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- PDB-4z53: Quinolone(Trovafloxacin)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z53 | ||||||
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Title | Quinolone(Trovafloxacin)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV from S. pneumoniae | ||||||
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![]() | ISOMERASE / Topo IV / Cleavage complex / DNA / quinolone | ||||||
Function / homology | ![]() DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Crevel, I.M.-T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural studies of the drug-stabilized cleavage complexes of topoisomerase IV and gyrase from Streptococcus pneumoniae Authors: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Crevel, I.M.-T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 591.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 482 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 52.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 71.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4z2cC ![]() 4z2dC ![]() 4z2eC ![]() 4z3oC ![]() 4z4qC ![]() 3k9fS ![]() 4pxp S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 84211.422 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC BAA-334 / TIGR4 / Gene: parE, SP_0852, parC, SP_0855 / Production host: ![]() ![]() |
---|
-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
#2: DNA chain | Mass: 2121.436 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
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#3: DNA chain | Mass: 3348.209 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#4: DNA chain | Mass: 2113.410 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
#5: DNA chain | Mass: 3358.211 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
-Non-polymers , 3 types, 10 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/TR6.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TR6.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.82 Å3/Da / Density % sol: 74.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 50 mM Na cacodylate, 100-150 mM NaCl, 4-7% isopropanol PH range: 6.0-7.0 / Temp details: incubator |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 4, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.01→73.9 Å / Num. obs: 60603 / % possible obs: 99.95 % / Redundancy: 10.07 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 5.9094 |
Reflection shell | Resolution: 3.01→3.09 Å / Redundancy: 10.38 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / % possible all: 99.92 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3K9F Resolution: 3.26→73.896 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.6 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.26→73.896 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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