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- PDB-6gvb: Crystal structure of Cutibacterium acnes exo-beta-1,4-mannosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gvb
タイトルCrystal structure of Cutibacterium acnes exo-beta-1,4-mannosidase
要素exo-beta-1,4-mannosidase
キーワードHYDROLASE / exo-beta-1 / 4-mannosidase / glycan degradation / enzyme / glycoside hydrolase / family 5
機能・相同性Glycoside hydrolase superfamily / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Cutibacterium acnes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Reichenbach, T. / Divne, C.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilFORMAS 2013-1741 スウェーデン
Swedish Research CouncilVR 2013-5717 スウェーデン
Swedish Research CouncilFORMAS 2012-1513 スウェーデン
Swedish Research CouncilFORMAS 2014-176 スウェーデン
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical characterization of the Cutibacterium acnes exo-beta-1,4-mannosidase that targets the N-glycan core of host glycoproteins.
著者: Reichenbach, T. / Kalyani, D. / Gandini, R. / Svartstrom, O. / Aspeborg, H. / Divne, C.
履歴
登録2018年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: exo-beta-1,4-mannosidase
B: exo-beta-1,4-mannosidase
C: exo-beta-1,4-mannosidase
D: exo-beta-1,4-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,44716
ポリマ－186,9364
非ポリマー2,51112
水14,988832
1
A: exo-beta-1,4-mannosidase
B: exo-beta-1,4-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7238
ポリマ－93,4682
非ポリマー1,2566
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area27880 Å2
手法PISA
2
C: exo-beta-1,4-mannosidase
D: exo-beta-1,4-mannosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7238
ポリマ－93,4682
非ポリマー1,2566
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area28120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.180, 104.370, 112.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
exo-beta-1,4-mannosidase


分子量: 46733.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The residues beyond 395, including the hexahistidine tag, are not visible in the electron density and have therefore not been included in the model.
由来: (組換発現) Cutibacterium acnes (バクテリア)
遺伝子: B1B09_09200 / プラスミド: pNIC-CH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): T1 / 参照: UniProt: A0A2B7I7A6
#2: 化合物
ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS


分子量: 209.263 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 % / 解説: plate shaped crystals
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M MOPS buffer, 0.2 M magnesium acetate, 20% (w/v) PEG 8000 and 5 mM D-mannose 20 mM HEPES pH 7.5, 300 mM NaCl, 10% (v/v)glycerol, 0.5 mM TCEP

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 111.07175
シンクロトロンSOLEIL PROXIMA 121.03927
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2017年2月9日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2017年2月9日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1channel cut cryogenically cooled monochromator crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2channel cut cryogenically cooled monochromator crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.071751
21.039271
反射

Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Entry-ID: 6GVB / CC1/2: 0.997

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rrim(I) allRsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.8-49.60117560397.46.80.1210.11119.49
2-48.9821760387.53.30.090.076210.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.8-1.96.71.92256150.740.01590.0146196
2-2.12.91.69164990.6290.008460.00692248.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSv1.0データ削減
XSCALEv1.0データスケーリング
autoSHARP3.10.7位相決定
ARP/wARP7.6モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→49.601 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 2001 1.14 %
Rwork0.195 --
obs0.1953 175603 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.601 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12514 0 156 832 13502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85918097
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.42910524
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051902
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.38181350.364412133X-RAY DIFFRACTION96
1.845-1.89490.39981320.349912220X-RAY DIFFRACTION96
1.8949-1.95060.36271610.305812191X-RAY DIFFRACTION96
1.9506-2.01360.31831240.281312279X-RAY DIFFRACTION97
2.0136-2.08560.34521520.263412266X-RAY DIFFRACTION97
2.0856-2.16910.28491270.238512332X-RAY DIFFRACTION97
2.1691-2.26780.25941390.216412333X-RAY DIFFRACTION97
2.2678-2.38740.26061550.212112376X-RAY DIFFRACTION98
2.3874-2.53690.2591430.210912463X-RAY DIFFRACTION98
2.5369-2.73280.24921460.205812499X-RAY DIFFRACTION98
2.7328-3.00780.28031410.204412562X-RAY DIFFRACTION99
3.0078-3.44290.24221420.189412569X-RAY DIFFRACTION99
3.4429-4.33730.16381530.150512641X-RAY DIFFRACTION99
4.3373-49.620.14631510.143112738X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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