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- PDB-4juo: A low-resolution three-gate structure of topoisomerase IV from St... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4juo
タイトルA low-resolution three-gate structure of topoisomerase IV from Streptococcus pneumoniae in space group H32
要素
  • (DNA topoisomerase 4 subunit ...) x 2
  • (E-site DNA) x 4
キーワードISOMERASE/DNA / full-length ParE / ParC55 / open N-gate / topoisomerase IIa / ATP binding / ISOMERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / extrinsic component of plasma membrane / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus ...DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LFX / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 4 subunit A / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.53 Å
データ登録者Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Crevel, I. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Structure of an 'open' clamp type II topoisomerase-DNA complex provides a mechanism for DNA capture and transport.
著者: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Crevel, I.M. / Pan, X.S. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2013年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22013年12月4日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit A
C: DNA topoisomerase 4 subunit B
E: E-site DNA
F: E-site DNA
G: E-site DNA
H: E-site DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,2769
ポリマ－146,8666
非ポリマー4103
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)213.580, 213.580, 211.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit A / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 56455.434 Da / 分子数: 1 / 断片: ParC55 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: parC, SP_0855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P72525, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit B


分子量: 74528.180 Da / 分子数: 1 / 断片: ParE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: parE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59961, EC: 5.99.1.3

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DNA鎖 , 4種, 4分子 EFGH

#3: DNA鎖 E-site DNA


分子量: 3397.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 E-site DNA


分子量: 4543.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: DNA鎖 E-site DNA


分子量: 3339.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: DNA鎖 E-site DNA


分子量: 4602.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 2種, 3分子

#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-LFX / (3S)-9-fluoro-3-methyl-10-(4-methylpiperazin-1-yl)-7-oxo-2,3-dihydro-7H-[1,4]oxazino[2,3,4-ij]quinoline-6-carboxylic acid / Levofloxacin / レボフロキサシン


分子量: 361.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20FN3O4 / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3-4% isopropanol, 50 mM Na cacodylate, optimised mixture of salts, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月26日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.53→53.4 Å / Num. all: 3718 / Num. obs: 3701 / % possible obs: 99.24 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 9.66 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 6.84
反射 シェル解像度: 6.53→6.71 Å / 冗長度: 10.93 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique all: 309 / % possible all: 99.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
xia2データスケーリング
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RAE

3rae


解像度: 6.53→46.442 Å / SU ML: 0.88 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 40.82 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement has been limited to rigid body and TLS refinement only due to the low resolution
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2982 169 4.57 %Random
Rwork0.2474 ---
obs0.2498 3701 99.14 %-
all-3718 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.53→46.442 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7498 730 28 0 8256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0178469
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.49111661
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.673005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071394
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0023-0.04630.0208-0.0519-0.1301-0.03580.4113-0.66860.75610.4411-0.09750.53480.75510.06700.6393-0.6341-0.80260.2886-0.1916-0.101542.8117-24.308389.8941
20.00960.0119-0.0472-0.0218-0.0457-0.0484-0.468-0.20030.8468-0.2569-0.36010.7366-0.0377-0.2719-0-2.52611.37353.62950.8302-0.898-1.177652.2602-39.495277.0999
3-0.0282-0.00960.0094-0.0073-0.02230.0201-0.1178-0.05080.1895-0.21680.07550.1773-0.09580.2323-0-0.1094-0.9205-0.40840.8212-0.66140.305262.0692-34.465384.6278
40.0158-0.0268-0.0189-0.0082-0.03180.04680.0422-0.2756-0.26710.3956-0.08720.28440.1640.0196-0-0.16410.08230.38750.23120.20140.770662.2868-36.944780.797
50.03570.0335-0.0194-0.03940.01970.04570.18060.15590.29910.5203-0.33790.10050.1186-0.0117-00.2855-0.58611.1710.8738-0.0395-0.129347.0923-36.682492.4337
60.0254-0.02580.0350.06910.0470.049-0.011-0.01920.18540.0805-0.2822-0.26440.0260.220402.8074-0.3646-1.1170.7211-1.66040.022959.153-41.377110.5963
7-0.01050.0082-0.0957-0.0438-0.01060.0484-0.67780.14310.31540.6143-1.4766-1.077-0.22590.8694-01.0068-1.4799-0.01091.8047-1.6065-0.362876.3203-25.7235101.5645
80.03650.0152-0.00760.0040.03730.0148-0.3689-0.10810.64840.1984-0.252-0.1726-0.6429-0.340300.2983-0.54830.35581.4388-0.68761.482888.0322-23.385793.2793
9-0.003-0.0159-0.03210.1020.0454-0.0305-0.1260.09270.1232-0.0317-0.3185-0.4366-0.2024-0.235201.2842-0.3331-0.52280.7079-0.04461.997364.9824-23.1283103.4675
10-0.00450.1795-0.2176-0.15810.1679-0.0035-0.20670.06390.1349-0.09330.46150.08081.0899-0.8270-0.89-2.30041.8643-0.22692.5144-2.661333.267-61.008691.9895
110.0841-0.31830.13240.45960.2633-0.4027-0.6196-1.1727-0.0055-0.0882-0.62430.10171.14711.7466-01.1728-0.89620.0541-1.609-1.3857-0.152838.0794-62.730791.5056
120.13690.0757-0.0936-0.0545-0.0430.0690.2621-0.07770.4661-0.58010.1748-0.02440.22270.1219-03.60220.94820.17132.7473-0.1781.523517.544817.444422.405
130.1220.17780.15030.23550.309-0.1331.08560.7790.11830.1249-0.05530.45590.0849-1.114401.1619-2.15390.9383-3.86550.85650.904433.724320.329253.7648
140.01050.4021-0.07040.05160.0504-0.0191-0.2241-0.81271.2714-0.0820.65960.52840.7642-0.86601.23140.302-0.1920.42690.22620.914638.6977-6.449481.1903
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 77 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 78 through 107 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 108 through 131 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 132 through 182 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 183 through 217 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 218 through 277 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 278 through 307 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 308 through 342 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 343 through 394 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 395 through 484 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 24 through 203 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 204 through 444 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 445 through 640 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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