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- PDB-6waa: K. pneumoniae Topoisomerase IV (ParE-ParC) in complex with DNA an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6waa
タイトルK. pneumoniae Topoisomerase IV (ParE-ParC) in complex with DNA and compound 34 (7-[(1S,5R)-1-amino-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-3-yl]-4-(aminomethyl)-1-cyclopropyl-3,6-difluoro-8-methylquinolin-2(1H)-one)
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
  • DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) chimera
キーワードISOMERASE/DNA/ISOMERASE INHIBITOR / DNA-Topoisomerase / ISOMERASE-DNA-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Isomerases; Other isomerases; Sole sub-subclass for isomerases that do not belong in the other subclasses / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A ...DNA topoisomerase IV, subunit A, Gram-negative / DNA topoisomerase IV, subunit B, Gram-negative / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TNJ / DNA / DNA (> 10) / Topoisomerase IV subunit A / DNA topoisomerase 4 subunit B / DNA topoisomerase 4 subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae 342 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Noeske, J. / Shu, W. / Bellamacina, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Topoisomerase Inhibitors Addressing Fluoroquinolone Resistance in Gram-Negative Bacteria.
著者: Skepper, C.K. / Armstrong, D. / Balibar, C.J. / Bauer, D. / Bellamacina, C. / Benton, B.M. / Bussiere, D. / De Pascale, G. / De Vicente, J. / Dean, C.R. / Dhumale, B. / Fisher, L.M. / Fuller, ...著者: Skepper, C.K. / Armstrong, D. / Balibar, C.J. / Bauer, D. / Bellamacina, C. / Benton, B.M. / Bussiere, D. / De Pascale, G. / De Vicente, J. / Dean, C.R. / Dhumale, B. / Fisher, L.M. / Fuller, J. / Fulsunder, M. / Holder, L.M. / Hu, C. / Kantariya, B. / Lapointe, G. / Leeds, J.A. / Li, X. / Lu, P. / Lvov, A. / Ma, S. / Madhavan, S. / Malekar, S. / McKenney, D. / Mergo, W. / Metzger, L. / Moser, H.E. / Mutnick, D. / Noeske, J. / Osborne, C. / Patel, A. / Patel, D. / Patel, T. / Prajapati, K. / Prosen, K.R. / Reck, F. / Richie, D.L. / Rico, A. / Sanderson, M.R. / Satasia, S. / Sawyer, W.S. / Selvarajah, J. / Shah, N. / Shanghavi, K. / Shu, W. / Thompson, K.V. / Traebert, M. / Vala, A. / Vala, L. / Veselkov, D.A. / Vo, J. / Wang, M. / Widya, M. / Williams, S.L. / Xu, Y. / Yue, Q. / Zang, R. / Zhou, B. / Rivkin, A.
履歴
登録2020年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature ...pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) chimera
D: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) chimera
F: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) chimera
H: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) chimera
I: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
K: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
M: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
N: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
O: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)371,36835
ポリマ－368,87912
非ポリマー2,48923
水18010
1
B: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) chimera
D: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) chimera
I: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
K: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,67217
ポリマ－184,4396
非ポリマー1,23211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16020 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area61970 Å2
手法PISA
2
F: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) chimera
H: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) chimera
M: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
N: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
O: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')
P: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,69618
ポリマ－184,4396
非ポリマー1,25712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16550 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area62140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.590, 157.481, 144.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN B AND ((RESID 400 THROUGH 404 AND (NAME N...
211(CHAIN D AND (RESID 400 THROUGH 407 OR (RESID 408...
311(CHAIN F AND ((RESID 400 THROUGH 404 AND (NAME N...
411(CHAIN D AND ((RESID 400 THROUGH 404 AND (NAME N...

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 BDFH

#1: タンパク質
DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) chimera / Topoisomerase IV subunit B


分子量: 84279.477 Da / 分子数: 4
断片: parE CTD (UNP residues 390-631) + EF linker + parC NTD (UNP residues 1-490) + LEHHHHHH
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae 342 (バクテリア)
株: 342 / 遺伝子: parE, NCTC5052_03997, parC_1, NCTC5047_02751 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A377Y395, UniProt: A0A377XIN8, UniProt: B5XU60*PLUS, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 ILMPJKNO

#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*TP*AP*CP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*T)-3')


分子量: 3354.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Klebsiella pneumoniae 342 (バクテリア)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(*GP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*GP*TP*AP*A)-3')


分子量: 4586.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Klebsiella pneumoniae 342 (バクテリア)

-
非ポリマー , 5種, 33分子

#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-TNJ / 7-[(1S,5R)-1-amino-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-3-yl]-4-(aminomethyl)-1-cyclopropyl-3,6-difluoro-8-methylquinolin-2(1H)-one


分子量: 360.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22F2N4O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20 mM magnesium chloride, 40 mM lithium chloride, 2 mM hexamine cobalt chloride, 40 mM sodium cacodylate trihydrate, pH 5.5, 30% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→143.527 Å / Num. obs: 69233 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.906 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 10085 / Rsym value: 1.11 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EIX

5eix


解像度: 3.2→82.08 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 3262 4.73 %
Rwork0.274 --
obs0.275 68999 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 94.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→82.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19363 1953 165 10 21491
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11B7476X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D7476X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
13F7476X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
14D7476X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.250.45681360.40132731X-RAY DIFFRACTION96
3.25-3.30.39661450.37562827X-RAY DIFFRACTION99
3.3-3.350.34911500.35652865X-RAY DIFFRACTION99
3.35-3.410.4281430.3442818X-RAY DIFFRACTION99
3.41-3.470.37041390.3392821X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.540.3421320.32592878X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.610.31661410.32662866X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.690.33511230.31852869X-RAY DIFFRACTION99
3.69-3.780.34051440.30432845X-RAY DIFFRACTION99
3.78-3.870.30371490.29332817X-RAY DIFFRACTION99
3.87-3.970.29091370.28372874X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.090.30441480.2782869X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.220.29391370.24992846X-RAY DIFFRACTION100
4.22-4.370.26481440.24662888X-RAY DIFFRACTION100
4.37-4.550.27551450.24092848X-RAY DIFFRACTION100
4.55-4.760.31741460.23632888X-RAY DIFFRACTION100
4.76-5.010.27771230.25182869X-RAY DIFFRACTION100
5.01-5.320.2621520.26032863X-RAY DIFFRACTION100
5.32-5.730.33361390.28172875X-RAY DIFFRACTION100
5.73-6.310.32881600.28162892X-RAY DIFFRACTION100
6.31-7.220.3611510.28392853X-RAY DIFFRACTION100
7.22-9.10.2241390.22792898X-RAY DIFFRACTION100
9.1-82.080.23281390.22592937X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.793-0.62921.7020.5489-0.48540.9025-0.32721.08230.7749-0.61370.2067-0.133-0.3835-0.62690.12751.79960.1365-0.10231.05840.25020.5681-34.7944-11.1773-162.2829
22.24420.2655-0.87030.15540.49352.47920.0080.43050.8726-0.5781-0.161-0.2431-1.1591-0.36050.13821.34910.191-0.09050.62840.08580.7339-31.6936-5.5351-143.0267
32.7532-1.10630.812.4998-0.08741.0105-0.2646-0.3532-0.02560.13350.3104-0.2216-0.816-0.3343-0.07660.7268-0.02410.00180.43040.01480.3014-24.2471-32.7665-140.0192
41.00881.16691.89813.80032.47565.02120.09390.2836-0.318-0.12750.3571-0.1260.24920.5189-0.42720.38980.01470.04460.5023-0.1980.4964-14.6348-52.8094-154.3654
50.84060.5722-0.40030.3691-0.2085.32130.1345-0.2348-0.09350.16580.1998-0.011-0.269-0.0703-0.32250.75380.272-0.08870.5370.09130.4498-15.2972-36.5813-107.8886
63.88113.99581.96256.13430.75862.6838-0.4537-0.233-1.4691-0.59690.09330.27460.0503-0.89680.37140.7752-0.22170.16211.7849-0.24891.2916-53.6541-52.7182-158.4419
72.77650.5847-0.06332.3261-0.31190.6426-0.44250.6109-1.16910.10110.27841.28860.3978-0.91380.15290.8044-0.15270.24641.5017-0.13881.6886-63.0958-53.9005-145.4278
83.92980.4204-1.21381.28850.37760.6102-0.6884-0.45580.05870.12680.48950.177-0.5893-1.0030.16951.06290.60980.01091.44020.14010.5523-53.0765-24.7754-133.9887
90.77320.39130.3950.24930.11420.6065-0.619-0.25120.0313-0.0759-0.01980.0987-0.2859-0.91670.18651.0321.3297-0.10372.68960.60120.8625-63.6219-22.9981-119.4188
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141.76781.89130.9155.84182.16928.03130.687-0.97660.34150.5325-0.2094-0.2543-0.9340.2383-0.4290.8272-0.10050.08241.4113-0.48070.99865.067722.5078-49.8017
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200.7389-0.3876-1.98181.6341-0.57177.25480.1977-0.42780.36080.43510.0818-0.3738-1.1929-0.072-0.12960.72970.0644-0.26541.111-0.28820.926326.55413.7916-71.3556
210.2582-0.05581.02620.4716-0.0624.00920.20252.1444-0.1037-1.9344-0.0145-0.46010.1922-0.1528-0.16121.2987-0.04710.06471.2574-0.12430.5104-24.3934-34.2389-158.22
225.84043.9518-0.73965.52231.80571.9842-0.9981.15030.996-1.72480.43311.2344-1.0799-1.14090.54151.24270.1405-0.16452.20240.05811.0671-65.6481-29.0967-153.8086
233.8643-0.42563.07568.81343.9284.5138-0.68392.08820.1984-2.08730.70461.586-0.8703-0.90140.10661.1956-0.0243-0.20692.62630.39171.1342-67.3215-30.3203-151.4912
244.90980.4333-2.15750.1322-0.22251.3329-0.30570.369-1.3387-0.49930.22830.16380.7782-0.88230.0951.2157-0.08470.02451.0628-0.05860.6274-25.8633-34.583-160.1719
255.0027-2.5363-0.23923.08380.77540.61510.0328-0.6242-0.44780.44720.05250.08090.2964-0.1403-0.06961.0782-0.14690.15841.11530.19460.5146-36.7229-28.3614-154.8442
265.7284-1.8847-1.00127.9792-1.88773.7796-0.1275-0.0722-0.19120.3535-0.1464-0.32880.10970.35010.23520.98880.09310.0631.54950.12870.99684.60144.4158-52.8704
270.1023-0.12650.37344.3021-2.11012.01770.23380.1927-0.30590.66670.0584-0.69110.11630.2454-0.24850.67470.0139-0.25921.65950.05770.633515.4001-3.1981-64.9415
280.0152-0.02-0.02220.11690.1080.4128-0.0270.13780.004-0.00560.11780.1486-0.01850.0529-0.07961.0371-0.39840.37672.0243-0.54791.5828-52.4478-36.2891-151.8406
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'B' AND (RESID 400 THROUGH 523 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'B' AND (RESID 524 THROUGH 608 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'B' AND (RESID 609 THROUGH 1172 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 1173 THROUGH 1342 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 1343 THROUGH 1481 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'D' AND (RESID 398 THROUGH 493 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'D' AND (RESID 494 THROUGH 1028 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'D' AND (RESID 1029 THROUGH 1133 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'D' AND (RESID 1134 THROUGH 1481 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'F' AND (RESID 400 THROUGH 566 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'F' AND (RESID 567 THROUGH 1184 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'F' AND (RESID 1185 THROUGH 1342 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'F' AND (RESID 1343 THROUGH 1484 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'H' AND (RESID 396 THROUGH 586 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'H' AND (RESID 587 THROUGH 1133 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'H' AND (RESID 1134 THROUGH 1481 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'M' AND (RESID 1 THROUGH 11 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'O' AND (RESID 12 THROUGH 24 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'P' AND (RESID 3 THROUGH 11 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'N' AND (RESID 12 THROUGH 26 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'I' AND (RESID 3 THROUGH 11 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'K' AND (RESID 12 THROUGH 26 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'L' AND (RESID 2 THROUGH 11 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'J' AND (RESID 12 THROUGH 25 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'J' AND (RESID 101 THROUGH 101 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'N' AND (RESID 101 THROUGH 101 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'N' AND (RESID 102 THROUGH 102 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'J' AND (RESID 102 THROUGH 102 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る