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- PDB-4i3h: A three-gate structure of topoisomerase IV from Streptococcus pne... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i3h | ||||||
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Title | A three-gate structure of topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae | ||||||
![]() |
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![]() | ISOMERASE/DNA / DNA unwinding / supercoiling / ISOMERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Crevel, I. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of an 'open' clamp type II topoisomerase-DNA complex provides a mechanism for DNA capture and transport. Authors: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Crevel, I.M. / Pan, X.S. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 696.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 535.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 74 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 101.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4juoC ![]() 1ei1S ![]() 3raeS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | Asymmetric unit consists of one biological dimer formed by two chains: A and B |
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Components
#1: DNA chain | Mass: 10525.804 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: V-site DNA #2: DNA chain | Mass: 10391.674 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: V-site DNA #3: Protein | Mass: 128323.859 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q3HZ71, UniProt: D6ZLV0, UniProt: Q59961*PLUS, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses, EC: 5.99.1.3 #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: 4% isopropanol, 50 mM sodium citrate, 600 nL + 400 nL (protein + precipitant) drop ratio, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 23, 2012 |
Radiation | Monochromator: Single bounce monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.7→72.19 Å / Num. all: 39884 / Num. obs: 39884 / % possible obs: 99.75 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / Redundancy: 12.11 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 3.1256 |
Reflection shell | Resolution: 3.7→3.9 Å / Redundancy: 11.46 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3RAE,1EI1 Resolution: 3.7→71.823 Å / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.92 / Stereochemistry target values: ML Details: The second DNA dimer (chains E&F) has two alternative orientations related by crystallographic symmetry.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.11 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.569 Å2 / ksol: 0.262 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.7→71.823 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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