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Yorodumi- PDB-3raf: Quinazolinedione-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase fr... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3raf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Quinazolinedione-DNA cleavage complex of type IV topoisomerase from S. pneumoniae | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | ISOMERASE/DNA/ANTIBIOTIC / PROTEIN-DNA CLEAVAGE COMPLEX / Topoisomerase IIa / Quinazolinedione PD 0305970 / ISOMERASE-DNA-ANTIBIOTIC complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationDNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.24 Å | ||||||
Authors | Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Veselkov, D.A. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
Citation | Journal: To be PublishedTitle: Inhibitor-stabilised cleavage complexes of topoisomerase IIa: structural analysis of drug-dependent inter- and intramolecular interactions Authors: Laponogov, I. / Pan, X.-S. / Veselkov, D.A. / McAuley, K.E. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3raf.cif.gz | 577.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3raf.ent.gz | 466.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3raf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3raf_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3raf_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 3raf_validation.xml.gz | 59.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 3raf_validation.cif.gz | 78.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3raf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/3raf | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-DNA topoisomerase 4 subunit ... , 2 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 56455.434 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-488 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: P72525, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses #2: Protein | Mass: 30415.703 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 404-647 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q59961, Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses |
|---|
-DNA chain , 4 types, 4 molecules EFGH
| #3: DNA chain | Mass: 2121.436 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
|---|---|
| #4: DNA chain | Mass: 3348.209 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
| #5: DNA chain | Mass: 2113.410 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
| #6: DNA chain | Mass: 3358.211 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
-Non-polymers , 3 types, 46 molecules 
FH



| #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | ChemComp-PDQ / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|---|
| Sequence details | CONSERVED MUTATION |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.13 Å3/Da / Density % sol: 70.23 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 304 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 50 mM sodium cacodylate, 5-6% isopropanol, optimised mixture of salts, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 304K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9762 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 5, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9762 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.71→114.977 Å / Num. all: 83475 / Num. obs: 83426 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 66.392 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.239 / Rsym value: 0.239 / Net I/σ(I): 8.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.24→114.977 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.014 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.24→114.977 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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