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- PDB-4kpe: Novel fluoroquinolones in complex with topoisomerase IV from S. p... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kpe | ||||||
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Title | Novel fluoroquinolones in complex with topoisomerase IV from S. pneumoniae and E-site G-gate | ||||||
![]() |
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![]() | ISOMERASE/DNA/INHIBITOR / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / ISOMERASE-DNA-INHIBITOR COMPLEX / TOPOISOMERASE IIA / Quinolone / ACHN-245 | ||||||
Function / homology | ![]() DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Vesekov, D.A. / Cirz, R.T. / Wagman, A.S. / Moser, H.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Exploring the active site of the Streptococcus pneumoniae topoisomerase IV-DNA cleavage complex with novel 7,8-bridged fluoroquinolones. Authors: Laponogov, I. / Pan, X.S. / Veselkov, D.A. / Cirz, R.T. / Wagman, A. / Moser, H.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 579.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 487 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 53 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 72.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 56455.434 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ParC55, UNP residues 1-488 / Mutation: I257T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 30415.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: ParE30, UNP residues 404-647 / Mutation: V460I, T644A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-334 / TIGR4 / Gene: parE / Production host: ![]() ![]() |
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-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
#3: DNA chain | Mass: 2121.436 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#4: DNA chain | Mass: 3348.209 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#5: DNA chain | Mass: 2113.410 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
#6: DNA chain | Mass: 3358.211 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 3 types, 32 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/AF5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/AF5.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.1 Å3/Da / Density % sol: 70.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 50 mM Na Cacodylate, 4-7% isopropanol, optimized mixture of salts, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: May 6, 2011 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.43→41.819 Å / Num. all: 41232 / Num. obs: 40043 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.16 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 14.38 |
Reflection shell | Resolution: 3.43→3.52 Å / Redundancy: 5.22 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 6.37 / % possible all: 98.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.43→41.819 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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