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Yorodumi- PDB-3raf: Quinazolinedione-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3raf | ||||||
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Title | Quinazolinedione-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase from S. pneumoniae | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE/DNA/ANTIBIOTIC / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / Topoisomerase IIa / Quinazolinedione PD 0305970 / ISOMERASE-DNA-ANTIBIOTIC complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.24 Å | ||||||
Authors | Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Veselkov, D.A. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Inhibitor-stabilised cleavage complexes of topoisomerase IIa: structural analysis of drug-dependent inter- and intramolecular interactions Authors: Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Veselkov, D.A. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3raf.cif.gz | 570.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3raf.ent.gz | 479.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3raf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3raf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3raf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 56455.434 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-488 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Strain: 7785 / Gene: ParC / Plasmid: pET29A / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P72525, EC: 5.99.1.- #2: Protein | Mass: 30415.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 404-647 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Strain: 7785 / Gene: ParE / Plasmid: pET19B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q59961, EC: 5.99.1.- |
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-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
#3: DNA chain | Mass: 2121.436 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
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#4: DNA chain | Mass: 3348.209 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
#5: DNA chain | Mass: 2113.410 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
#6: DNA chain | Mass: 3358.211 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
-Non-polymers , 3 types, 46 molecules FH
#7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | ChemComp-PDQ / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | CONSERVED MUTATION |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.13 Å3/Da / Density % sol: 70.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 304 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 50 mM sodium cacodylate, 5-6% isopropanol, optimised mixture of salts, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 304K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9762 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 5, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.71→114.977 Å / Num. all: 83475 / Num. obs: 83426 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 66.392 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.239 / Rsym value: 0.239 / Net I/σ(I): 8.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.24→114.977 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.014 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.24→114.977 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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