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Yorodumi- PDB-3rae: Quinolone(Levofloxacin)-DNA cleavage complex of type IV topoisome... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3rae | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Quinolone(Levofloxacin)-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase from S. pneumoniae | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | ISOMERASE/DNA/ANTIBIOTIC / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / Topoisomerase IIa / Levofloxacin / ISOMERASE-DNA-ANTIBIOTIC complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationDNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Veselkov, D.A. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2016Title: Structure of a quinolone-stabilized cleavage complex of topoisomerase IV from Klebsiella pneumoniae and comparison with a related Streptococcus pneumoniae complex. Authors: Veselkov, D.A. / Laponogov, I. / Pan, X.S. / Selvarajah, J. / Skamrova, G.B. / Branstrom, A. / Narasimhan, J. / Prasad, J.V. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3rae.cif.gz | 591.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3rae.ent.gz | 481.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3rae.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3rae_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3rae_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 3rae_validation.xml.gz | 52 KB | Display | |
| Data in CIF | 3rae_validation.cif.gz | 71.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3rae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3rae | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5eixC ![]() 3k9fS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 56455.434 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-488 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: P72525, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses #2: Protein | Mass: 30415.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 404-647 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q59961, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses |
|---|
-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
| #3: DNA chain | Mass: 2121.436 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
|---|---|
| #4: DNA chain | Mass: 3348.209 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
| #5: DNA chain | Mass: 2113.410 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
| #6: DNA chain | Mass: 3358.211 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
-Non-polymers , 3 types, 62 molecules 




| #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|---|
| Sequence details | THE SEQUENCE DIFFERENCE |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.11 Å3/Da / Density % sol: 70.08 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 304 K / Method: liquid diffusion / pH: 6.5 Details: 50mM sodium cacodylate, 7% isopropanol, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 304K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.9763 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 26, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. all: 94010 / Num. obs: 93164 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 71.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 13.789 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3K9F Resolution: 2.9→41.832 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.21 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.674 Å2 / ksol: 0.277 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→41.832 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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