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Yorodumi- PDB-4i3h: A three-gate structure of topoisomerase IV from Streptococcus pne... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i3h | ||||||
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Title | A three-gate structure of topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE/DNA / DNA unwinding / supercoiling / ISOMERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.7 Å | ||||||
Authors | Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Crevel, I. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2013 Title: Structure of an 'open' clamp type II topoisomerase-DNA complex provides a mechanism for DNA capture and transport. Authors: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Crevel, I.M. / Pan, X.S. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4i3h.cif.gz | 864.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4i3h.ent.gz | 696.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4i3h.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/4i3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/4i3h | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4juoC 1ei1S 3raeS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | Asymmetric unit consists of one biological dimer formed by two chains: A and B |
-Components
#1: DNA chain | Mass: 10525.804 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: V-site DNA #2: DNA chain | Mass: 10391.674 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: V-site DNA #3: Protein | Mass: 128323.859 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Strain: TIGR4 / Gene: parE, parC / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q3HZ71, UniProt: D6ZLV0, UniProt: Q59961*PLUS, EC: 5.99.1.-, EC: 5.99.1.3 #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 4% isopropanol, 50 mM sodium citrate, 600 nL + 400 nL (protein + precipitant) drop ratio, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.92 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 23, 2012 |
Radiation | Monochromator: Single bounce monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.7→72.19 Å / Num. all: 39884 / Num. obs: 39884 / % possible obs: 99.75 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / Redundancy: 12.11 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 3.1256 |
Reflection shell | Resolution: 3.7→3.9 Å / Redundancy: 11.46 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3RAE,1EI1 Resolution: 3.7→71.823 Å / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.92 / Stereochemistry target values: ML Details: The second DNA dimer (chains E&F) has two alternative orientations related by crystallographic symmetry.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.11 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.569 Å2 / ksol: 0.262 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.7→71.823 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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