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- PDB-3ksa: Detailed structural insight into the DNA cleavage complex of type... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ksa
タイトルDetailed structural insight into the DNA cleavage complex of type IIA topoisomerases (cleaved form)
要素
  • (DNA topoisomerase 4 subunit ...) x 2
  • 5'-D(*AP*CP*CP*AP*AP*GP*GP*T*CP*AP*TP*GP*AP*AP*T)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*A*CP*GP*TP*GP*CP*AP*T)-3'
  • 5'-D(P*AP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*GP*GP*T)-3'
  • 5'-D(P*GP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*G)-3'
キーワードISOMERASE/DNA / Topoisomerase / protein-DNA cleavage complex / Streptococcus pneumoniae / DNA-binding / nucleotide-binding / quinolone / Cleaved form / ISOMERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / extrinsic component of plasma membrane / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / Rossmann fold - #670 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal ...DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / Rossmann fold - #670 / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 4 subunit A / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Veselkov, D.A. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Gate-DNA Breakage and Resealing by Type II Topoisomerases
著者: Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Veselkov, D.A. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural insight into the quinolone-DNA cleavage complex of type IIA topoisomerases
著者: Laponogov, I. / Sohi, M.K. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Sawhney, R. / Thompson, A.W. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2009年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit A
B: DNA topoisomerase 4 subunit A
C: DNA topoisomerase 4 subunit B
D: DNA topoisomerase 4 subunit B
E: 5'-D(*AP*CP*CP*AP*AP*GP*GP*T*CP*AP*TP*GP*AP*AP*T)-3'
F: 5'-D(P*AP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*GP*GP*T)-3'
G: 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*A*CP*GP*TP*GP*CP*AP*T)-3'
H: 5'-D(P*GP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,61610
ポリマ－194,5688
非ポリマー492
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20900 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area56140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.911, 116.911, 183.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNLYSLYSchain A and (resseq 3:246 or resseq 253:285 or resseq 287:483 )AA3 - 2463 - 246
121GLNGLNALAALAchain A and (resseq 3:246 or resseq 253:285 or resseq 287:483 )AA253 - 285253 - 285
131VALVALGLUGLUchain A and (resseq 3:246 or resseq 253:285 or resseq 287:483 )AA287 - 483287 - 483
211ASNASNLYSLYSchain B and (resseq 3:246 or resseq 253:285 or resseq 287:483 )BB3 - 2463 - 246
221GLNGLNALAALAchain B and (resseq 3:246 or resseq 253:285 or resseq 287:483 )BB253 - 285253 - 285
231VALVALGLUGLUchain B and (resseq 3:246 or resseq 253:285 or resseq 287:483 )BB287 - 483287 - 483
112LYSLYSVALVALchain C and (resseq 415:487 or resseq 490:494 or resseq 496:547 or resseq 553:640 )CC415 - 48736 - 108
122ASPASPGLUGLUchain C and (resseq 415:487 or resseq 490:494 or resseq 496:547 or resseq 553:640 )CC490 - 494111 - 115
132ALAALALYSLYSchain C and (resseq 415:487 or resseq 490:494 or resseq 496:547 or resseq 553:640 )CC496 - 547117 - 168
142GLUGLUTHRTHRchain C and (resseq 415:487 or resseq 490:494 or resseq 496:547 or resseq 553:640 )CC553 - 640174 - 261
212LYSLYSVALVALchain D and (resseq 415:487 or resseq 490:494 or resseq 496:547 or resseq 553:640 )DD415 - 48736 - 108
222ASPASPGLUGLUchain D and (resseq 415:487 or resseq 490:494 or resseq 496:547 or resseq 553:640 )DD490 - 494111 - 115
232ALAALALYSLYSchain D and (resseq 415:487 or resseq 490:494 or resseq 496:547 or resseq 553:640 )DD496 - 547117 - 168
242GLUGLUTHRTHRchain D and (resseq 415:487 or resseq 490:494 or resseq 496:547 or resseq 553:640 )DD553 - 640174 - 261

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit A / ParC55 / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 56455.434 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-488 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: 7785 / 遺伝子: parC / プラスミド: pET29A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P72525, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses
#2: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit B / ParE30 / Topoisomerase IV subunit B


分子量: 30415.703 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 404-647 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: 7785 / 遺伝子: parE / プラスミド: pET19B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q59961, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses

-
DNA鎖 , 4種, 4分子 EFGH

#3: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*CP*AP*AP*GP*GP*T*CP*AP*TP*GP*AP*AP*T)-3'


分子量: 4602.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E-site
#4: DNA鎖 5'-D(P*AP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*TP*GP*GP*T)-3'


分子量: 5810.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E-site
#5: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*A*CP*GP*TP*GP*CP*AP*T)-3'


分子量: 4565.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E-site
#6: DNA鎖 5'-D(P*GP*AP*CP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*G)-3'


分子量: 5846.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: E-site

-
非ポリマー , 2種, 9分子

#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細FOR CHAIN A AND B, THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE IS REFERRED IN REFERENCES 1 AND 4 OF PARC_STRPN, ...FOR CHAIN A AND B, THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE IS REFERRED IN REFERENCES 1 AND 4 OF PARC_STRPN, UNIPROT. THE 257TH RESIDUE IS THR ACCORDING TO THEM. FOR CHAIN C AND D, THE DATABASE REFERENCE SEQUENCE IS REFERRED IN REFERENCES 1 AND 4 OF PARE_STRPN, UNIPROT. THE 460TH AND 644TH RESIDUES ARE ILE AND ALA, RESPECTIVELY, ACCORDING TO THEM.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 4-5% isopropanol, optimised mixture of salts, 50mM Na cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月7日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 41533 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 116.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15.725
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 3.512 / Num. unique all: 4232 / Rsym value: 0.461 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K9F

3k9f


解像度: 3.3→29.403 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.12 / Isotropic thermal model: Isotropic+TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 4164 10.09 %random
Rwork0.1762 37086 --
obs0.1805 41250 97.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 115.475 Å2 / ksol: 0.279 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 400.19 Å2 / Biso mean: 136.591 Å2 / Biso min: 64.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.332 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.332 Å20 Å2
3----49.123 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→29.403 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10079 730 2 7 10818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02711602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29515224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821812
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061845
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2316429
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3426X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
12B3426X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
21C1589X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
22D1589X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.017
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.33750.35761460.29661268X-RAY DIFFRACTION100
3.3375-3.37670.30951080.25891248X-RAY DIFFRACTION100
3.3767-3.41780.33191350.26331313X-RAY DIFFRACTION99
3.4178-3.4610.35151270.26081248X-RAY DIFFRACTION99
3.461-3.50650.32191350.23541286X-RAY DIFFRACTION99
3.5065-3.55450.27261420.21941241X-RAY DIFFRACTION99
3.5545-3.60510.23481420.22061238X-RAY DIFFRACTION100
3.6051-3.65890.27351240.21261284X-RAY DIFFRACTION99
3.6589-3.71590.23841380.19841247X-RAY DIFFRACTION99
3.7159-3.77670.23021600.17541265X-RAY DIFFRACTION100
3.7767-3.84170.23771480.18031225X-RAY DIFFRACTION100
3.8417-3.91140.20051610.16471289X-RAY DIFFRACTION99
3.9114-3.98650.19941140.16121216X-RAY DIFFRACTION99
3.9865-4.06760.2331430.16141263X-RAY DIFFRACTION99
4.0676-4.15580.22021470.15531275X-RAY DIFFRACTION100
4.1558-4.25220.2091580.15711244X-RAY DIFFRACTION100
4.2522-4.35830.19371540.13291261X-RAY DIFFRACTION100
4.3583-4.47570.17411390.1221262X-RAY DIFFRACTION100
4.4757-4.60690.15031660.1171226X-RAY DIFFRACTION100
4.6069-4.7550.17061400.11971266X-RAY DIFFRACTION100
4.755-4.92420.16481420.12391263X-RAY DIFFRACTION100
4.9242-5.12040.17971350.14071275X-RAY DIFFRACTION100
5.1204-5.35210.21721400.14371282X-RAY DIFFRACTION100
5.3521-5.63240.22341440.15631242X-RAY DIFFRACTION100
5.6324-5.98250.2091580.1731248X-RAY DIFFRACTION100
5.9825-6.440.22711350.1761299X-RAY DIFFRACTION100
6.44-7.07980.23361340.17131251X-RAY DIFFRACTION100
7.0798-8.08560.20271410.17021271X-RAY DIFFRACTION100
8.0856-10.11760.16851350.16781153X-RAY DIFFRACTION92
10.1176-29.40430.2285730.2486637X-RAY DIFFRACTION50
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.4297-0.631-0.64233.9893.77742.72570.5931-0.4734-0.1992-0.7719-0.1122-1.0642-1.3040.2176-0.10251.21190.01330.07051.12870.37591.2418-13.625130.07516.5665
23.1095-0.4381-1.11330.6793-1.1483-0.7796-0.381-0.40220.00650.22180.2010.0284-0.28730.10490.08241.0559-0.4104-0.01811.5229-0.00120.886-20.921948.942828.5993
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212.8759-0.10520.39161.3390.9668-0.04920.14030.54940.5937-0.1234-0.09140.06590.00080.4045-0.00521.0669-0.04650.18631.04450.37151.0908-5.143858.2129-39.7635
22-3.2897-4.53215.5083.9144-2.14552.1994-0.0034-1.0939-0.46320.28610.42211.3037-0.2198-3.1491-0.09741.2154-0.11010.0221.9129-0.17741.3949-52.900242.3799-14.8933
235.959.73437.29377.73555.15146.5050.6775-0.15771.2978-0.6728-1.07771.931-0.0841-1.13380.61391.09110.1456-0.36071.3056-0.18031.3748-62.68363.796-38.7855
242.8931-0.0275-0.41111.4398-1.58320.69890.210.3917-0.6314-0.1634-0.1342-0.17810.0798-0.4038-0.04611.0097-0.0658-0.19380.9471-0.35471.0183-53.33843.0245-39.753
252.2758-0.1980.01523.5192-1.46790.14110.43050.7436-0.3258-0.4801-0.8612-0.32430.1851-0.00130.32841.29280.12770.18810.8687-0.17260.9675-20.256738.9713-37.3852
262.84660.33440.8914.5590.55470.10070.49590.87320.2291-0.4365-0.91130.6814-0.39560.07820.28211.13010.1285-0.20180.74370.17840.7427-38.215662.2499-37.3623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 343:382A343 - 382
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 383:429A383 - 429
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resseq 18:30A18 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resseq 2:17A2 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resseq 31:154A31 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resseq 430:455A430 - 455
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and resseq 239:322A239 - 322
8X-RAY DIFFRACTION8chain A and resseq 456:482A456 - 482
9X-RAY DIFFRACTION9chain A and not (resseq 343:382 or resseq 383:429 or resseq 31:154 or resseq 430:455 or resseq 239:322 or resseq 2:17 or resseq 18:30 or resseq 456:482)A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resseq 343:382B343 - 382
11X-RAY DIFFRACTION11chain B and resseq 383:429B383 - 429
12X-RAY DIFFRACTION12chain B and resseq 18:30B18 - 30
13X-RAY DIFFRACTION13chain B and resseq 2:17B2 - 17
14X-RAY DIFFRACTION14chain B and resseq 31:154B31 - 154
15X-RAY DIFFRACTION15chain B and resseq 430:455B430 - 455
16X-RAY DIFFRACTION16chain B and resseq 239:322B239 - 322
17X-RAY DIFFRACTION17chain B and resseq 456:482B456 - 482
18X-RAY DIFFRACTION18chain B and not (resseq 343:382 or resseq 383:429 or resseq 31:154 or resseq 430:455 or resseq 239:322 or resseq 2:17 or resseq 18:30 or resseq 456:482)B0
19X-RAY DIFFRACTION19chain C and resseq 539:581C539 - 581
20X-RAY DIFFRACTION20chain C and resseq 610:634C610 - 634
21X-RAY DIFFRACTION21chain C and not (resseq 539:581 or resseq 610:634)C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain D and resseq 539:581D539 - 581
23X-RAY DIFFRACTION23chain D and resseq 610:634D610 - 634
24X-RAY DIFFRACTION24chain D and not (resseq 539:581 or resseq 610:634)D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain E or chain FE9 - 15
26X-RAY DIFFRACTION25chain E or chain FF1 - 11
27X-RAY DIFFRACTION26chain G or chain HG9 - 15
28X-RAY DIFFRACTION26chain G or chain HH1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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