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- PDB-4juo: A low-resolution three-gate structure of topoisomerase IV from St... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4juo | ||||||
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Title | A low-resolution three-gate structure of topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae in space group H32 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ISOMERASE/DNA / full-length ParE / ParC55 / open N-gate / topoisomerase IIa / ATP binding / ISOMERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Crevel, I. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of an 'open' clamp type II topoisomerase-DNA complex provides a mechanism for DNA capture and transport. Authors: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Crevel, I.M. / Pan, X.S. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 350.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 659.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 698 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 39.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4i3hC ![]() 3raeS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 56455.434 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: ParC55 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein | Mass: 74528.180 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: ParE Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-334 / TIGR4 / Gene: parE / Production host: ![]() ![]() |
-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
#3: DNA chain | Mass: 3397.247 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
---|---|
#4: DNA chain | Mass: 4543.972 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
#5: DNA chain | Mass: 3339.195 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
#6: DNA chain | Mass: 4602.025 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
-Non-polymers , 2 types, 3 molecules ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/LFX.gif)
![](data/chem/img/LFX.gif)
#7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-LFX / ( | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 3-4% isopropanol, 50 mM Na cacodylate, optimised mixture of salts, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 26, 2010 |
Radiation | Monochromator: Mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 6.53→53.4 Å / Num. all: 3718 / Num. obs: 3701 / % possible obs: 99.24 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / Redundancy: 9.66 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 6.84 |
Reflection shell | Resolution: 6.53→6.71 Å / Redundancy: 10.93 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique all: 309 / % possible all: 99.66 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3RAE Resolution: 6.53→46.442 Å / SU ML: 0.88 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 40.82 / Stereochemistry target values: ML Details: Refinement has been limited to rigid body and TLS refinement only due to the low resolution
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 6.53→46.442 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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