3.5397-3.72610.35631580.23033467X-RAY DIFFRACTION99
3.7261-3.95930.27581370.19783515X-RAY DIFFRACTION99
3.9593-4.26450.2531360.17823329X-RAY DIFFRACTION94
4.2645-4.69290.24641220.15523529X-RAY DIFFRACTION99
4.6929-5.37010.22131450.15373536X-RAY DIFFRACTION99
5.3701-6.75850.27431670.18363501X-RAY DIFFRACTION99
6.7585-36.16780.24181530.18663266X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1184-0.6231-0.9530.3513-0.35051.8057-0.23840.34470.9872-0.20740.0718-0.2792-0.81040.7256-0.00011.7952-0.3526-0.2160.9982-0.05852.1077-16.214164.2109-17.8156
20.0742-0.0065-0.04020.1033-0.0820.05610.77410.7043-0.0648-0.1627-0.90991.7363-0.7513-0.18850.00022.2738-0.1615-0.45121.69240.23082.5535-41.006967.7118-28.6754
30.166-0.0343-0.23250.14770.21110.22490.4951-0.55971.14150.1886-0.5320.0676-0.18190.34130.00061.9867-0.0823-0.08111.228-0.52661.9101-26.86166.31-0.0976
43.478-0.3269-1.20560.48240.51943.7261-0.224-0.66370.73160.1536-0.0189-0.0746-0.4835-0.2942-00.95470.1698-0.0390.7305-0.39030.8357-43.852838.9538-1.2371
50.6373-0.5588-0.50620.47290.40660.82630.022-1.0265-0.32790.2113-0.3497-0.23480.32040.39430.00041.10190.097-0.00021.59350.05821.056-19.374420.782712.3293
60.08140.07910.09340.04020.05890.0935-0.5197-0.8185-0.1744-0.45690.50790.3099-0.3583-1.06680.00011.17040.2740.00171.3636-0.28041.6026-75.022340.535-12.0109
70.4498-0.0887-0.03560.2510.43410.91130.02230.03120.0332-0.4561-0.22771.12670.0563-0.72350.00061.24180.0976-0.171.4477-0.00591.4507-83.857843.4856-32.678
80.1620.0519-0.04650.08150.03410.2063-0.25060.6930.05520.3254-0.22190.0039-0.27850.623-0.00081.2518-0.2033-0.2481.69120.29631.0692-61.241334.5442-56.501
90.7669-0.04990.14880.26220.44870.9967-0.55780.62910.2206-0.58090.41051.1243-0.0223-1.1906-0.00011.176-0.1249-0.24351.47250.07381.3949-80.08130.7741-44.8506
102.1383-0.65240.7610.2836-0.69680.7544-0.4521-0.17210.71580.24240.0525-0.703-0.27070.7406-0.00011.1763-0.2853-0.10391.25610.0331.4212-13.485538.1383-19.3872
112.22630.78391.04052.15170.69423.6782-0.0169-0.214-0.1342-0.02160.0158-0.2540.28940.26480.00010.92020.01710.12410.87750.13050.9405-15.005612.9001-19.3375
120.1736-0.08740.24160.0624-0.20950.34730.2341-0.48720.2119-0.40870.21410.7740.903-1.19270.00121.2692-0.2073-0.11421.35650.13831.5547-41.28869.2443-24.711
130.2292-0.2364-0.10540.68140.52890.50570.1910.8937-0.7211-0.6-0.61970.2316-0.0288-0.1596-0.00061.0173-0.16440.28330.9960.04920.9204-13.855611.0979-40.2908
142.9245-0.0088-0.38790.4501-0.16393.5553-0.07380.89630.481-0.29660.0366-0.0686-0.3220.05250.00031.0537-0.1790.0011.07110.32420.8412-29.386437.4957-48.5872
150.17270.44470.0620.39530.21950.30750.2142-0.01370.6069-0.2937-0.2664-0.7801-0.33910.3315-01.6262-0.54190.13691.62810.58172.0021-2.065856.8288-46.6072
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1((CHAIN A AND (RESID 385:503 OR RESID 539:567)))
2X-RAY DIFFRACTION2((CHAIN A AND (RESID 504:538)))
3X-RAY DIFFRACTION3((CHAIN A AND (RESID 569:596)) OR ((CHAIN A) AND (RESID 1013:1026)))
4X-RAY DIFFRACTION4((CHAIN A AND (RESID 1027:1246 OR RESID 1326:1367 OR RESID 1457:1486)))
5X-RAY DIFFRACTION5((CHAIN A AND (RESID 1247:1325)))
6X-RAY DIFFRACTION6((CHAIN A AND (RESID 1368:1378)) OR (CHAIN A AND (RESID 1439:1455)))
7X-RAY DIFFRACTION7((CHAIN A AND (RESID 1379:1434)))
8X-RAY DIFFRACTION8((CHAIN C AND (RESID 1368:1378)) OR (CHAIN C AND (RESID 1439:1455)))
9X-RAY DIFFRACTION9((CHAIN C AND (RESID 1379:1434)))
10X-RAY DIFFRACTION10((CHAIN E) OR (CHAIN F))
11X-RAY DIFFRACTION11((CHAIN C AND (RESID 385:503 OR RESID 539:567)))
12X-RAY DIFFRACTION12((CHAIN C AND (RESID 504:538)))
13X-RAY DIFFRACTION13((CHAIN C AND (RESID 569:596)) OR ((CHAIN C) AND (RESID 1013:1026)))
14X-RAY DIFFRACTION14((CHAIN C AND (RESID 1027:1246 OR RESID 1326:1367 OR RESID 1457:1486)))
15X-RAY DIFFRACTION15((CHAIN C AND (RESID 1247:1325)))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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