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Yorodumi- PDB-6waa: K. pneumoniae Topoisomerase IV (ParE-ParC) in complex with DNA an... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6waa | ||||||
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Title | K. pneumoniae Topoisomerase IV (ParE-ParC) in complex with DNA and compound 34 (7-[(1S,5R)-1-amino-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-3-yl]-4-(aminomethyl)-1-cyclopropyl-3,6-difluoro-8-methylquinolin-2(1H)-one) | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE/DNA/ISOMERASE INHIBITOR / DNA-Topoisomerase / ISOMERASE-DNA-ISOMERASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae 342 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Noeske, J. / Shu, W. / Bellamacina, C. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2020 Title: Topoisomerase Inhibitors Addressing Fluoroquinolone Resistance in Gram-Negative Bacteria. Authors: Skepper, C.K. / Armstrong, D. / Balibar, C.J. / Bauer, D. / Bellamacina, C. / Benton, B.M. / Bussiere, D. / De Pascale, G. / De Vicente, J. / Dean, C.R. / Dhumale, B. / Fisher, L.M. / ...Authors: Skepper, C.K. / Armstrong, D. / Balibar, C.J. / Bauer, D. / Bellamacina, C. / Benton, B.M. / Bussiere, D. / De Pascale, G. / De Vicente, J. / Dean, C.R. / Dhumale, B. / Fisher, L.M. / Fuller, J. / Fulsunder, M. / Holder, L.M. / Hu, C. / Kantariya, B. / Lapointe, G. / Leeds, J.A. / Li, X. / Lu, P. / Lvov, A. / Ma, S. / Madhavan, S. / Malekar, S. / McKenney, D. / Mergo, W. / Metzger, L. / Moser, H.E. / Mutnick, D. / Noeske, J. / Osborne, C. / Patel, A. / Patel, D. / Patel, T. / Prajapati, K. / Prosen, K.R. / Reck, F. / Richie, D.L. / Rico, A. / Sanderson, M.R. / Satasia, S. / Sawyer, W.S. / Selvarajah, J. / Shah, N. / Shanghavi, K. / Shu, W. / Thompson, K.V. / Traebert, M. / Vala, A. / Vala, L. / Veselkov, D.A. / Vo, J. / Wang, M. / Widya, M. / Williams, S.L. / Xu, Y. / Yue, Q. / Zang, R. / Zhou, B. / Rivkin, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6waa.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6waa.ent.gz | 1.3 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6waa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6waa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/6waa | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5eixS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules BDFH
#1: Protein | Mass: 84279.477 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: parE CTD (UNP residues 390-631) + EF linker + parC NTD (UNP residues 1-490) + LEHHHHHH Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae 342 (bacteria) / Strain: 342 / Gene: parE, NCTC5052_03997, parC_1, NCTC5047_02751 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A377Y395, UniProt: A0A377XIN8, UniProt: B5XU60*PLUS, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) |
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-DNA chain , 2 types, 8 molecules ILMPJKNO
#2: DNA chain | Mass: 3354.206 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Klebsiella pneumoniae 342 (bacteria) #3: DNA chain | Mass: 4586.025 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Klebsiella pneumoniae 342 (bacteria) |
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-Non-polymers , 5 types, 33 molecules
#4: Chemical | ChemComp-MPD / ( #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-TNJ / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 20 mM magnesium chloride, 40 mM lithium chloride, 2 mM hexamine cobalt chloride, 40 mM sodium cacodylate trihydrate, pH 5.5, 30% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 16, 2016 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→143.527 Å / Num. obs: 69233 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Net I/σ(I): 4.7 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.37 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.906 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 10085 / Rsym value: 1.11 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5EIX Resolution: 3.2→82.08 Å / SU ML: 0.56 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 33.33
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 94.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→82.08 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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