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- PDB-6i3q: The structure of thiocyanate dehydrogenase from Thioalkalivibrio ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i3q
タイトルThe structure of thiocyanate dehydrogenase from Thioalkalivibrio paradoxus complex with acetate ions.
要素Uncharacterized protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / THIOCYANATE DEHYDROGENASE / COPPER CENTERS
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COPPER (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Twin-arginine translocation signal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Polyakov, K.M. / Popov, A.N. / Tikhkonova, T.V. / Popov, V.O. / Trofimov, A.A.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science FoundationGrant 14-24-00172 ロシア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Trinuclear copper biocatalytic center forms an active site of thiocyanate dehydrogenase.
著者: Tikhonova, T.V. / Sorokin, D.Y. / Hagen, W.R. / Khrenova, M.G. / Muyzer, G. / Rakitina, T.V. / Shabalin, I.G. / Trofimov, A.A. / Tsallagov, S.I. / Popov, V.O.
履歴
登録2018年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2018年11月28日ID: 5F30
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,28324
ポリマ－239,9534
非ポリマー1,33020
水29,9771664
1
A: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,72413
ポリマ－119,9762
非ポリマー74811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area28390 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SOFTWARE USED: PISA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15940 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area54790 Å2
手法PISA
3
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,55911
ポリマ－119,9762
非ポリマー5829
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area28190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.960, 162.700, 90.938
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 59988.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thioalkalivibrio paradoxus ARh 1 (紅色硫黄細菌)
参照: UniProt: W0DP94

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非ポリマー , 5種, 1684分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PROTEIN SOLUTION: 10 MG/ML PROT., 25 0.17 M AMMONIUM ACETATE, 0.085 M TRI-SODIUM CITRATE (PH 5.6), 25.5 % W/V PEG 4000, 15 % GLYCEROL. V1/V2=1/1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
PH範囲: 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.439
11L, -K, H20.561
反射解像度: 1.45→46 Å / Num. obs: 392121 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE SAD STRUCTURE

解像度: 1.45→45.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 0.591 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.01 / ESU R Free: 0.011
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.165 19501 5 %RANDOM
Rwork0.142 ---
obs0.143 372619 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2 Å20 Å20.12 Å2
2--6.23 Å20 Å2
3----4.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→45.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14539 0 61 1664 16264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01915118
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7171.94320574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.29751868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.46524.563675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.067152368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0031567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.22228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02111650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0611.5847487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4622.3819344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5087631
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.5325763
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.89858
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1412 -
Rwork0.217 27443 -
obs--96.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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