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- PDB-3rae: Quinolone(Levofloxacin)-DNA cleavage complex of type IV topoisome... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rae | ||||||
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Title | Quinolone(Levofloxacin)-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase from S. pneumoniae | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ISOMERASE/DNA/ANTIBIOTIC / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / Topoisomerase IIa / Levofloxacin / ISOMERASE-DNA-ANTIBIOTIC complex | ||||||
Function / homology | ![]() DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Veselkov, D.A. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of a quinolone-stabilized cleavage complex of topoisomerase IV from Klebsiella pneumoniae and comparison with a related Streptococcus pneumoniae complex. Authors: Veselkov, D.A. / Laponogov, I. / Pan, X.S. / Selvarajah, J. / Skamrova, G.B. / Branstrom, A. / Narasimhan, J. / Prasad, J.V. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 481.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 52 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 71.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5eixC ![]() 3k9fS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 56455.434 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-488 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 30415.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 404-647 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
#3: DNA chain | Mass: 2121.436 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
---|---|
#4: DNA chain | Mass: 3348.209 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
#5: DNA chain | Mass: 2113.410 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
#6: DNA chain | Mass: 3358.211 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
-Non-polymers , 3 types, 62 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/LFX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/LFX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | THE SEQUENCE DIFFERENCE |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.11 Å3/Da / Density % sol: 70.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 304 K / Method: liquid diffusion / pH: 6.5 Details: 50mM sodium cacodylate, 7% isopropanol, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 304K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 26, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. all: 94010 / Num. obs: 93164 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 71.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 13.789 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3K9F Resolution: 2.9→41.832 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.21 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.674 Å2 / ksol: 0.277 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→41.832 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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