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- PDB-6sg8: Structure of Sosuga virus receptor binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sg8
タイトルStructure of Sosuga virus receptor binding protein
要素Hemagglutinin-neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN / Receptor binding protein / glycoprotein / attachment glycoprotein / sosuga virus / paramyxovirus / RBP / pararubulavirus
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Hemagglutinin-neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Sosuga virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bowden, T.A. / Stelfox, A.J.
資金援助 英国, 米国, 8件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L009528/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/S007555/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/K503113/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L505031/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/M50659X/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/M508111/1 英国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)AI123449 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: A structure-based rationale for sialic acid independent host-cell entry of Sosuga virus.
著者: Stelfox, A.J. / Bowden, T.A.
履歴
登録2019年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin-neuraminidase
B: Hemagglutinin-neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,65024
ポリマ－103,7682
非ポリマー2,88322
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area31740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.700, 84.040, 81.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.850, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 157 through 463 or resid 480...A157 - 337
121(chain 'A' and (resid 157 through 463 or resid 480...A375 - 462
131(chain 'A' and (resid 157 through 463 or resid 480...A480 - 493
141(chain 'A' and (resid 157 through 463 or resid 480...A499 - 586
251(chain 'B' and (resid 157 through 337 or resid 375...B157 - 337
261(chain 'B' and (resid 157 through 337 or resid 375...B375 - 462
271(chain 'B' and (resid 157 through 337 or resid 375...B480 - 493
281(chain 'B' and (resid 157 through 337 or resid 375...B499 - 582
291(chain 'B' and (resid 157 through 337 or resid 375...B598 - 601

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin-neuraminidase


分子量: 51883.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sosuga virus (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: W5SB61
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→51.6 Å / Num. obs: 32731 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 63.57 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.941 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 32699 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.392 / Rrim(I) all: 1.021 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3488精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5b2c

5b2c


解像度: 2.5→51.6 Å / SU ML: 0.3449 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.197
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2314 1531 4.68 %random selection
Rwork0.1941 31169 --
obs0.1958 32700 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→51.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5870 0 182 39 6091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00336172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65278366
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462970
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041066
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.32253696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.580.35981240.32222810X-RAY DIFFRACTION99.16
2.58-2.670.32251470.27482781X-RAY DIFFRACTION99.39
2.67-2.780.31171450.26252833X-RAY DIFFRACTION99.77
2.78-2.910.29891780.25572791X-RAY DIFFRACTION99.63
2.91-3.060.28721550.23792792X-RAY DIFFRACTION99.7
3.06-3.250.22661250.21632840X-RAY DIFFRACTION99.97
3.25-3.50.24981260.20012828X-RAY DIFFRACTION99.66
3.5-3.850.28171250.19712853X-RAY DIFFRACTION99.87
3.85-4.410.20291250.16662869X-RAY DIFFRACTION99.97
4.41-5.560.16851320.15272875X-RAY DIFFRACTION99.83
5.56-51.60.21421490.19082897X-RAY DIFFRACTION99.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.23245696471-0.644975865152-0.1991482271571.43304320593-0.2091049202232.76232033406-0.02566407090160.2879867623460.209384471147-0.06327114023770.1368339285580.0206325528561-0.539864748204-0.242959469231-0.08564363069160.609161748223-0.0942634009431-0.01890278703090.488931642226-0.0173681386130.61189629887539.533354985241.81306853857.41430709269
24.778727984550.883082493222-0.09437464170773.20270233120.1829505684342.336798605210.03587706199110.02747534718590.2040535207610.0150743820757-0.05899707709520.296878752644-0.535596340291-0.487178243020.03986704900060.5770843185680.1232515368390.01001364605810.57862714171-0.03233079163040.67340420398321.373525820942.471332870610.1470810069
36.02868992709-0.407354558393-0.2554380308562.293070823280.8428678374234.72946345737-0.05339280764210.8126657554990.328528724396-0.524940643017-0.03680352186250.449761686369-0.437877827269-0.67656570860.09165550248670.693423434320.0806982445241-0.1484613930680.753064706860.0659869843880.68794913801120.447976449241.9240400799-5.63150705504
43.53833599082-0.2727264793491.450845323272.68246905713-0.5188064945124.665670365090.1001795478120.7769780982630.00179423797055-0.3281783455370.111814806569-0.0232868079250.02013171533270.281377403136-0.171405445150.52365389596-0.02082231704550.02694950682510.633617326192-0.05950614297560.54737577142939.832581128437.1915360066-3.15865485612
52.54580802883-0.1004746839510.6812376291351.03239414809-0.3095041200632.55658315753-0.0822726694119-0.232596383651-0.02779038774690.08894373098720.01537896730320.0669699858358-0.3313207074220.1427787537390.06694633940720.579699241420.0296442982584-0.008285869475040.5019232775540.02423922068620.70129489391847.230516669537.481315520325.6842631395
63.99021446346-1.294166735760.0242851090863.421551051770.4680698605333.14436722976-0.03301026786570.2846528768170.140191385740.0081458971479-0.0828909866194-0.315693856642-0.3064581673310.2373135555320.08963662325030.506160518043-0.0786292071509-0.03340064919430.4775431345180.004814950808180.64383170568463.582803647340.457595471621.4152566847
73.468444095610.6566617256210.02799543586962.431552516270.1048916374672.329186246390.0822344515762-0.175316922358-0.3183565003630.2979886770250.00831829630326-0.5509823914180.2032110224330.47427816675-0.07739490195240.6612589585390.010072164403-0.1410028411850.6291934490740.04124497818320.78304221213969.24141751631.354572128736.0065868505
87.480692880061.884070335111.852599972894.349469478850.04530192062565.02476136110.356935793815-1.32497440216-0.3007720655831.552377232450.0673181993731-0.646155973240.6533879747140.261571313161-0.4992965597930.9626053384710.0216556537704-0.2253793087560.7890797601830.09046839866080.84544346551254.462575095127.55397886443.5798867718
93.432945027410.6918376838790.4648341268773.04724871092-0.6910384455414.849452866560.181232707786-0.453655554617-0.2900287985830.05598500700640.08832359649470.1257396225090.125184014224-0.220324023228-0.1963711297320.385883164398-0.00468092366244-0.02439669869350.4067483344010.07377514196560.59855985997345.641471591729.302923237430.4969466359
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 157 through 191 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 192 through 375 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 376 through 489 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 490 through 582 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 156 through 191 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 192 through 318 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 319 through 489 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 490 through 510 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 511 through 582 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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