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Yorodumi- PDB-4z2c: Quinolone(Moxifloxacin)-DNA cleavage complex of gyrase from S. pn... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z2c | ||||||
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Title | Quinolone(Moxifloxacin)-DNA cleavage complex of gyrase from S. pneumoniae | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE / Gyrase / Cleavage complex / DNA / quinolone | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pneumoniae (bacteria) Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.19 Å | ||||||
Authors | Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Crevel, I.M.-T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structural studies of the drug-stabilized cleavage complexes of topoisomerase IV and gyrase from Streptococcus pneumoniae Authors: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Crevel, I.M.-T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4z2c.cif.gz | 569.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4z2c.ent.gz | 463 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4z2c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4z2c_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4z2c_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 4z2c_validation.xml.gz | 47.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4z2c_validation.cif.gz | 65.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z2c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4z2dC 4z2eC 4z3oC 4z4qC 4z53C 3rafS 4i3hS 4pxp S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA gyrase subunit ... , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 56747.258 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Gene: gyrA, BM52_0349 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q9R867, UniProt: Q8DPM2*PLUS, EC: 5.99.1.3 #2: Protein | Mass: 30286.211 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pneumoniae (bacteria) / Gene: gyrB, BM52_1967, DJ38_04430 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q59957, UniProt: P0A4M0*PLUS, EC: 5.99.1.3 |
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-Symmetrized E-site ... , 2 types, 4 molecules EGFH
#3: DNA chain | Mass: 4589.994 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Escherichia coli (E. coli) #4: DNA chain | Mass: 5821.813 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Escherichia coli (E. coli) |
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-Non-polymers , 3 types, 13 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.91 Å3/Da / Density % sol: 68.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 5-10% PEG 8000, 10-20% Ethylene glycol, 0.1M Imidazole/MES buffer system, 0.1M Amino Acids PH range: 6.0-7.0 / Temp details: incubator |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 24, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.03→78.7 Å / Num. obs: 47637 / % possible obs: 99.84 % / Redundancy: 6.49 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 9.6582 |
Reflection shell | Resolution: 3.03→3.11 Å / Redundancy: 5.75 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3RAF, 4I3H Resolution: 3.19→64.245 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.19→64.245 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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